若是用守成之君的標準來衡量，朱標的性格算不上有多大的缺點。相反，在一味推行猛進政治的帝王之後出現一位仁柔的君主，對社會無疑會起一種緩衝作用。
朱元璋對太子的所作所為還是非常滿意的，因為太子有太平君主的一切優點。他身為長兄，對諸弟頗為關懷愛護，深孚眾望；處理政事明睿審慎，有條不紊……可是，偏偏天不作美。洪武二十五年（1393年）春，太子在出巡西北回京後，一病不起，不久便撒手塵寰，年僅38歲。
65歲的老皇帝傷心之至，須發在短時間內全白了，這不僅是喪子之痛，更是立儲失敗之痛。悲痛之餘，朱元璋不得不提起精神來重新考慮立新儲的問題。在此期間，他曾想到了皇四子朱棣，因為朱棣有許多地方都與自己非常相似，但向群臣谘詢的時候，大臣劉三吾提出，如立皇四子，那麼將皇二子、皇三子立於何地？當時朱元璋已經分封了諸王，而且這三個兒子分別被封為了秦王、晉王、燕王，三人的封地都是邊境重鎮，而且手握重兵，一旦由於爭儲而出現內訌的話，那後果將非常嚴重。因此朱元璋隻得將朱標的次子朱允炆立為皇太孫（朱標長子早逝）。
朱元璋擔心朱允炆應付不了局麵，隻好再一次斬除荊棘，傅友德、馮勝這幾個僅存的元勳宿將也因此被殺了。棘杖上的刺的確被斬除殆盡了，但是一種新的荊棘卻在慢慢地生長。舊棘剛盡，新刺甫生。這新的利刺便是藩王。
諸藩王在自己的封地建立王府，設置官署，地位極高，公侯大臣進見親王都要俯首拜謁，每個王府都設有親王護衛軍，數量從3000人到19000人不等，封在長城線上的親王更不在此限。當遇到急事時，地方守鎮兵也要歸親王指揮。親王還是地方守軍的監視人，是皇帝在地方的軍權代表。一旦地方有變，護衛軍可以單獨應戰。即使京師危急，也可以起兵勤王，達到屏藩皇室、翼衛朝廷的目的。朱元璋以為軍權托付給親子，就萬無一失了。
朱元璋對子孫們實行了最大可能的皇族教育，諸子成年後，大多精明能幹。洪武二十六年（1393年）以來，元勳宿將被誅殺殆盡，麵對北方蒙古的軍事威脅，邊塞各王的軍事地位日趨重要，除去軍中要事須向朱元璋報告外，晉王朱棢、燕王朱棣被授命全權處理北方日常軍務。秦王與晉王、燕王等多次率軍北征，其他小王也領兵隨兄長們巡邊，校獵沙場。頻繁的征戰不僅鍛煉了諸王，也促進了他們同軍隊的聯係，大大加強了諸王的軍事實力。軍功、實力以及皇子的身份，使諸王成為能與朝廷相抗衡的隱患。
朱元璋對藩王問題並非一無覺察。諸王不法，他即嚴厲責罰。一次，有人告發晉王謀異，朱元璋聞後大怒，令太子朱標將其從北方王府帶回京師，痛加訓誡，直到晉王答應改過，才許回藩。對北方諸王的動向，朱元璋也頗為注意。傳說，他曾派劉基次子以穀王府長史的身份巡行提調北方六王府事，暗中偵探諸王的一言一行。
但是，終其一生，藩王問題一直沒有引起過他的足夠重視。相反，洪武帝對封藩之舉還一直自鳴得意。他曾向皇孫朱允炆表露過：“我把邊防防敵之事交給諸王，可使邊境安定，你就可以做一個太平皇帝了。”
“敵虜不靖，可用諸王抵禦，諸王要是不安封國，朝廷又拿什麼去防禦呢？”朱允炆這位青年皇儲倒是感到了藩王之憂，擁兵在外的諸王是他的長輩叔父，他的身份不是太子而是太孫。他將他的憂慮曾向朱元璋全盤托出。皇孫的問話使朱元璋無言以對，他沉默良久，方才反問：“你的意思如何？”“先用德化懷柔他們，用禮製限製他們，不行就削奪他們的封地，實在不行就廢置他們，再不行就舉兵討伐！”朱允炆提出了一個四部曲方案。可以看出，這位皇儲對藩王之事有過長期的思考。“是的，除此也別無良策了。”朱元璋也隻能同意孫子的辦法了。
可是，在朱元璋心中，各藩王的不安分隻不過是一種假設而已。他沒有想到自己健在時，諸王懾於自己的英烈，自然不敢有不誠之舉。但是，自己百年之後呢？
洪武三十一年（1398年），71歲的朱元璋駕崩，21歲的朱允炆即位，之後他隻能依靠自己的力量去對付各地的叔叔們了。
3.叔侄相爭，下落不明
燕王朱棣與建文帝朱允炆之爭是朱氏家族的內部紛爭，既改不了“朝”，也換不了“代”，更改不了“姓”。大明江山仍然是朱氏家族的江山。
朱元璋建立了明朝以後，將諸子分封到各地做藩王。他們各自擁有數量不等的護衛甲士，尤其是北邊的幾個藩王，手握重兵，勢力更加強大。朱允炆繼位後，深感諸藩王對自己的嚴重威脅，即位不久便開始削藩。建文元年（1399年），燕王朱棣毅然起兵，與建文帝展開了長達三年之久的爭奪皇位的戰爭，最終以燕王勝利而結束。史稱這場戰爭為“靖難之役”，這次事變為“靖難之變”。
建文元年（1399年）七月七日，朱棣聚集將士誓師，公開打出了奉天靖難、清除君側的旗號，曆時三年的“靖難之役”就這樣爆發了。這時，離明太祖朱元璋離開人世才剛剛15個月。靖難口頭上的對象是建文帝身邊以齊泰、黃子澄為代表主張削藩的大臣，即所謂“君側”。但雙方心裏都清楚，無非是奪位與保位之爭。