《藥師經》供於幾上，不讀誦時，宜以淨布覆蓋。
供佛像之室內，須十分潔淨，每日宜掃地，並常常拂拭幾案。
供佛之香，須擇上等有香氣者。
供佛之花，須擇開放圓滿者，若稍殘萎，即除去。花瓶之水，宜每日更換。若無鮮花時，可用紙製者代之。
此外如供淨水供食物等，隨個人意。但所供食物，須人可食者乃供之，若未熟之水果及未烹調之蔬菜等皆不可供。
以上所舉之供物，應於禮佛之前預先供好。凡在佛前供物或禮佛時，必須先洗手漱口。此外如能懸幡燃燈尤善，無者亦可。以下略述修持課儀，分為七門。其中禮敬、讚歎、供養及回向發願，必須行之。誦經持名持咒，可隨己意，或惟修二法，或僅修一法，皆可。
禮敬
十方三寶一拜，或分禮佛、法、僧三拜。本師釋迦牟尼佛一拜。藥師琉璃光如來三拜。此外若欲多拜，或兼禮敬其他佛菩薩者，隨己意增加。
禮敬之時，須至誠恭敬，緩緩拜起。萬不可匆忙。寧可少拜，不可草率。
讚歎
禮敬既畢，於佛前長跪合掌，唱讚偈雲：歸命滿月界，淨妙琉璃尊，
法藥救人天，因中十二願，
慈悲弘誓廣，願度諸含生，
我今申讚揚，誌心頭麵禮。
上讚偈出藥師如來消災除難念誦儀軌。唱讚之時，聲宜遲緩，宜莊重。
供養
讚歎既畢，於佛前長跪合掌，唱供養偈雲：願此香花雲，遍滿十方界。
諸佛土，無量香莊嚴具足菩薩道，成就如來香供養畢，或隨己意增誦懺悔文，或可略之。
誦經
字音不可訛誤，宜詳考之。誦經時，或跪或立或坐或經行皆可。
持名
先唱讚偈雲：
藥師如來琉璃光，焰網莊嚴無等倫，無邊行願利有情，各遂所求皆不退。
續雲，南無東方淨琉璃世界藥師琉璃光如來。以後即持念藥師琉璃光如來名號一百八十遍。若欲多念者，隨意。
持咒
或據經中譯音持念，或別依師學梵文原音持念，皆可。
或念全咒一百八十遍。或先念全咒七遍， 繼念心咒一百八十遍，後複念全咒七遍。心咒者，即是咒中喳字以下之文。
未經密宗阿閣黎傳授，不可結手印。擅結者，有大罪。
持咒時，不宜大聲，惟令自己耳中得聞。
持咒時，以坐為正式，或經行亦可。
回向發願
回向與發願大同，故今並舉。其稍異者，回向須先修功德，再以此功德回向，惟願如何雲雲。若先未作功德者，僅可雲發願也。
回向發願，為修持者最切要之事。若不回向，則前所修之功德，無所歸趣。今修持藥師如來法門者，回向之願，各隨己意。凡《藥師經》中所載者，皆可發之，應詳閱經文，自適其宜可耳。
以上所述之修持課儀，每日行一次或二次三次。必須至心誠懇，未可潦草塞責。印光老法師雲：“有一分恭敬，得一分利益，有十分恭敬，得十分利益。”吾人修持藥師如來法門者，應深味斯言，以自求多福也。
無垢濁心，無怒害心
我近年來，與人談及藥師法門時，所偏注重的有幾樣意思，今且舉出，略說一下。
藥師法門甚為廣大，今所舉出的幾樣，殊不足以包括藥師法門的全體，亦隻說是法門之一斑了。
維持世法
佛法本以出世間為歸趣，其意義高深，常人每難了解。
若藥師法門，不但對於出世間往生成佛的道理屢屢言及，就是最淺近的現代實際的人類生活亦特別注重。如經中所說：“消災除難，離苦得樂，福壽康寧，所求如意，不相侵陵，互為饒益”等，皆屬於此類。就此可見佛法亦能資助家庭社會的生活，並能維持國家世界的安寧，使人類在這現生之中即可得到佛法的利益。
或有人謂佛法是消極的，厭世的，無益於人類生活的，聞以上所說藥師法門亦能維持世法，當不至對於佛法再生種種誤解了。
輔助戒律
佛法之中，是以戒為根本的，所以佛經說：“若無淨戒，諸善功德不生。”但是受戒容易，得戒為難，持戒不犯更為難。今若能依照藥師法門去修持力行，就可以得到上品圓滿的戒。假使於所受之戒有毀犯時，但能至心誠懇持念藥師佛號並禮敬供養者，即可消除犯戒的罪，還得清淨，不致再墮落在三惡道中。
清淨得福
佛法的宗派非常之繁，其中以淨土宗最為興盛。現今出家人或在家人修持此宗，求生西方極樂世界者甚多。但修淨土宗者，若再能兼修藥師法門，亦有資助決定生西的利益。依《藥師經》說：“ 若有眾生能受持八關齋戒， 又能聽見藥師佛名，於其臨命終時，有八位大菩薩來接引往西方極樂世界眾寶蓮花之中。”依此看來，藥師雖是東方的佛，而也可以資助往生西方，能使吾人獲得決定往生西方的利益。
再者，吾人修淨土宗的，倘能於現在環境的苦樂順逆一切放下，無所掛礙，則固至善。但是切實能夠如此的，千萬人中也難得一二。因為我們是處於凡夫的地位，在這塵世之時，對於身體衣食住處等，以及水火刀兵的天災人禍，都不能不有所顧慮，倘使身體多病，衣食住處等困難，又或常常遇著天災人禍的危難，皆足為用功辦道的障礙。若欲免除此等障礙，必須兼修藥師法門以為之資助，即可得到《藥師經》中所說“消災除難離苦得樂”等種種利益也。