在宰臣的具體人選上，趙昚恢複了宋代立國以來“異論相攪”的祖宗家法，提倡宰臣之間可以有不同的政見，以此來讓他們互相牽製。宰臣們不能團結合作，雖然在一定程度上有利於皇帝控製朝政，但這種局麵卻給趙昚的中興大業帶來了嚴重的負麵影響。
隆興元年十二月，趙昚以湯思退為左丞相，張浚為右丞相，讓主和派重新執掌了大權。主和派趁機大肆破壞張浚辛苦經營的江淮防線，最後，迫使趙昚屈辱求和。乾道年間，趙昚再謀北伐。他先是任命葉顒為左丞相，魏杞為右丞相，前者一向主張收複，後者卻始終反戰主和。一年之後，趙昚就覺得他們意見有分歧，很難成事，便罷去了他們的相位。但是，趙昚並沒有改變用人方法。乾道八年，在他任用虞允文為左丞相的同時，又將反對用兵的梁克家升為右丞相，結果使虞允文心存顧慮，遲遲不肯從四川出兵。
除了內部的互相牽製，趙昚還利用宰臣之外的政治力量來製約宰臣，這就是重用自己未當皇帝時的部屬們。這些部屬往往倚仗趙昚的寵幸禍亂朝政。他們由於長期跟隨趙昚，因此和他關係密切。相對於其他朝臣，趙昚對他們更為信任，遂重用他們作為耳目，這構成了孝宗朝政治的又一特點。
趙昚的近臣比較有名的有曾覿、龍大淵、張說等人。曾覿、龍大淵原是趙昚為建王時的低級僚屬，由於善於察言觀色，深得孝宗歡心。趙昚一登上皇位，便立即破格提升二人，讓他們參與軍機大政。朝臣們紛紛奏章反對，抨擊二人不學無術、見識淺薄，仗著趙昚的恩寵，必將“搖唇鼓舌，變亂是非”。趙昚不但不聽勸諫，反而還將反對的大臣降職免官。曾、龍二人從此更無所忌憚。
乾道三年（1167年），參知政事陳俊卿抓住曾、龍二人不法行為的證據，彈劾他們偷聽、泄漏機密政事，趙昚一時氣憤，將曾、龍驅逐出朝。但實際上，趙昚心裏對二人還是念念不忘的。乾道四年，龍大淵死於任上。接到龍大淵的死訊，趙昚又想召曾覿回朝，但朝臣們已經猜到了他的心思，不等詔書下達，反對的奏章就紛至遝來。
乾道六年，反對最為強烈的陳俊卿罷相，趙昚立刻召回了曾覿，對其恩寵有加。曾覿一時間權勢顯赫，朝中文武官員多出其門。淳熙六年（1179年），出守建康府的陳俊卿兩次麵見趙昚，一再指出曾覿結黨營私的危害。趙昚對朋黨一向嚴於防範，經陳俊卿的提醒，這才開始對曾覿等人稍有疏遠。
張說本以父蔭入仕，後因娶高宗吳皇後之妹，遂受重用。乾道七年，趙昚任其為簽書樞密院事，進入執政之列。朝議大嘩，同知樞密院事劉珙恥於與張說共事，憤然辭職，中書舍人範成大拒絕草詔，趙昚隻得暫時收回成命。
一年之後，趙昚再次命張說參與樞密院事，盡管這次朝臣們依然激烈反對，但趙昚仍不為所動，將持有異議的李衡、王希呂、周必大、莫濟等人一並免職，強行發布了對張說的任命詔書，此後再也沒有人敢公開議論這件事了。張說之所以能夠得到趙昚的器重，除了他的外戚身份外，還與他在抗金上的態度有關。當時，趙昚正在籌備再次北伐，而朝中大臣要麼明確反對，要麼猶豫觀望，張說對北伐積極讚同，是除虞允文外，少數幾個支持出兵的大臣之一。因此，趙昚堅持起用張說，是希望他能協助自己和虞允文，早日收複中原。然而，張說既無才識，又無德行，他上任之後，便與曾覿等人互相勾結，倚恃恩寵，為所欲為，使趙昚大失所望。淳熙元年，趙昚罷免張說，將其貶謫撫州。
綜觀孝宗一朝，對外力圖中興恢複，最終卻徒勞無功；對內即使重新樹立起了皇權的威嚴，但吏治腐敗、民亂迭起的狀況卻沒有得到根本好轉。
盡管如此，趙昚仍是南宋最想有所作為的君主。他經常感歎自己功業不如唐太宗，富庶不及漢文景父子，抱怨自己還不如東吳孫權，能得許多人才。他十分勤政，以致“事無巨細，概呈禦覽，情無輕重，均由聖裁”。乾道、淳熙年間，南宋社會經濟持續發展，盡管也有過湖北賴文政率領的茶販茶農暴動，以及廣西李接領導的農民起義，但就社會政治而言，這一時期仍不失為南宋最清明穩定的時期。
趙昚銳意北伐，但內外條件卻令他“用兵之意弗遂而終”。他外逢金世宗統治，對手政局穩定，財政充裕，戰備嚴整，無懈可擊；內有太上皇幹擾，自己被索縛手腳，消磨銳氣，有心無力，有種種無奈。孝宗在位二十七年，有二十五年受到太上皇趙構製約。太上皇並沒有如其禪位時宣稱的那樣，不問朝政，頤養天年，一到關鍵時刻，他就多方掣肘，出麵幹涉，例如新任命的宰執必須到他那兒“入謝”，麵聽“聖訓”。在收複中原大計上，太上皇更是寸步不讓。他一再告誡趙昚：一旦用兵，對方不過事關勝負，我們卻是關乎存亡；收複事等我百年以後你再考慮吧！這也是趙昚在隆興北伐後不再用兵的重要原因之一。
淳熙十四年（1187年），太上皇趙構最終去世，趙昚還做了兩年皇帝，但他卻再無當年的銳氣，暗中打算禪位給自己兒子。後人以恢複論其父子道：“高宗之朝，有恢複之臣，而無恢複之君；孝宗之朝，有恢複之君，而無恢複之臣。”此說不無道理，高宗無意恢複，但嶽飛、李綱、張浚都以恢複為己任；孝宗誌在恢複，僅一個虞允文也中途而歿，曆史的發展並不總是盡如人意的。
淳熙後期，趙昚已經深感力不從心，開始厭倦煩瑣的政事，打算讓位於太子，但礙於太上皇高宗還健在，一時無法施行。淳熙十四年十月，高宗病逝，趙昚決定服喪三年，以“守孝”為由退位。
淳熙十六年（1189年）二月，孝宗正式傳位於太子趙惇，時為光宗，自己退居重華宮，做起了太上皇。