當初，也先諸多要挾，都是由喜寧策劃的。於謙秘密下令鎮守大同的將領抓了喜寧，把他殺了。又給王偉想辦法，讓他引誘殺了間諜田小兒。而且利用間諜實行離間，請求特別釋放了忠勇伯把台家，答應封給爵位，讓他從中想辦法。也先開始有放回上皇的意思，派使者來聯係，京師的戒備才稍稍放鬆了一點。於謙上言：“南京重地，需要有人加以安撫穩定。中原有很多流民，假如遇上荒年，互相呼應聚集成群，這是很值得擔心的。請敕令內外守備和各處巡撫用心整頓，防患於未然，召回派往內地召募發兵的文武官員和鎮守中宮。”
到了八月，上皇被留在北方已經一年。也先見中國沒有什麼事端，更想講和，使者接連前來，提出把上皇送回。大臣王直等商議派使者前往迎接，皇帝不高興地說：“朕本來不想登大位，當時是被推上來的。”於謙從容地說：“帝位已經定了，不會再有更改，隻是從情理上應該趕快把他接回來罷了。萬一他真有什麼陰謀，我就有話說了。”皇帝看看他便改變了麵色說：“聽你的、聽你的。”先後派遣了李實、楊善前往。終於把上皇接了回來，這是於謙的功勞。
上皇已經回來，瓦刺請求朝貢。先前貢使不過百人，正統十三年增加到三千餘人，對給予的賞賜總不滿足，便入侵。”現在又派三千人來朝，於謙請求列兵居庸關以備不測，在京師隆重陳兵，設宴招待。因此說到和議很難依靠，逐條進上安定邊境的三個策略。請求敕令大同、宣府、永平、山海、遼東各路總兵官增修牆準備防禦。京兵分別隸屬於五軍營、神機營、三千營，雖然各設有總兵。但不相統一，請求選擇精銳十五萬人，分為十營團操，從此開始了團營的製度。這事記載在《明史·兵誌》中。瓦刺入貢，常常攜帶以前擄去的人口來。於謙一定奏請酬勞使者，前後贖回了幾百人。
當初，永樂年中，投降過來的人被安置在京畿附近的很多。也先入侵時，很多成了內應。於謙想分散遣送他們。因為西南有戰事，每次出征，都挑選他們精銳的騎手，從厚資助他們前往，然後再遣送他們的妻子，內患得以平定。楊洪以獨石入衛，八個城都給了敵人。於謙使都督孫安率輕騎兵出龍門關占據了它，招募百姓屯田，邊戰邊守，八個城得以收複。貴州苗未平定，何文淵建議撤去布使、按察兩司。專設都指揮使司，用大將鎮守。於謙說：“不設兩個司，是放棄了這地方。”建議遂作罷。於謙認為上皇雖然回來了，但國恥未洗雪，正值也先和脫脫不花結怨，請求趁機派大軍，自己前往征討他，以報複從前的仇恨，清除邊患。皇帝不準。
於謙主持兵部工作時，也先的勢力正在擴張，而福建鄧茂七、浙江葉宗留、廣東黃蕭養各自擁有部眾和自封的封號，湖廣、貴州、廣西、瑤、侗、苗、僚到處蜂起作亂，前後的軍隊征集調遣，都是於謙獨自安排。當戰事匆忙急迫，瞬息萬變的時候，於謙眼睛看著手指數著，隨口講述奏章，全都能按照機宜采取正確的方針方法。同事和下屬接受命令，彼此看著都感到驚駭佩服。號令嚴明。雖然是勳臣老將稍有不守法度，立即請聖旨切實責備。一張小字條送到萬裏外，沒有不謹慎小心執行的。他才思的暢通敏捷，考慮的周到仔細，一時沒有人能比得上。他性情淳樸忠厚過人，忘身憂國。上皇雖然回來了，一點也不說自己的功勞。東宮改易以後，景帝命令凡是兼東宮太子宮屬者支取兩份俸祿。諸臣都表示推辭，隻有於謙一再推辭。自己的生活很簡單儉樸，所居住的房子僅僅能夠遮擋風雨。皇帝賜給他西華門的府第，推辭說：“國家多難，臣子怎麼敢自己安居。”堅決推辭，皇帝不準。於是把皇帝前所賞賜的璽書、袍服、銀錠之類，全部封好寫上說明放到那裏，每年去看一看罷了。