他執政初期，有段時間，草原人沒有進犯，北境防範很鬆懈。張居正得知情況後，立即提出警告：“敵人狡獪多端，萬一這是欲擒故縱，突然對我們發動進攻，我們會手忙腳亂，所以一定要提高警惕。我不會以敵人不犯為喜，而會以你們不防範為憂慮。”
正是這種時刻“謹小慎微”，使他對敵人的動向一清二楚，算無遺策。1574年，北方邊境報告說，土蠻即將進犯。張居正立刻發出指示：主力部隊屯聚要害，將百姓全部遷到城中，並派出幾支機動部隊直奔來犯敵人，引誘他們進入預先設置的埋伏圈。他們如果膽小不來，那最好。如果來了，最好全殲。倘若不能全殲，也不要緊，他們終會記下這個教訓，以後不會再侵犯我們。
果然，土蠻不久後傾巢來犯，按張居正的計劃，幾支部隊把土蠻引入包圍圈，雖然因各路指揮官不能協同作戰而殲敵無功，但事實證明了張居正的通盤考慮和預見的正確性。
不久後，北方邊境又有報告，仍然是土蠻即將進犯。張居正又發出指示：不要小題大做，土蠻不會在這種季節(酷夏)采取軍事行動。不久後，果然被證實為虛驚一場。
無數的事實都證明，張居正雖坐在京城，但完全可以指揮和預測萬裏之外的一場戰役。所以當他說兩年之內必能解決羅旁瑤時，李太後和朱翊鈞都深信不疑。
但烏龜派們卻不信，即使相信張居正的能力，也要裝作不相信。反對淩雲翼的奏章如雪片般飛到朱翊鈞的辦公桌上，又飛到內閣。張居正開始還解釋消滅羅旁瑤的重要性，又解釋淩雲翼完全有這個能力。可雪片越來越多，張居正咆哮起來：“這群廢物真是話多，誰再扯著羅旁瑤一事不放，當心廷杖!”
朝堂之上安靜了，淩雲翼開始忙碌起來，訓練軍隊，偵察敵情，製造專業的攻寨器械。一年多後的1577年，淩雲翼準備完成，十萬大軍向羅旁瑤發起了全麵進攻。這次軍事行動是慘烈的，按張居正的指示，淩雲翼的剿匪部隊所過之處，雞犬不留。
張居正在京城密切關注著羅旁瑤戰事，淩雲翼的信一到，不出一個時辰，張居正就會回信。當淩雲翼將羅旁瑤的大本營緊緊包圍，準備發動最後一擊時，張居正去信說：“羅旁瑤之戰，死傷太大，沿途盡成廢墟。既然勝負已分，我看還是網開一麵，現在投降者可既往不咎。這非是婦人之仁，而是將他們留下來做日後的重建工作。但倘若敵人投降時心不甘情不願，或稍有遲疑，盡可屠之，這種人留下恐怕是將來的禍害。”
1577年五月，淩雲翼對羅旁瑤進行致命一擊，羅旁瑤覆滅，整個戰爭持續了近兩年，羅旁瑤被殺兩萬餘人，活捉一萬餘人。
朝廷放肆地慶祝這場勝利，在人聲鼎沸中，張居正已開始冷靜地思考下麵的事：戰後重建。淩雲翼在捷報書飛來幾天後就送來請求開辟州、縣，招徠農墾的奏疏。張居正思慮許久，才心事重重地給淩雲翼回信說：“當初你提出的戰後重建計劃，我很讚賞，不過此一時彼一時。那時，羅旁還在，人們看到有這樣一個地方，所以開辟州、縣沒有問題；但現在羅旁已亡，那地方成了空地，在那裏建州設縣，百姓主體自然是那些投降的羅旁瑤。另外，既然是州，就該人口多一些，所以要從周圍州縣遷民。可羅旁之地百年來是土匪窩，良民誰願意去？願意去的都是些來曆不明、流浪無根的人。要辟州、縣也不是不行，我希望你能深思。倘若堅持這樣做，那就該在政策和法律上特殊一些，賦役要從輕，法律要從嚴。我希望你能把羅旁瑤作為一個特別行政區來看待，而不要和帝國其他州縣相同。如果處理得當，幾年甚至幾十年後再將它和帝國其他州縣看齊，也是可以的。”
淩雲翼又深思熟慮許久，確定了開辟州縣的計劃，這就是廣東羅定州的來曆。羅定州新開二縣，東為東安，西為西寧。
羅旁瑤事件的處理體現了張居正的高度政治智慧。從羅旁瑤事件的處理，我們就可以聯想張居正在其他政治事件上的處理手腕之精明和果敢。
據理抗旨
當張居正處心積慮地幫助淩雲翼做戰後工作時，一道朱翊鈞的口諭傳進內閣，口諭的內容是這樣的：“慈慶、慈寧兩宮，命有關部門重新裝修。”
張居正對這道口諭的反應極為平淡，傳旨太監走後，他重新坐回椅子，心潮起伏。他記起1573年的一次經筵，經筵的課程內容是宋仁宗不喜珠寶，講完這段，他以小故事闡發大道理的方式對朱翊鈞說：“明君看重五穀而輕視珠寶美玉，因為五穀養人，珠寶則饑不能食、寒不能衣。皇上要記得節儉，不可奢靡。”朱翊鈞急忙點頭。
張居正又記得1576年春節時，他對朱翊鈞說：“皇宮人人節省一件衣服，民間就有百人會得到這件衣服，皇宮如果人人都多製作一件衣服，那民間就有百人會沒有衣服穿，所以皇上要在節儉上謹慎啊。”朱翊鈞又是頻頻點頭。
張居正對朱翊鈞近幾年來的表現還算滿意。朱翊鈞在他的教導下已節儉許多，宮廷費用大幅度削減了幾萬兩白銀。朱翊鈞宮廷的支出是明代中後期曆代皇帝中最少的。可就當張居正沾沾自喜於自己對朱翊鈞的完美教育時，朱翊鈞給他來了這一招：裝修兩宮。
慈慶、慈寧宮是兩宮太後居住的地方，建成於1574年，當時是張居正為了討李太後和王太後的歡心，出於政治手腕，不得已而為之。一個建成才三年的宮殿，何必重新裝修？這是不急之務，張居正決定拒絕。
張居正有清醒的認識，拒絕裝修兩宮，得罪的不僅是皇帝朱翊鈞，得罪的最大家夥是李太後。可他顧不得那麼多，他去找朱翊鈞，當麵把這件事解決。
一見到朱翊鈞，張居正就開門見山道：“我和內閣同僚與有關部門商量了一下，大家和我都認為，治國之道應以節用為先，而皇宮工程是耗費錢財最大的地方。”
朱翊鈞小嘴一撅，正要說話，張居正重新開口：“當然，皇宮也要建，因為這是威嚴之地，可有前提，那些年頭太久和規製已不符的自然要重修，甚至可以重建。如果已破敗不堪而不重建，那是愚陋；可如果嶄新如初卻要重修，那就是奢侈了。”
朱翊鈞不說話，張居正非要他開口不可，因為他要讓朱翊鈞親口承認重修兩宮是錯誤的。人隻有自己認識到錯誤，才會銘記，才會真誠無欺地去改正。
“慈慶、慈寧乃兩宮聖母常禦之所，如果規製有不妥或是太過陳舊，那麼臣等早已請旨重修，哪裏還敢等皇上傳口諭盡孝心呢？但臣等查慈慶、慈寧兩處宮殿，都是三年前建成。臣清楚地記得，竣工之時，臣等去閱視，那真叫一個恢宏壯觀，儼然如天宮月宇。皇上口諭發出後，臣又領了許多同僚去觀察，發現仍和三年前一樣恢宏壯觀，儼然如月宇天宮。臣不明白，為何對這樣兩座天宮進行破壞呢？”
朱翊鈞一言不發，額頭上都是汗珠。張居正不依不饒：“臣請問，這兩座宮殿的規製是有不妥呢，還是太過陳舊？”
朱翊鈞被問住了，根本想不出辯解的詞彙來。張居正步步緊逼：“況且，半個月前，皇上曾下旨：以後不急的工程，一切停止。今無端就重修兩宮殿，是明示忠臣，聖旨不可信。倘若真的下令重修兩宮殿，必會引起官員們的吵鬧，皇上到時耳根必不能清淨。”
朱翊鈞終於開了口，底氣很不足：“朕隻是想向兩位皇太後表表孝心。”
張居正立刻接話：“皇上孝順，天下皆知。如今國用不足，政府極盡節儉之能事，仍顯不足。皇上如果真孝順，就該積福愛民，天下百姓受到您的恩惠一分，就會讚揚您一分。您受到讚揚，兩宮太後會非常高興，讓父母為兒子自豪，這就是最大的孝了!”
朱翊鈞歎息一聲：“先生忠言，朕同意你的話，不重修了。”