[4] 《書劄》：卷三十二，第 44 頁。
曾國藩坦言的這種和平與公正的方針無法得到中國民眾的讚同。他在天津發現了表麵的平靜掩蓋著沸騰的不滿。民眾的不滿通過“水火會”這個組織表明反對崇厚，因為他采取了謹慎的措施製止進一步的騷亂，禁止集會或散布流言。接著，在曾國藩到達後又反對這位大臣，因為他肯定了崇厚的措施，而沒有加以反對。關於如何對付洋人，反對的意見分裂為截然不同的幾派。有人希望舉行一次大起義，將洋人趕出中國，另一些人主張聯合英美，反對法國。第二派提出隻與法國開戰，而較為膽小的那一派則滿足於看到崇厚被革職。當曾國藩推行和睦政策，下令保護所有外國人的時候，他把各個反對派的敵意都引到了自己身上。
接下來的調查使究竟是否發生過綁架的問題留下了一些疑點，但表明外國人在被控的所有罪名上是無辜的。官方審訊了幾百人，其中150人是宗教機構的工作人員，但沒有一例發現事實上的綁架，也沒有任何挖眼掏心的證據。所有的指控都是基於街談巷議，與湖南、揚州或直隸其他地方的類似指控一樣沒有得到證實。曾國藩在其報告中寫道：
英法各國乃著名大邦，豈肯為此殘忍之行？以理決之，必無是事。天主教本係勸人為善，聖祖仁皇帝時久經允行，倘戕害民生若是之慘，豈能容於康熙之世？即仁慈堂之設，其初意亦與育嬰堂濟院略同，專以收恤窮民為主，每年所費銀兩甚多，彼以仁慈為名，而反受殘酷之謗，宜洋人之忿忿不平也。
至津民之所以積疑生憤者，則亦有故，蓋見外國之堂中年扃閉，過於秘密，莫能窺測底裏，教堂、仁慈堂皆有地窖，係從他處募工修造者。臣等親履被燒堂址細加查勘，其為地窖不過隔去潮濕庋置煤炭，非有他用。而津民未盡目睹，但聞地窖深邃，各幼孩幽閉其中，又不經本地匠人之手，其致疑一也。
中國人民有至仁堂治病者，往往被留不令複出，即如前任江西進賢縣知縣魏席珍之女賀魏氏，帶女入堂治病，久而不還。其父至堂婉勸回家，堅不肯歸，因謂有藥迷喪本心，其致疑二也。
仁慈堂收留無依子女，雖乞丐、窮民及疾病將死者亦皆收入。彼教又有施洗之說。施洗者其人已死，而教主以水沃其額而封其目，謂可升天堂也。百姓見其收及將死之人，聞其親洗新屍之眼，已堪詫異。又由他處車船致送來津者動輒數十百人，皆但見其入而不見其出，不明何故，其致疑三也。
堂中院落較多，或念經，或讀書，或傭工，或醫病，分類而處，有子在前院而母在後院，母在仁慈堂而子在河樓教堂，往往經年不一相見，其致疑四也。
加以本年四五月間，有拐匪用藥迷人之事，適於是時堂中死人過多，其掩埋又多以夜，或有兩屍三屍共一棺者。五月初六日河東叢塚有為狗所發者一棺二屍。天津鎮中營遊擊左寶貴等曾經目睹死人皆由內先腐，此獨又外先腐，胸腹皆爛，腸肚外露。由是浮言大起，其致疑五也。
平日熟聞各處檄文揭帖之言，信為確據，而又積此五疑於中，各懷恚恨。迨至拐匪牽涉教堂，叢塚洞見胸腹，而眾怒已不可遏。迨至府縣赴堂查訊王三，豐領事對官放槍，而眾怒尤不可遏。是以萬口嘩躁，同時並舉，猝成巨變。其浮囂固屬可惡，而其積疑則非一朝一夕之故矣。[1]
因此，前期調查進展到這個程度，羅馬天主教會的嫌疑徹底洗清了。但是，這些結論得出之後，外國公使們的態度發生了改變。他們看到中方對於處理事件的承諾和處罰的要求沒有什麼明確的措施，從前溫和的語調變得充滿了火藥味兒。曾國藩在抵達天津時曾給法國代表寫過一封措辭謹慎的信函，關於這封信，他在給恭親王的信中寫道：
洋人性情躁急，津事既經旬日，尚止空文往複，恐其不耐遷延。先給照會許為速辦，以安其心，最為伐謀之要策。照會語意雖極切實，而抵償、議恤等事仍用虛筆，尤為斟酌盡善。[2]
[1] 譯自曾國藩總體報告之一部，《奏議》：卷二十九，第 36~40 頁上欄。
[2] 致恭親王的信函，未署日期，有可能寫於 7 月 8 日或 9 日。《書劄》：卷三十二，第 45 頁。
在大約寫於7月14日的一封信中，曾國藩預測不會有什麼麻煩，其中寫道：
昨聞電線來信，法國君王已有複示，大致謂中國修好多年，此次苟能辦得公道，仍須保全和局，不必動兵雲雲，未審是否確實。法人與布國構釁，此間傳言已久。若果法、布開兵，或者遠交近攻，不欲與中國為難。又聞法主老而厭事，其意主和不主戰，似亦事之所有。[1]
外國人專注於慘遭殺害的無辜同胞，即便有關懲罰地方官員的問題沒有更多的麻煩出現，要向中方討回公道仍然比他們所想的更為困難。曾國藩在許多信函中談到了這一點。[2]有些罪犯已經消失了，其他人即便在酷刑之下也不會吐實。直到9月底，他才隻掌握了很少幾個參與鬧事者的姓名。獲取證據以及給鬧事者中的打砸殺人者定罪，和其他國家例如美國一樣，是一件難事，這就使我們可以理解並在某種程度上同情曾國藩的為難。另一方麵，法國人不願坐等這種調查的遲緩而又不明確的結果。終於有了至少3個人可以玩忽職守甚或教唆負責，那就是天津的知府與知縣，他們負有維護該城治安的責任，以及該省的提督或將軍陳國瑞。法國人堅持說，這3人明知四處傳播的流言和招貼包含有針對傳教士們的可怕指控，他們應當采取適當的措施維護社會秩序。
7月19日，法國代表以動用海軍為要挾，要求對這3人處以死刑。（此事被曾國藩寫於第二天的奏疏所證實。）曾國藩與崇厚會商，決定如下：盡管他們認為這3人不該受到如此嚴厲的懲處，但是法國人似乎怒氣衝天，要傾盡全國之力讓中國屈從他們的要求。因此，他們建議將知府與知縣交刑部問罪，但是考慮到提督與該案關係不大，他們建議將關於此人的談判轉移到北京，而該提督當時就在京城。[3]這份奏疏標誌著談判的轉折點。
[1] 《書劄》：卷三十二，第 46 頁下欄。
[2] 尤其可見於致李鴻章的一封信函。《書劄》：卷三十二，第52頁下欄至第54頁上欄。
[3] 《奏議》：卷二十九，第 42 頁。
曾國藩感到他犯了一個大錯，不該提議懲罰這幾個人。《年譜》上說，曾國藩違背了自己健全的判斷力，對崇厚的意見做了讓步，而幾乎就在奏疏交出去之後，他便後悔在上麵署名了。他在幾封信函中試圖收回這個提議，在他與恭親王最後交流時指出，由於外國人的狡猾，跟他們打交道必須留有餘地。在懲處這幾名官員的問題上，他投讚成票是犯了一個大錯，使自己失去了回旋的餘地。[1]
[1] 《書劄》：卷三十二，第 56 頁。
犧牲兩名官員的決定，激起了官員與士紳的激烈反對。抗議信、給皇帝的奏疏、斥責，從四麵八方湧來，因為曾國藩洗白了羅馬天主教傳教會，並提議懲處地方官員。另一方麵，崇厚把他拉向相反的方向，催促他們進一步滿足法國人有關這些地方官員的要求。曾國藩懊悔自己邁出了錯誤的步伐，堅決不同意再前進一步，於是崇厚請求朝廷另外派人來取代他。[1]
中國人到處都在談論戰爭。但是，曾國藩以他特有的勇氣，試圖阻止潮流朝那個方向發展。7月底，他在給皇帝的一份坦率的奏疏中，清楚地分析了中國應對戰爭的環境條件。他說中國必須製止人們大談戰爭，因為國力太弱，不能打仗。他個人並不害怕戰死疆場，但事實上中國無法打贏戰爭，隻有選擇和平政策。即便經過奮鬥，取得了暫時的勝利，洋人在下一年又會跑來，比過去更加強大。天津教案是由無知的烏合之眾激發起來的，不能容許它發展為戰爭。[2]這就指向於一個有些機會主義色彩的政策——答應法國方麵所有合理的要求，同時就官員的處罰盡可能地避重就輕。在9月份寫給李鴻章的一封信[3]中，他告訴對方，赫德曾勸他逮捕凶手，讓他們得到應有的懲罰，那麼府縣官員的事情就容易了結了。中國政府最終采納了曾國藩的意見，但朝廷首先嚐試增派人手參與談判。江蘇巡撫丁日昌奉命北上，而毛昶熙也臨時到來，還從北京帶來了一幫高官。李鴻章也奉令率部開往天津，於8月份抵達。[4]他建議組成一個聯合小組調查針對兩位地方官的指控是否屬實，雙方都應履行其做出的決定。[5]然而當時龍顏大怒，拒絕考慮處死兩位官員，這個提議落空了。[6]另一批新談判代表試圖讓法國人降低他們的要求，但是法方代表態度強硬，結果兩名府縣官員奉令到天津接受審判。9月27日，曾國藩寫出了審判報告，陳述找不到什麼對他們不利的證據，建議交給刑部從寬發落，以便緩解全國官民的憂慮。
[1] 《年譜》：卷十二，第 8 頁上欄至第 9 頁下欄。
[2] 同上。
[3] 《書劄》：卷三十二，第 54 頁、第 55 頁上欄。
[4] 《年譜》：卷十二，第 8~9 頁下欄。
[5] 《年譜》：卷十二，第 8~9 頁下欄。
[6] 《年譜》：卷十二，第 11 頁。8 月 8 日與 12 日的上諭堅稱法國人隻有權要求公正，無權如此羞辱。
另一方麵，法國人被審判凶手的緩慢進程所激怒，抗議對被控官員的庇護，他們說，這兩位官員沒有被當作罪犯，而是被奉為上賓。法國海軍軍官說，如果不在限期內令其滿意地將全案審結，他們就會開炮。曾國藩在寫給恭親王的一封信中說，他既不知道要不要認真對待法國人的威脅，也不知道如何審結才能令法國人滿意。他寫道：“若指府縣擬抵，中國萬難辦到；若指查辦凶手，中國義無可辭。究竟應正法若幹人而後可稱切實，能指數目否？中國如數辦到之後，和局便可定否？此外除賠堂議恤，無他要求否？”他又說，他已審結8名應判死刑的罪犯，還有約20名罪犯應予處罰。要在規定的時間內湊足一定人數的真正罪犯，是完全不可能的事情。到了規定期限，他會提供名單，並承諾幾天後補交一份名單，如此來避免戰爭。[1]他的確按計劃提交了第一份罪犯名單（9月8日），[2]名單上共有15人被判處死刑，21人被判處較輕的刑罰。他於10月7日提交了最後一份名單。[3]這令法國人滿意了，其餘的談判進展順利。雙方就官員的處罰達成了妥協，提督被釋放了，知府與知縣被流放到黑龍江。[4]