道行喇嘛深得慈禧信賴，這不僅是因為慈禧崇拜佛教，還由於她更認為道行是個高僧，派他去調查，義和團的真偽便會一清二楚。但是她沒有想到，端莊二王已和李蓮英通了氣。在道行出宮之際，李蓮英特地找到了道行，向他傳達端莊二王的意思，道行喇嘛一一記在心裏。
道行喇嘛到達山東義和團本營以後，當即受到熱情的接待。因為山東義和團首領李來中等早已與端王載漪、莊王載勳掛上了鉤。道行未至，消息已先至。於是，李來中便在盛宴招待後，天天奉陪著特使道行，今天去看練操，明天去看練武，奉若上賓。
數日之後，道行喇嘛離開山東回京，一方麵他既得李蓮英囑托，另一方麵又受到山東義和團厚待，於是，回京後把義和團錦上添花地說得格外聲勢非凡，仿佛真像神兵天將一樣了。慈禧聽到報告後大喜，用義和團之心益增。
但是，用義和團抗擊洋人畢竟非同等閑，慈禧還算慎重，於是，她在義和團發展到直隸以後，第二次派人前往涿州（今河北涿州一帶）去調查，這次派出的人是剛毅和趙舒翹。兩次調查的答案基本一致，慈禧決定招撫義和團。由於朝廷政策的轉變，義和團迅猛發展，很快發展到京津一帶。義和團發展之速、勢力之大，使滿朝文武也很震驚。大學士徐桐給慈禧出了一個主意：“利用反對洋人的義和團，給洋人壓力，以收兩敗俱傷之效。”慈禧非常欣賞這一建議，傳令召義和團入京。
義和團發展迅速，很快控製了京津地區。義和團勢力的膨脹，嚇壞了侵華的各國帝國主義。他們先向清政府提出抗議，要求清政府全力剿殺義和團，繼而又組織八國聯軍，由德將西摩爾率領親自剿殺義和團。為此，清廷召開了四次禦前會議商定對策，最後，決定向八國宣戰。但是，義和團並未取得徹底勝利。一方麵由於他們“刀槍不入”的神咒不能避開洋槍洋炮，他們在使館區前與西什庫教堂門前留下了大批屍首，加之義和團進入京津之後紀律鬆弛，燒殺搶掠之事時有發生，有失士民之望；另一方麵，統治者越來越不信任義和團。慈禧曾毫不隱諱地說道：“後來接著攻打使館，攻打教堂，甚至燒了正陽門，殺的、搶的，我瞧著不像個事，心下早明白，他們是不中用，靠不住的。”
榮祿暗揣慈禧轉變之意，也為了留一條後路，他陰通敵人，暗加助之。慈禧在這個問題上，雖未明確表示支持榮祿，但卻事事默許，而對積極參戰的董福祥甚至公開表示反對，這些事實，充分證明慈禧的態度有所轉變，由積極支持義和團逐漸轉為陰阻義和團。這樣，義和團的行動受到限製，與洋人作戰受到了像榮祿一類人的破壞，而就在此時，八國聯軍增兵派將，再次進犯北京，終於打敗了義和團，北京成了八國聯軍橫行霸道、擄掠搶劫的地方。
光緒二十六年的夏末，八國聯軍逼近北京，清王朝的統治者冒著酷暑倉皇出逃。慈禧一行倉皇逃到了西安。慈禧西行之時，就積極謀求與八國聯軍和議。還在逃跑的路途中，七月二十六日便電諭李鴻章與徐桐、榮祿、崇綺立刻與八國議和。為了議和，也為了保持她的權勢地位，她宣布的第一批替罪羊有載漪、載勳、剛毅、趙舒翹等。他們死的死，流放的流放，撤職的撤職，降級的降級，處罰是極為嚴厲的。
經過多方交涉，加之慈禧等也按帝國主義列強提出的條件而行，接受了他們提出的要求，處死或嚴處了同帝國主義作對的官吏，最後，和議總算達成了。光緒二十八年八月二十六日，喪權辱國的《辛醜條約》簽訂。和八國達成議和之後，慈禧一行便從西安分批返回北京。
經過義和團運動和八國聯軍之役，不隻全國被剝削、被壓迫的下層百姓感到不能依然生活下去，就連統治者和剝削者也感到不能照舊統治下去了。在戊戌政變中，慈禧奪取了光緒帝的權力，拔除了變法維新的旗幟，而到了此時此刻，她也必須實行新政，重新踏上了光緒帝走過的老路。
慈禧新政內容涉及較廣，“舉凡朝中國政，吏治民生，學校科舉，軍政財製”諸方麵均有。綜其要者，大致有如下幾方麵內容。
第一，興學堂，改科舉。學堂是培養人才的地方，欲振興中國，挽救危局，人才是急需的。因此，對興辦學堂，慈禧給予了高度重視。她認為“人才為政事之本”，“興學育才，實為當今急務”。在此思想指引下，她又積極地頒令實辦。
為了堵住科舉選仕之路，慈禧又下令：“自明年（光緒二十九年，1903年）會試開始，凡一甲之授職修撰編修，二三甲之改庶吉士，用部屬中書者，皆令入京師大學堂，分門肄業，其在堂肄業之一甲進士庶吉士，必須領有畢業文憑，始谘送翰林院散館，並將堂課分數，於引見排單內注明，以備酌量錄用。”這樣一來，仕官之途不再是科舉，而是由學堂肄業。到此為止，自隋朝以來一千餘年的科舉製被正式廢除了。
第二，改兵製練士兵，舉辦武備學堂。在同列強的戰爭與鎮壓農民革命中，充分顯露了八旗、綠營兵的腐敗與兵製的落後，故不改兵製不足以振武，不練士兵不足以禦敵。在這種情況下，清政府便開始較前更為積極地改製練兵。在兵製方麵，清政府製定了許多營規法規，確定軍製以鎮為經常編製，鎮設統製統領，下轄二協，協置協統統帥；協轄二標，標有標統指揮；標下設三營，營以管帶為長；營轄四隊，設隊官；隊轄三排，排轄三班。在練兵方麵，清政府令旨迭出，號令全國認真訓練。光緒二十九年（1903年），京師成立了練兵處，責成其統籌諸地練兵事宜。在地方上，責令各省成立督練公所，負責本省的練兵事宜。通過一段時間的訓練後，取得了一定效果。
在改兵製、練士兵的同時，為了更有效地提高軍隊素質與指揮水平，清政府於光緒二十七年（1901年），下令停止武科舉，改由設置武備學堂造就軍事人才。清廷旨令頒發，全國各地陸續設立武備學堂，武備學堂的設立並以嚴格的製度練習訓練，培養了人才，可以說，武備學堂代替武科舉是一大進步。
第三，遊學西方，考察西方政治。從中國的挨打受奴役，尤其是對八國聯軍之戰敗逃西安的慘痛曆史中的反省，慈禧方知中國政弱之源，知道中國欲抵禦列強，必須“師夷之長技”，向西方學習。因此，慈禧傳出懿旨：“飭令各省選派學生出洋遊學，以資造就。”慈禧又旨令屢下，加以對不實辦此事官吏的懲處，使遊學西方諸國之人增加不少。這些人，對未來中國的建設發揮了重要作用。
麵對中國挨打受欺、任人宰割的現狀，作為最高權力主宰者的慈禧，必須考慮中國致弱之因。千思百慮，她感到中國的政治製度似乎有弊病。因此，她認為應對西方諸國的政治進行考察，力求吸取其有益於中國的東西，對中國政治有所好處，故特設政務處。並且於光緒三十一年（1905年）十月，派出了端方等五人考察團，“出洋考察各國政治”。與此同時，又設立了考察政治館，目的是“延攬通才，悉心研究，擇各國政治與中國相宜者，斟酌損益，纂訂成書，隨時進呈，候旨裁定”。
盡管慈禧並非真心改革中國政治，但她從現實狀況中追索政治腐敗的原因，並力求向西方學習，損益中國政治，她所邁出的這一小步，也是難能可貴的！
慈禧新政在經濟方麵的重要表現，就是興辦商務、礦務。商務、礦務是政府財政收入的主要來源之一，在清政府財力匱乏的情況下，興辦商務、礦務極為重要。因此，慈禧對此較為重視。在責令各地興辦商務、礦務的同時，又於光緒二十九年（1903年），成立商部，加強對商務、礦務的督導。隨後，又由商部陸續製訂頒發了許多有關商務的章程，使商務、礦務有了很大程度發展。
與此同時，在各方的壓力下，慈禧開始進行其準備立憲的工作，但是，直到她病死，也沒有頒布憲法，召開議會。各地官紳要求立憲，是要推進中國近代民主化的曆程，發展資本主義經濟，提高資產階級的政治地位。而慈禧的預備立憲則是為了鞏固清政府的統治，把軍政大權愈加集中在以她為首的滿族權貴手中，製止革命黨人的革命活動。慈禧的預備立憲加劇了滿漢矛盾，加劇了清政府與人民群眾的矛盾，起到了加快清政府滅亡的作用。這是她所始料未及的。