次日，他下令給據說是建文帝及其家屬的遺體安葬如儀，但是，他沒有給這位死去的皇帝以諡號。接著他發了幾道文告，把他的登極遍告國內和國外。1402年剩下的幾個月被稱為洪武35年。新皇帝用這種辦法明確地否定了建文帝的合法性；他把次年稱為永樂元年。開國皇帝的所有法律和製度一概予以恢複。另外，新皇帝命令銷毀建文時期的檔案，隻留下關於財政和軍事問題的檔案，同時他又禁止關於這個時期的事件的一切論述。
新皇帝把最暴烈的手段專門用來對待忠於建文帝的官員們——像齊泰、黃子澄和方孝孺。他曾經希望那個不易收買的方孝孺現在會俯首承認他的勝利並給他效命，以此操縱士大夫階級來支持他的事業。方孝孺對他破口大罵，因此他和另外一些人一起被殘酷地處死，他被說成是曾經錯誤地引導皇帝的大奸臣。這是一次恐嚇中國有獨立思想的知識分子的血腥行動。在此期間，和從前建文皇帝的官員有牽連的成千上萬無辜的人民都或者被處死，或者被監押，或者被流放；這一次血腥清洗的猛烈程度隻有明太祖所實行的****可與之相比。
不管建文帝是被焚而死還是為了逃避而喬裝成和尚，他的結局很淒慘，失掉了九五之尊。為了實行報複，永樂時期的官方曆史掩蓋了建文的年號而人為地把明太祖的統治時期延長了4年，即從洪武32年延長到洪武35年（1399-1402年）：這個時期曾經被曆史學家稱之為“革除”時期。建文的年號遲至1595年10月才被萬曆皇帝恢複，那是作為編纂明王朝曆史的流產的計劃的一部分提出來的。可是，要到242年以後的1644年7月，南明君主福王朱由崧（1646年死）才定建文帝的廟號為“惠宗”，諡號為“讓皇帝”。這後一個尊號之所以被選用是為了適應民間傳說，即建文帝並未死於宮中大火，而是為了解除內戰的普遍苦難而自願遜位給他的叔父的。
福王的統治不過一年，這個統治及其敕令均未被清政權所承認。隻是到了1736年9月當乾隆帝（1736~1796年在位）封建文帝為“恭湣惠帝”時，他的皇帝地位才完全恢複。由於這種種情況，他在明王朝的正史（《明史》，1736年）中被稱為“恭湣惠帝”，但在由王鴻緒（1645~1723年）在1723年完成的更早一些的《明史稿》中還是直截了當地被稱為“建文帝”。
建文皇帝和他的顧問們在他們的真誠而勇敢地致力於提倡仁慈的文官統治和推進群眾福利方麵，留下了一筆重要的遺產。他們放棄了明太祖的政策，並且與燕王發生了衝突，因為他們是在不同的背景下掌權的，同時又公開承認有不同的統治概念。燕王的權力是建立在北方邊境上，而且依靠的是軍官們的支持；建文帝及其左右與此不同，他們是以南京為基地，他們依靠的是長江下遊的儒家精英階層。他們認為搞像洪武帝時期那樣的極權主義的和軍國主義的統治，會大大地危及王朝，因此他們相信隻有提高儒家價值觀和文官的權威，去掉有權勢的和半自治的諸藩封王子，才能使之得到糾正。他們沒有成功，倒不是因為他們在兵力上次於燕王，而是因為他們沒有多少實際經驗，在戰場上缺乏果斷的領導、周密的計劃和首尾一貫的戰略方針。
這次內戰對於明王朝所產生的結果已經超出了爭奪帝位的鬩牆之爭。洪武帝封建半自治的藩王已經對王朝的穩定造成了嚴重的威脅；同時，用軍事勢力壓過文官製度的辦法來支撐獨裁統治，這就在無意中挖了皇帝權力的牆腳。燕王的勝利不僅是一個藩王對皇帝朝廷的勝利；它也是軍人權力對文官政府的勝利。燕王——即永樂帝——無限期地延續了開國皇帝的軍事遺產；這份遺產使文官政府黯然失色，還使帝國達到了權力和影響的頂峰。可是，建文帝的文官之治的理想並未喪失殆盡。它仍被繼續在永樂帝手下供職的前洪武帝和建文帝時期的官員們所珍惜；而且當永樂帝死後，他們再一次提倡儒家關於文官政府的原則，並在洪熙和宣德兩朝取得了具體結果。