笛卡爾把一切驅趕到理性的審判台前，他宣稱：人的理性可以懷疑一切，包括懷疑上帝。然而，懷疑一切並不是哲學的結果，而是哲學的序幕。懷疑“隻是要為自己尋求確信的理由，把浮土和砂子排除，以便找出岩石和粘土來。”39 通過懷疑，笛卡爾最終達到了這一點：“我確實知道了我是一個在思維的東西；但是我不是因此也就知道了我需要具備什麼，才能使我確實知道什麼事情嗎？在這個初步的認識裏，隻有我認識的一個清楚、明白的知覺。” 簡言之，“我思，故我在”。然而，思考一個事物，需要一個東西去進行思考；懷疑一個事物，需要一個東西去進行懷疑；否定一個事物，需要一個東西去進行否定。因此，“我思”本身具有自明性和無因性，它是全部知識的出發點。
我是一個在思維的東西，這就是說，我是一個在懷疑，在肯定，在否定，知道的很少，不知道的很多，在愛、在恨、在願意、在不願意、也在想象、在感覺的東西……即使我所感覺和想象的東西也許決不是在我以外，在它們自己以內的，然而我確實知道我稱之為感覺和想象的這種思維方式，就其僅僅是思維方式來說，一定是存在和出現在我心裏的。
笛卡爾的命題肯定了人的理性思維是最高的存在。其他的一切，包括上帝的存在都表現為理性的結果。笛卡爾這樣論證上帝的存在：我為什麼要懷疑？因為我不完善，我有限。我為什麼有不完善的觀念？因為世上還存在完善和無限的觀念。什麼是完善和無限？那就是上帝。簡言之，由於我們有上帝的觀念，所以上帝存在。在論證中，上帝不是“第一原因”，理性才是“第一原因”。這樣笛卡爾實際上就將人的理性置於上帝之上，或者說，用理性的權威取代了上帝的權威。這是思想上的顛倒。
應該指出，中世紀的經院哲學並非完全否定人類理性，它否定的是個人理性，是個人獨立思考的精神。笛卡爾認為在經院哲學體係中，沒有一件事不是可疑的，這種哲學從本質上排除一切懷疑傾向和個人理性，而靠宗教法庭維持著不容置疑的“天啟真理”，因此它必然是虛假的。笛卡爾的原則是“我懷疑、我思考、我存在”。如果說在宗教改革中，路德將教會的經院信仰轉變為個人信仰。這裏，笛卡爾則把教會的經院理性轉化為個人理性。這種轉化的前提就是用懷疑取代了盲從。於是，從中世紀“上帝的羊群”到文藝複興的“熱情的個人”，經過宗教改革後成為“信仰的個人”，現在哲學中轉變為“理性的個人”，近代意義的個人主義正在形成。
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