1645-1646年斯德哥爾摩發生一樁異教徒案。大學教授腓特烈·曼紐斯發表一本小冊子，教會認為小冊子裏含有異教邪說。曼紐斯教授被大學開除，並被監禁。勞裏紐斯牧師不依不饒，要求重判。小冊子送到女王手裏。女王看後說：“曼紐斯定是個騙子，把他押上船，送到但澤去。”牧師說：“異教邪說在波蘭和錫班布根也很猖獗，曼紐斯去後如魚得水，會與當地人同流合汙，不久再送回一本褻瀆神靈的宣傳品；據稱曼紐斯已經寫好一本，希望出版。”女王說：“那麼我們最好砍掉他的頭了。”參政會受理此案已知女王傾向，不敢重判，但也沒有輕饒，責令曼紐斯寫一份書麵檢討，然後驅逐出國。數月後曼紐斯既未被驅逐，也未殺頭，而是有條件釋放。他寫信給女王，感謝女王的救命之恩。
與此同時，瑞典又發生一件轟動全國的宗教案。
1644年女王老師馬提阿（此時已提升為斯特蘭奈斯主教）寫了一本宗教條例的小冊子。這是1616年宗教體例的翻版，隻有細小修改，卻引來陣陣狂吠。教會指責馬提阿違背上帝訓諭，違背正統信條，是卡爾文派，是傑異教徒。1647年這場宗教爭論終於吵到議會。奧克森斯蒂爾那站在正統——邊，女王則站在老師一邊，說她看不出馬提阿書裏有何不妥之處，請大法官慎言。大法官請女王少管此事，以免問題更加複雜。女王反駁道，不是她要管，而是“事實本身很清楚。”但女王最後被迫在議會中退讓，因為整個憎侶院群情激昂。眾怒難犯哪，馬提阿被迫作了公開道歉，保證“不再重犯”。
1647年議會辯論中還有一件事，清楚反映了女王的立場和態度。僧侶要求重申禁止宣傳卡爾文教義。奧克森斯蒂爾那明確地說這是針對法國大使張努特的，因為他的官邸成丁傳播卡爾文教的基地，許多人經常聚集在他家裏舉行卡爾文派宗教儀式，宣講卡爾文派教義。張努特是女王密友。但事實確鑿，女王愛莫能助，不得不予批準。法國大使立即抗議。女王給她這位好友寫信寬慰說：“此事不必過於認真，權當官樣文章。我不得不批。否則僧侶不會罷休，等議會閉幕後你仍可在官邸裏做卡爾文的宗教儀式，一切照舊。”年僅20歲的女王很知進退，諳熟策略。在她執政的頭幾年，此類宗教衝突發生多次，但都被她冷靜地一一化解。
女王親政後，從未停止她鍾愛的學術研究，她也以其淵博學識博得盛譽，歐洲宮廷都知道瑞典女王是位奇才。“每人撰文讚美她。科學對她就像女紅對婦女一樣。”女王與歐洲知識界精英保持廣泛而密切聯係，斯德哥爾摩有史以來首次有歐洲大學問家前來光顧，她的王宮裏以前隻是軍人和政客才能涉足，如今王宮裏每間房屋都堆滿了珍貴的文稿和書籍。書籍將她帶進一個新世界，一個與她以前相隔萬裏的世界。
瑞典那時的科學文化局限於哲學、語言學和神學。但女王興趣非常廣泛“20歲的她已成為深切了解當代哲學、倫理學和藝術潮流的一代名家。”在她周圍的學者有持不同宗教觀點的神學家，其中張努特和笛卡爾對她影響最大。
張努特是法國大使，天主教徒，年青英俊，學問淵博，他的職務使他很容易接近女王。女王敬慕他的學識，倆人過從甚密，而且每次見麵都要討論宗教問題。外界謠傳她們附入愛河。張努特對此既不承認，也不否認，說：“人們愛她，就像愛完美一樣，這事千真萬確，決非虛構。”
笛卡爾是大哲學家，張努特的老師；經張努特的斡旋，於1649年來瑞典，但在這之前他與女王神交已久，是經常通信的摯友。女王常向笛卡爾求教，如什麼是愛和恨？您說過世界是無究的，這與您的宗教信仰如何一致？何謂極樂世界？等等。笛卡爾通過信劄對年青女王有所了解，十分器重，覺得她頭腦裏的思想比她頭上戴的王冠更令人起敬，於是不吝賜教，有問必答。女王通過複信，對這位大哲學家更是仰慕。她讀了他的巨著《哲學原理》，許多地方太深奧，太抽象，似懂非懂，於是常請張努特來講解。張努特當然樂從。但他也不會懂，還得去問老師。1649年他索性將老師請來。女王喜出望外。大哲學家從此成了她王宮裏的常客。