這些名目繁多的酷刑和量刑極重的處置，造成了明廷朝野中的極度恐怖氣氛，個個提心吊膽。據說上朝時，太祖要是將玉帶撳到肚皮底，就是要大批殺人的信號，滿朝文武便都嚇得臉無人色，個個發抖；如果玉帶高貼在胸前，就表示他不會多殺人。
太祖還大興文字獄，借以鎮壓不滿意他統治的文人。如浙江府學教授林元亮替人作謝恩表，寫了句“作則垂憲”，太祖硬說“則”就是罵他為過賊；常州府學訓導蔣鎮為人寫了首賀表；其中有一句是“睿性生知”，太祖將“生”誤視作“僧”，認為是有意罵他當過和尚，林、蔣兩人自然都被處死了。
太祖認為用如此嚴厲的手段鎮壓臣下、整肅吏治，是治國之初所必要的，但這隻是權宜之汁，不能一直使用，所以到晚年他曾下令嚴禁後人效法，可是有其必有其子，他的四子燕王朱棣在做了永樂皇帝之後，比他做得有過之無不及。
太祖要求臣下寫奏折也要文字簡潔。刑部主事茹太素上萬言書，太祖叫人念了6370字後還未聽到具體的建議，全是空話套話官話，頓時大怒，命人把茹太紊叫來痛打了一頓。第二天晚上，他再叫人繼續讀下去，讀到16500字以後才涉及本題，提出了五項建議，其中有四件他認為是可取的，便馬上命令施行。同時，他指出這奏折隻要寫500多宇就夠了，不必寫得這麼冗繁，但又承認自己厭聽冗文而打了茹太紊不對，並讚揚茹太素是忠臣。
太祖得國，武臣立功，要推徐達、常遇春；文臣立功，要推李善長、劉基。自古兔死狗烹，伴君如伴虎，於是那件事的發生也就全在意料之中了，不過當時的事件中人卻並不太明確這個道理。那是在洪武七年，開明王常遇春大敗元兵於野馬嶺，勝利班師。太祖出凱旋門迎接，當日在武英殿設宴，為開明王賀功。入夜，太祖命人從後宮選出十名美女，用香車送到開明王府，並傳旨說：“吾弟凱旋，重入香馨，裙衩十名，輪流侍寢。”可是開明王常遇春一向與王妃蘭氏感情篤厚，是滿朝文武當中惟一不納妾的王爺，所以他不肯接旨，忙命人把這十名美女送回皇宮，並拜本謝恩說：
微臣雖然出寒門，聖潔二字牢記心。
無福承受花容女，留在天庭侍帝君。
不想疑心多且重的太祖見到奏本後非常生氣，以為常遇春是在譏諷自己出身貧寒且留戀女色，本想降旨問罪，但又想到他出生入死戰功赫赫，且顧及到當初結拜的情義和常遇春在朝臣中的威望，不便也不敢輕易動手，遂把一腔怒火全撒到了那十名可憐的柔弱無辜的宮女身上，當即傳旨把她們的雙手砍下，並拔牙割舌，然後派人把二十隻血淋淋的斷手、牙齒及舌頭，送到常府，並降旨曰：
賤女違旨犯天顏，本應淩遲肅宮苑。
念及多年侍君側，暫留殘生看來年。
太祖這一手敲山震虎，殺雞給猴兒看，開明王常遇春又氣又恨又羞又惱又難過，返回邊關後鬱悶成疾，險些沒喪了命。
劉伯溫一失喪命
劉基不愧為大智者，他察觀太祖之言色，洞知太祖之心思，所以封官拜爵，屢辭不受。善長雖然有謀有略，卻不過是些小聰明，他官至右丞相，爵韓國公，免不得有些驕態，惹得太祖有意易相，幸而劉基有言進勸：“善長勳舊，能調和諸將，不宜馬上就易換他人。”太祖道：“善長多次說卿的短處壞話，卿幹什麼替他說情呢？朕打算讓卿為右相。”劉基聞言頓首道：“譬如要換一根柱子，必須得有大木來替換，若用小木作柱，不折也得倒，臣實在是個小材，如何能任相？”
太祖道：“你看楊憲如何？”劉基答道：“憲有丞相之材，無丞相之器。可作為丞相，隻有才幹沒有氣度心胸是不行的。”
太祖又問道：“那你汪廣洋如何呢？”劉基又道：“器量褊淺，還不如楊憲。”太祖又問及胡惟庸，劉基大搖其首：“不可不可，區區小犢，一經重用，僨轅破犁，禍就不淺了。”
可是沒多久楊憲便犯了事，被處死，善長也罷了相，太祖仍然是命汪廣洋為右丞相，胡惟庸為左丞相。廣洋在相位二年，浮沉於祿位之間，無所建樹，終是沒成什麼氣候，唯獨胡惟庸狡黠善諛，漸漸得到了太祖的寵信。於是太祖幹脆罷了廣洋之職，令胡惟庸升任右相。劉基知道後痛哭不止：“惟庸得誌，必為民害，但願我言不會應驗，那倒真是百姓之福呀。”
胡惟庸聽說了這話後，懷恨在心。恰好甌閩有塊名叫談洋的地方，一向為鹽梟們聚集的巢穴，劉基因此上奏請設巡檢司，不想鹽梟不服管轄，反而糾眾作亂。劉基的兒子劉璉便據實上奏，可他沒有先向中書省作報告，其時胡惟庸剛掌管中書省的事務，便認為劉璉是蔑視自己，因此更加憤怒懷恨，於是便唆使刑部尚書吳雲彈劾劉基，誣稱什麼談洋這個地方有王氣，劉基想把那兒留給他自己做墓地，因此應加重辟。太祖雖然多疑卻對這份刑部尚書吳雲彈劾劉基的折子似信非信，於是他隻把劉基奪了俸，便算作了案。可劉基卻因此憂憤成疾，又沒有及時地請醫服藥，後來便總是覺得有什麼東西痼積胸中，以致飲食不進，漸漸的這個病越發地重了，於是太祖遣使護送他回歸青田，可憐一代大軍事家不過月餘便逝世了。
後來胡惟庸的真謀反大案敗露，在徹底追查的時候，才知道原來劉基是中毒致死，並且計出惟庸，太祖很是惋惜，怎奈木已成舟，悔之也不及了。劉基確實是並非沒有學識智慧謀略，當然如後人所傳誦的什麼說他能知未來、善斷前生，也確實是過譽之詞，假如劉基真能前知後算預曉天上人間事，又何致於為惟庸所謀斃呢？
小圖畫大禍根
胡惟庸當年的發跡倒果然是出乎所有人的預料，盡管他自己也號稱能算善預的，可好運來得太突然也太理想了，真讓人連想也不敢想。那一年的新年元宵節，因為恰巧常遇春取了山西，太祖心裏高興非常，便和馬後、惠妃等設宴相慶。到了晚上，萬裏無雲，月光如晝，太祖乘著酒興，帶了宮人廖貞，悄悄地溜出了安寧門，到街市上去玩耍。
那個帝都城中的元宵節的晚上，家家燈火輝煌，鑼鼓喧天，很多商家還在街道上紮著燈景，堆著鼇山，真是火樹銀花，熱鬧非凡。元宵鬧燈的風俗據說是宋朝流傳下來的，每年到了正月十五那天，東京城裏金吾不禁，通宵達旦，任士女遊覽。什麼迎燈鬧月，到處是城開不夜，直到元末明初，這鬧燈的風俗依然如故，所以百姓們就把迎節燈都做得爭奇鬥巧，那燈景也就越發地精致了。
太祖在路上玩了一會燈，覺得興致勃勃，忽見景運街的左邊設著一個燈虎攤子，閑看的人滿滿地圍了一大堆，太祖叫廖貞分開眾人走近攤前，見那裏懸著十幾個謎麵，並不是什麼四書五經，卻是用圖畫著一種會意謎兒。其中有一條畫謎，是個不得誌的窮秀才做的，上畫一個婦人抱著個西瓜倚在馬鞍旁，馬蹄後麵橫著一隻很大的人足。太祖瞧著尋思了半晌，恍然大悟，心想這一群遊民不是在這裏譏笑皇後嗎？原來那畫謎上含著“淮西婦人，馬後足大”八個字義。婦人抱西瓜，是懷西的意思，懷淮諧音，馬皇後正是淮西人，又恰是大足。太祖頓時氣惱異常，但不便立刻就發作，於是隻好把廖貞一拖，君臣離開了謎攤，往西邊的街上走來。
一路走著，太祖想起他曾經作詩雲：
百僚已睡朕未睡
百僚未起朕先起。
不如江南富足翁，
日高一丈猶擁被。
說起江南富家，當首推沈秀，他別號沈萬三，綽號活財神。當年太祖大兵取了應天金陵，想築皇城，隻是軍餉浩繁，倉庫又空虛，一時無力興工，聽說沈萬三有錢，便差人和沈萬三商量，借錢來築城。那沈萬三倒很是慷慨，情願擔任城工的一半作為捐助。太祖十分高興，就和沈萬三分半築城。到了結果，沈萬三的一半比太祖先完工三天。太祖表麵上雖然誇讚了沈萬三，心裏卻很是嫉妒。恰巧沈萬三修築姑蘇的街道，采山石砌路，極其講究。太祖微服出行，聽說了這個消息，便以擅掘山脈為名，下旨處沈萬三死罪。馬皇後聽說勸諫道：“沈秀捐資築城，於國家不為無功。縱有死罪，應念其前功而抵贖。”太祖說：“沈萬三是個平民，卻富可敵國，他恃財作威作福，在地方上是為民妖，曆任是為蠹吏，怎可不加以誅戮？”
馬皇後爭辯道：“妾隻知民富乃國強，民富也正是國家之福；我從未聽說有民富即為妖，須加以誅戮的道理。這樣說來，天下隻有貧民，不許有富民了？民貧國家還能夠強盛嗎？那樣怕國也要成貧國了。”
太祖被馬後一駁，弄得無可回答，不得已命將沈萬三釋放，但死罪雖免，活罪難饒，太祖命將沈秀沈萬三重重地行過了杖行後遠戍雲南，這位江南首富就這樣帶著一身的血肉模糊破碎的杖刑傷，窮困饑寒地死於赴雲南的路上。他死後，家財盡皆入官。