1941年，五十二歲，日軍突襲珍珠港，太平洋戰爭爆發，香港淪陷，學校停課，陳寅恪在家閑居約半年。這個時候應牛津之聘的計劃完全被取消。辭職閑居，日本當局持日金四十萬元委任他辦東方文學院，他堅決予以拒絕。完成《唐代政治史略稿》一書，後來印行時改名字為《唐代政治史述論稿》。
1942年，五十三歲，春，有人奉日方之命專程請他到已被日軍侵占的淪陷區上海授課，再次拒絕，隨即出走香港，取道廣州灣至桂林，出任廣西大學教授，不久移居燕京大學任教。
1943年，五十四歲，在燕京大學開講“魏晉南北朝史”及“元白詩”等課程。下半年又開講“唐史”及“元白劉詩”。
1944年，五十五歲，仍然執教燕京大學，完成《元白詩箋證稿》一書。春天的一個早上，突然發現兩眼一片漆黑，唯一可以依靠的左眼忽然看不到東西了，隨後住進成都燕大對麵的存仁醫院治療眼疾。
1945年，五十六歲，除夕，從存仁醫院回家，眼疾加重，悲恨交集。八月，抗日戰爭勝利，九月應英國皇家學會及牛津大學之約去倫敦療治眼疾。陳寅恪抱著最後希望，祈盼恢複一定視力，決定遠涉重洋。這時他雙目不明，身體虛弱，唐筼又不能同行，困難可以想見。幸有西南聯合大學邵循正等四位教授赴英之便，結伴同行。成都至昆明一程，原定吳宓陪同，因病改請劉適護送，九月十四日離家遠行。因眼睛沒能複明，陳寅恪懷著失望的心情辭去牛津大學的聘約。
1946年，五十七歲，春，途經紐約，數位舊友特登船看望。十月返回北平清華大學為教授。此時陳寅恪雖然雙目失明，仍期望在同事及友人協助下繼續從事教學與研究工作。開設隋唐史、元白詩證史等課程。兼燕京大學導師，且當選為中央研究院第一任院士。
1948年，五十九歲，解放軍即將進攻北平城。國民黨敗局已定，已經開始組織人員撤退台灣，出台了一個“學人搶救計劃”，陳寅恪名列其中。胡適接到了南京教育部長朱家驊親自拍發的電報：“明天派專機到平接你與陳寅恪一家來京。”三月十六日胡適與陳寅恪同機離開北平抵達南京。
1949年，六十歲，一月，攜全家乘招商局“秋瑾號”客輪離開上海南下廣州。三天後抵達，陳序經派一位與陳寅恪夫婦熟識的得力秘書在廣州魚珠碼頭專候他們的到來，聘其為嶺南大學（後改為中山大學）教授。
1953年，六十四歲，春，在助手黃萱女士的幫助下開始《柳如是別傳》的寫作。
1954年，六十五歲，一月，婉拒了郭沫若的赴京邀請，堅持思想獨立與學術自由。雖然他的要求得到了周恩來的肯許，對北上的恐懼讓陳寅恪最終仍然留在了嶺南，為了學術自由他遠遠地離開了政治中心。
1956年，六十七歲， 一月三十日《人民日報》發表了周恩來的《關於知識分子問題》一文，二月陶鑄邀請包括他在內的廣州地區部分高校教師到從化溫泉開“知識分子”座談會，生活得到多方照顧。
1963年，七十四歲，完成八十萬字的皇皇巨著《柳如是別傳》。
1966年，七十七歲，“文化大革命”開始，有人開始從免費吃藥上對陳寅恪發起進攻。機敏的陳寅恪馬上決定所有用藥全部自費，免得麻煩。從十一月開始被迫作書麵檢查交代，不停地交代。唐筼連續代陳寅恪作了六次交代，仍然不夠，又因其所謂反對共產黨、反對馬列主義的罪行交代不徹底，屢屢被校方及造反派勒令要重新補充交代。所要交代的就是個人的曆史和社會關係。
1967年，七十八歲，春，唐筼繼續代陳寅恪問題。隨著陶鑄的被打倒，革命群眾開始更加頻繁地拷問陳寅恪，甚至出手毆打他和唐筼，多次抄家。
1969年，八十歲，春節後，陳寅恪和唐筼在垂暮之年被勒令搬家到西南區五十號。陳寅恪腿有殘疾，雙目失明，孩子不在身邊，生活艱難，仍需接受無休無止的批鬥，最終雙雙臥病在床。十月七日清晨五時半，一代大師陳寅恪逝世。四十天以後，多症並發的唐筼也隨夫駕鶴西去。