建立證券市場的初衷是為了國有企業改革的需要。在1998年以前，證券市場還是以試點的角色存在於經濟生活之中。《公司法》頒布實施後，國有企業得以按照較為規範的方式改製成股份公司運作，但改製的基本思路大致遵循所謂的“部分改製”原則：國有企業將其中的一部分國有資產評估後作價折股，再和四家以上的發起人一起聯合招股，發行社會公眾股，共同組成一家所謂“募集設立”的上市公司，原國有企業將存續資產改製成為一家新的公司（往往稱為“集團公司”），持有上述國有資產折成的國家股或國有法人股，並成為該上市公司的大股東。對於某些特大型國企，法律允許獨家發起組建上市公司。發行社會公眾股的比例一般為25%以上，但對於一些特大型公司來說，考慮到市場的承受能力，最低限度放寬到了15%。這樣，在一些上市公司中，股權結構非常簡單：由集團公司持有國有股或國有法人股並居控股地位，而其他股份由分散的社會公眾持有（如“邯鄲鋼鐵”、“齊魯石化”、“武鋼股份”、“寶鋼股份”等）。因此，雖然國家股的持股身份可能多樣，但是國有控股上市公司的名義第一大股東和實際控製人往往相差不大，股東身份和結構的透明度較高。
1998年以後，上市公司的設立政策有所調整，即必須遵循“先改製後發行”，但“部分改製’的原則基本未動，改製後，由集團公司持有的國有股權占控股地位也沒有改變。多年來，“部分改製”模式也基本被眾多非國有企業效仿和遵循。
但是近年來，隨著大規模資產重組的實施，情況發生了一些變化。通過一種被稱為“借殼上市”的資產和股權交易手段，相當一批上市公司的國有控股股東將控股股權轉讓給其他主體，特別是民營企業。這種情況在上海、四川、遼寧等一些國有控股上市公司比較集中的地區中尤為突出。其間，地方政府的推動也起到了積極的促進作用。而隨著政策的放寬，一些進入證券市場的民營企業開始熱衷於通過各種複雜的持股金字塔來控製多家上市公司。這使得部分上市公司的實際控製人和名義第一大股東之間差異很大，股東身份和結構的透明度不高，它們甚至有意模糊實際控製人的身份和關聯關係，給認定這些公司的股東結構帶來很大麻煩。在國有上市公司比重較高的市場上，這部分公司所占的比重目前還不高，但它們的影響力和示範效應日益顯現。
3.1.4 大股東占用上市公司資金手段分析
大股東控製並占用上市公司的行為已屢見不鮮，甚至越來越嚴重。據統計，自2005年初至2006年10月，共有119起上市公司及高管人員受到證監會、交易所和海關等監管部門行政處罰的案例。其中，明確涉及侵占上市公司權益的公司有58起，絕大部分屬於關聯方侵占的行為。這些大股東將上市公司當成圈錢的工具，強行將上市公司的資金據為己有，並頻頻通過關聯交易、擔保等手段侵占上市公司利益，造成了一些上市公司無法正常經營，甚至使上市公司淪為空殼，對中國股市的製度完善和健全形成直接挑戰。
1.直接占用上市公司資金
大股東占用上市公司巨額資金拖欠不還，而作為債權人的諸多上市公司，也對大股東欠款逆來順受，在討債方麵並不積極。盡管監管部門出台各種措施大力清欠，但通過對2003年巨虧公司年報的分析不難發現，大股東占用上市公司巨額資金久拖不還，是導致上市公司出現巨虧的首要原因。由於資金被大股東或其關聯企業的無緣由長期占用，上市公司流動資金極度匱乏，正常經營舉步維艱。在此情況下，不少上市公司在年報中對應收款計提了巨額壞賬準備，由此導致管理費用劇增，吞噬利潤，直接產生巨額虧損。繼“猴王案”、“三九案”以及“輕騎案”後，又陸續爆發了“蓮花味精”、“華北製藥”、“*ST江紙”、“*ST珠峰”等欠款大案，大股東侵占上市公司資金可以說是“前仆後繼”。
2003年每股虧損高達2.844元的“*ST江紙”就是大股東占款的典型犧牲品。該公司2003年虧損4.58億元，加上公司2001年和2002年虧損的2.99億元和3.32億元，三年累計虧損額高達10.89億元。年報顯示，“*ST江紙”三年巨虧完全緣於巨額資金被大股東占用。由於大股東江紙集團已不具備償還巨額欠款的能力，“*ST江紙”隻得對這筆欠款計提壞賬準備。2001年，“*ST江紙”計提了應收款壞賬準備2.61億元；2002年，“*ST江紙”被占用的資金增加到10.03億元，公司相應計提了應收款壞賬準備2.28億元；2003年被占用資金仍高達9.94億元，公司再次計提了壞賬準備及資產減值準備3.53億元。