宗三比起前述的幾位新儒家有所進步。從梁漱溟開始，新儒家便有著強烈的反科學的情緒，認為以科學文明為主導的西方文化非但不能給人類帶來福音，反而造成災難。而牟宗三認為，要想中國文化得以重建，傳統的儒學得以光大，不能忽視學統和政統兩個方麵。至於它們同道統的關係，牟宗三說：
“吾人以為在人文主義的係統內，必須含有三個部門之建立：一，道德宗教的學問之綱維及其轉為文製而成日常生活的常軌，必須予以充分的重視。即必須在科學知識以外，承認有更高一層，更具綱維性，籠罩性的聖賢學問之存在。這方麵的開發與承續，從學問方麵說，名日道統之不斷；從文製方麵說，名曰日常生活的常軌之建立。二，作為政治生活的常軌的民主政治，必須視為生命中生根的真實理想，疏導出其基本精神與價值，而促其實現。……這方麵的開發與承續，吾人名日政統之不斷。三，科學代表知識，這是生命與外界通氣的一個通孔。吾人必須了解它的基本精神與特性，必須疏導出中國文化生命裏何以不出現邏輯、數學與科學，西方文化生命裏何以會出現。這是知識方麵‘學之為學’的問題。這方麵的成立與繼續，名日學統之不斷。”①(①《道德的理想主義》，第152頁。)
牟宗三進而認為，這“三個部門”是我們這個時代人文主義所必須涵攝的，“沒有一麵是可缺少的。”②(②《道德的理想主義》，第152頁。)
從上引文字看，牟宗三的“三統”，實則講的是新儒家一個老話題，即內聖外王問題。
我們知道，從梁漱溟開始，現代新儒家無不圍繞著內聖外王這一主題作文章。遺憾的是，盡管他們都曾因之建構起自己的理論係統，但卻始終沒能解決好這一問題，最後都不免回到張之洞那裏，還是“中體西用”的老調調。但問題又在於，如果這一問題得不到很好的解決，那麼新儒家的探索就會失去實質性的意義。牟宗三是認識到了這一點的，所以他把自己的學術興趣主要放在這一方麵。然而，盡管他有著其他新儒家不曾有過的思想，義理規模也更為宏大，但卻同樣沒有達到理論目的。道統、學統與政統三者，道統仍然居於至高無上的統攝地位，學統和政統的開出，隻是作為道統發展途中的鋪路石子而具有價值。
讓我們先看看他的“道統”。
在牟宗三看來，所謂“道統”，即道德宗教；所謂“道統之肯定”，即肯定道德宗教在民族文化中的至上地位，以護住孔孟所開辟的人生宇宙之本源。道德宗教是“人道之尊”的總根源和生命價值的總根源。人性的尊嚴和人格的尊嚴，均由之而得以挺立。因之可以說，道德宗教是中國文化之“根”，也是其生生不已的“動原”，文化尋根亦應該從這裏開始。
他認為，“動原”問題是任何一個具有文化成就的民族都少不了的。各民族文化的內容和走向，其實就是在這“動原”處決定的。他又說：“各民族的文化動原雖有不同，但都是最初的(Primary)，也是最後的(final)。這裏是無古無今。這方麵的問題，就是近代所謂的“終極關心”的問題。它是屬於人類生命根本方向與智慧方向的問題。它不象政治、經濟那樣隻是為我們所‘現實’地‘關心’著，而是為我們‘終極，地‘關心’著。”①(①《中國文化的省察》，第102頁。)也就是說，終極關心問題對人類來說，是具有普遍意義的，誰也無法離棄。不管你在社會上做什麼事情，處什麼地位，都存在終極關心問題。
就人類文化史上看，終極關心問題就是宗教問題，故西方人有基督教，東方人有佛教、印度教和伊斯蘭教等等。而中國人對終極關心問題的解決，主要的卻不是佛教或道教，而是儒學。牟宗三說：
“中國文化中的終極關心問題，是如何成德，如何成就人品的問題。無論貧富貴賤都是如此。所以這是一個具有普遍性的問題。這個成德的根據，也就是中國文化之動原，即是宋明理學家所謂堯、舜、禹、湯、文、武、周公、孔子聖聖相傳的心法。這心法，就是‘人心唯危，道心唯微。唯精唯一，允執厥中’這幾句話。”①(①《中國文化的省察》，第104頁。)
由於宗教與道德在中國文化裏是不能兩相分離的，所以牟宗三又認為，非但宗教不是外在的迷信，就連道德也不是“外在的幹枯條文之拘束”。道德作為生命內在的向上之情，本質上是人之所以為人的“絕對主體”的透露。它是人格的大開展，心靈的大開拓，使人從小人提升為大人，從普通人提升為賢人聖人。如果忘卻了道德的修為，淡薄了對生命意義的追求，人們就會日趨於卑俗凡庸，毫無高貴之念，價值之感，人生亦日趨於萎縮苟偷，而無天行昂揚之德。相應的，任何有價值的事業也不可能創造出來，更無民主與科學落實的可能。
聖賢學問雖以道德宗教為主體，但又不限於道德宗教。也就是說，道德宗教作為一種提撕人生價值的學問，還得要有落實的地方。這落實的地方，就是“文製”，或日人們日常生活的常軌。所以牟宗三強調：“吾人今日開發承續聖賢學問的統緒，亦必須深切注意到如何再使其轉為文製的建立。”②(②《道德的理想主義》，第153頁。)但此“文製”，又不是民主與科學意義上的，而是禮儀規範和行為準則之類的東西。科學與民主必須建立在“文製”的基礎上，因為科學家、政治家，皆不能沒有日常生活，有日常生活就少不了日常生活的常軌。可見，在牟宗三這裏，道統實則包含道德宗教與文製兩個方麵。他說：
“吾人今日講人文主義，首先注意到人性的覺醒、人道的覺醒，反物化、反僵化、把人的價值觀念開出來，其次就要注意到由這種覺醒如何轉為文製的建立以為日常生活之常軌。這兩麵合起來就是張橫渠所說的‘為天地立心，為生民立命，為往聖繼絕學，為萬世開太平’。”①(①《道德的理想主義》，第154頁。)
但是，牟宗三又看到，一方麵，一切人文活動都可視為道德理性之客觀化；另一方麵，曆史文化又可視為道德理性在縱貫的曲折中實現。即是說，道德理性必須客觀化於人文世界中，方可得以充實和完備。所以，我們今日談道統，談人文主義，必須“在道德理性之客觀實踐一麵轉出並肯定民主政治，且須知道德理性之能通出去，必於精神主體中轉出‘知性主體’以成立並肯定科學”。②(②《道德的理想主義》，第184頁。)
對於民主與科學的看法，牟宗三不再走張君勱、錢穆等人“古已有之”的老路，而是承認在中國傳統文化裏，這兩樣東西原本是缺乏的。在《曆史哲學》一書裏，他寫道：中國文化“在全幅人性的表現上，從知識方麵說，它缺少了‘知性’這一環，因而也不出現邏輯數學與科學；從客觀實踐方麵說，它缺少了‘政道’之建立這一環，因而也不出現民主政治，不出現近代化的國家政治與法律”。③(③牟宗三：《曆史哲學》，第191頁，學生書局1984年版。)此種現象，他稱之為“有道統而無學統與政統”。在他看來，學統與政統屬於“中間架構性的東西”，雖不屬於最高境界中的事情，“然而在人間實踐過程中實現價值上，實現道德理性上，這中間架構性的東西卻是不可少的。而中國文化生命在以往的發展卻正少了這中間一層”。④(④《曆史哲學》，第193頁。)
中國文化生命裏之所以缺少這“中間一層”，按牟宗三的理解，是由於中國文化的特殊性所致，具體說是由於偏重於“德性之知”而造成的。
比如科學。儒家以前所確定的文化模式，雖日仁智合一，但畢竟以仁為籠罩，以智為隸屬。這種文化模式雖不無好處，但“知性”卻很難開發出來。因為智始終停留在聖賢人格的直覺形態上，即智慧妙用的形態和圓而神的形態上，始終未能彰顯出來，獲得獨立的發展，因而亦無自身的成果。
至於民主政治，牟宗三的論述甚多。這在於他深深地感到民主政治於現代社會人們生活的重大意義，同時又認識到從傳統的內聖之學裏開出民主政治於承傳儒門薪火的重大意義。
首先，牟宗三認為，對於政治問題，應分政道與治道兩個方麵來看。政道是相應政權而言的，治道是相應治權而言的。中國在以前於治道，已到達“最高的自覺境界”，而政道則“始終無辦法”。因之遂有人說，中國在以往隻有治道而無政道，亦如隻有吏治，而無政治。吏治相應治道而言，政治相應政道而言。
為什麼中國曆史上隻有治道而無政道，隻有吏治而無政治呢？牟宗三的解釋是：兩千多年以來，中國的政權都是通過“打天下”得來的。得天下的君主，勢必視權力為私物，視國家為己有，其情形就像黃黎洲所說的“三代以下藏天下於筐篋”。君主把國家當作自己的私有財產，以至高無上的地位俯臨全國，自然不受任何法律限製。這樣，人民便不可能成其為“政治的存在”，算不上真正的公民，自然不可能形成一種對最高統治者有製約作用的“政道”。孔孟學說雖有文製，但文製隻限於日常生活，“始終未轉出政治生活的文製”。而成其為日常生活的文製主要是“五倫”。“五倫”就政治生活而言，隻有“君君臣臣”一倫，對於君與民和臣與民的關係怎麼處理，則沒有具體的理論說明。對於社會政治來說，君與民的關係怎麼處理，尤為重要，但是古代中國在這方麵恰好欠缺，“沒有真正的客觀的政治關係之建立，故政治形態始終是停在君主專製上”。在君主專製主義的統治下，君是一個超越的無限體，而民則隻是被動的不自覺的“羲皇之人”。對此，牟宗三指出：
“君與民這兩極端，民一端若完全沒有起來，則君一端不能有政治法律形態的製度來限製。這兩端間的真正客觀的政治關係不能建立，則以士大夫組成的宰相係統，掌握治權者，則不能有真正的客觀化。這點是了解中國文化發展，儒家學術發展的大關節。以前的儒者、思想家，每至此而窮。須知光以道德教化的形態來限製皇帝是不夠的，光是‘自天子以至於庶人，一是皆以修身為本’，這一層，光是內聖的正心誠意，這一層，對於君民之間真正的客觀的政治關係之建立是不夠的。”①(①《道德的理想主義》，第155頁。)
君主專製於中國社會所帶來的弊端，牟宗三是有深刻省察的。他將其概括為三點：第一，政權轉移沒有辦法解決；第二，皇位世襲沒有辦法解決；第三，因皇位繼承、政權轉移，無合法的安排與解決，“於是革命、篡奪、弑父、殺兄這些亂七八糟的胡鬧”，便在曆史上層出不窮。②(②《中國文化的省察》，第86-87頁。)正因為對這些弊端的認識，牟宗三明確表示，他不願再看見揚州十日、嘉定三屠和文字獄的殺戮，不願再看見隋煬帝、唐太宗、明燕王、清雍正那樣的爭攘，不願再看見王莽、曹丕、司馬炎、朱溫那樣的篡奪，也不原看見在今後的曆史中常常“鬧革命”。他希望炎黃子孫都能和平而有秩序地生活在一個具有高度理性化製度化的社會裏，希望在國家政治中，政治的轉移，各級政府官員的接替，都有一個和平而理性的法律製度來安排。