趙昰一行輾轉泉州、潮州、惠州等地。景炎三年（1278年）春，來到雷州附近的硐洲。逃亡途中，宰相陳宜中借口聯絡占城，一去不返，又一次充當了可恥的逃兵。
蒙古將劉深攻打淺灣，張世傑與之大戰，兵敗，護衛趙昰逃亡秀山。不久，秀山失守，又逃亡井澳（珠江口外）。劉深追兵趕到井澳，宋元兩軍在海上大戰，趙昰因為在逃亡途中受到颶風驚嚇，驚恐成疾。
十二月，趙昰隻能帶病出海。在七裏洋，宋軍和元軍又發生一場惡戰，隻因宋軍一路敗退，又長期在海上流亡，食物嚴重缺乏，故而戰鬥力大減，被元軍擊敗，廣王趙昺母親的弟弟俞如矽被元軍俘虜。此時，南宋小朝廷已經被追得窮途末路，很多人都灰心喪氣了。張世傑、陸秀夫等少數幾個人，仍然懷抱著堅強的複國信念，他們鼓舞下屬，激勵士兵，又護衛著病體沉重的宋端宗轉移到硇州島。
景炎四年四月，趙昰在硇州島病逝，年僅11歲。由於軍情緊急，就地草草埋葬。趙昰自即位以來，就一直在亡命的旅途之中，雖然貴為皇帝，實際上沒有享受過一天的榮華富貴。他死了之後，當地的百姓還是非常懷念他，經常到他的墓地上祭掃。
趙昰死後，群龍無首，眼看小朝廷就要分崩離析，陸秀夫慷慨激昂，振作士氣：“諸君為何散去？度宗一子還在，他怎麼辦呢？古人有靠一城一旅複興的，何況如今還有上萬將士，隻要老天不絕趙氏，難道不能靠此再造一個國家麼？”眾臣便又擁立年方7歲的趙昺為帝，由楊太後垂簾聽政，改元祥興。
5.崖海大戰：趙氏家族的悲壯末路
崖海之戰，標誌著趙氏家族的滅亡。趙氏家族的祖宗法度束縛了許多想有所作為的領導者，“守內虛外”的統治策略終結了家族的統治。
元軍下定決心斬草除根，步步為營，對南宋小朝廷緊追不舍，宋軍已陷入三麵包圍之中。硐洲地處雷州半島，而雷州具有重要的戰略地位，對戰局的發展有著至關重要的作用。在元軍的猛攻之下，雷州失守，小朝廷形勢非常危急。張世傑數次派軍想奪回雷州，但都未能成功，於是將流亡政權遷至崖山。
小朝廷到達崖山時，尚有正規軍和民兵20萬人，而進攻的元軍隻有數萬。僅就兵力而言，雙方相差懸殊，且元軍不善水戰，宋軍無疑在這方麵占有優勢。但張世傑已經對前途不抱希望，放棄了對崖門入海口的控製，把千餘艘戰船背山麵海，用大繩索連接，四麵圍起樓柵，結成水寨方陣，把木製戰船兩側用襯墊覆蓋，以防禦元軍的火箭和炮弩，趙昺的禦船居於方陣之中，打算在此死守。張世傑此舉有兩大失誤，一是放棄了對入海口的控製權，也就等於把戰爭的主動權拱手交給了對方；二是把千餘戰船貫以大索，結成水寨，雖然集中了力量，但卻喪失了機動性，相當於把宋軍主力暴露在敵人麵前，任人攻打。
祥興二年（1279年）正月，元軍都元帥張弘範從廣東由海路到達崖山，包圍了張世傑的部隊。宋軍陷入孤立無援的境地，在10多天的防禦戰中，將士們隻能以幹糧充饑，飲海水解渴，飲過海水的士兵嘔吐不止，戰鬥力嚴重削弱。
同年六月二日，元軍向崖山發起總攻。元將李恒指揮水軍，利用早晨退潮、海水南流的時機，渡過平時戰艦難以渡過的淺水，從北麵對宋軍發動了一場突襲，到中午，北麵的宋軍已被元軍擊潰。南麵的元軍又在張弘範的指揮下，利用中午漲潮、海水北流的時機，向宋軍發動了另一次進攻。宋軍南北受敵，士兵又身心疲憊，無力戰鬥，全線潰敗。戰鬥從黎明進行到黃昏，宋軍多艘戰艦被毀。張世傑見水師陣腳大亂，戰船為大繩索連貫，進退不得，這才下令砍斷繩索，率10餘戰艦護衛楊太後突圍。
張世傑率船殺到外圍，見趙昺的禦船過於龐大，被外圍的船隻阻隔在中間，無法突圍，便派小舟前去接應。當時，天色已晚，海麵上風雨大作，對麵不辨人影，陸秀夫唯恐小船為元軍假冒，斷然拒絕來人將趙昺接走。張世傑無奈，隻得率戰艦護衛著楊太後殺出崖門。宋軍敗局已定，陸秀夫知道已沒有逃脫的可能，便把自己的妻兒趕下大海，接著對趙昺說：“事已至此，陛下當為國捐軀。德佑皇帝受辱已甚，陛下不可再辱！”趙昺身穿龍袍，胸掛玉璽，隨陸秀夫跳海自盡。至此，延續了近320年的趙宋王朝正式結束。
這是一場少見的殘酷戰役，戰鬥結束時，海麵上到處漂浮著屍體。文天祥此時正在崖山元營，親眼目睹了這一慘狀，他在詩中寫道：“羯來南海上，人死亂如麻。腥浪拍心碎，飆風吹鬢華。”數天之後，陸秀夫屍體浮出海麵，被鄉人收葬。元軍在清理戰場的時候，發現一具身穿黃衣的幼童屍體，身上帶有玉璽，上書“詔書之寶”四字，送交張弘範，經確認是趙昺所帶玉璽。等張弘範再派人尋找趙昺屍體時，已下落不明。
張世傑帶著楊太後衝出重圍。聽到趙昺的死訊後，楊太後失聲痛哭，投水自盡。張世傑收拾殘部，逃亡海上，突遭暴風雨，張世傑仰天大呼：“我為趙氏已經盡心盡力了，一君亡，又立一君，如今又已亡矣。如今遭逢大風，不知天意如何？若老天不要我存複趙氏，就讓大風吹翻我的船吧！”話語剛落，狂風大作，船便沉於海中。
崖山之戰，是元軍消滅南宋最後一戰，流亡近三年的南宋小朝廷滅亡。張世傑、陸秀夫等人的部署失誤，是崖山之戰失敗的重要原因。但即使如此，他們所表現出來的民族氣節，仍不能不讓人歎服。
6.宋陵大浩劫
趙氏家族的懦弱無能，最終自毀長城，就連身後也沒能逃脫厄運。一場宋陵大浩劫，引起了宋朝遺民的極端仇恨，懦弱的趙氏家族留給了曆史太多的反思。
宋朝皇帝陵墓本在河南奉先（今河南鞏義市），北宋九帝除徽、欽二帝被金人擄走，客死異鄉外，其餘七帝均葬於此。北宋滅亡以後，河南地區為金朝控製，宋帝當然不能繼續葬在奉先。紹興元年（1131年），哲宗皇後孟氏去世，遺命先擇地“攢殯”，待恢複中原以後，再歸葬河南。之後，葬於紹興府會稽縣寶山泰寧寺。後來，此地就成為南宋的皇家陵園，高宗、孝宗、光宗、寧宗、理宗、度宗及徽宗梓宮均葬在此。
宋朝滅亡不久，在元朝政府的默許之下，發生了一場曆史上空前規模的盜墓行動。這次盜墓的首要人物，是西藏僧人楊璉真加。楊璉真加是吐蕃高僧八思巴的弟子。元世祖忽必烈崇尚佛教，尊八思巴為帝師，楊璉真加遂憑借老師的關係被任命為江南諸路釋教總攝，總管江南地區佛教事務。
最先被盜的宋陵是魏王趙愷的墳墓，趙愷是孝宗的次子，葬在會稽縣山陰法華山天長寺。至元二十二年（1285年），會稽縣泰寧寺僧人宗允、宗愷為討好楊璉真加，勾結天長寺僧人福聞發掘了魏王趙愷的陵墓，獲得不少珠寶，獻給了楊璉真加。魏王陵的發掘極大地刺激了楊璉真加等人的貪欲，他們招來河西僧人及其凶黨，開始大規模地挖掘宋陵。寧宗及皇後楊氏、理宗、度宗的陵寢成為首批被盜的宋帝陵。宋陵護陵使羅銑拚死保護，遭到痛打，被人用刀架著趕出了陵園，羅銑趴在地上號啕大哭。
四陵之中，理宗陵寢所藏寶物尤多。理宗的屍體仍完好如生，有人說這是因為理宗口中含了夜明珠，這夥盜賊於是將理宗的屍體搬出墓穴，倒懸在樹上。允澤用腳猛踢理宗的頭顱，以示自己無所畏懼。防腐的水銀慢慢地從理宗口中滴了三天三夜。當時西藏僧人之間有個習俗，即得到帝王的髑髏可以厭勝、致巨富，因此，楊璉真加指揮手下將理宗的頭顱割了下來，據為己有。後來，理宗的頭顱一直在西藏僧人手中流傳。明朝立國以後，太祖朱元璋得知此事，“歎息良久”，最終派人找到了理宗的頭顱，於洪武二年（1369年），以帝王禮葬於應天府（江蘇南京），第二年，又命人將理宗的頭骨歸葬到紹興永穆陵舊址。
楊璉真加一夥走後，羅銑買棺置衣將諸帝骸骨重新收斂，悲痛欲絕，附近鄉裏百姓皆為之感泣。到了夜晚，聽到四麵山中皆傳來哭聲，旬日不絕。
不久，楊璉真加一夥又對宋陵進行了第二次盜掘，徽宗、欽宗、高宗、孝宗、光宗五帝及孟氏、韋氏、吳氏、謝氏四位皇後的陵寢，在這次挖掘中無一幸免。徽、欽二帝皆死於金朝，金朝雖曾歸還遺骨，但高宗並未開棺檢驗。楊璉真加等人打開徽、欽二帝的陵墓，一無所獲，徽宗棺中隻有朽木一段，欽宗棺中隻有木燈檠一枚。高宗、孝宗二帝的遺骨，由於年歲已久，已經“骨發盡化，略無寸骸”。高宗墓內隻有錫器數件、端硯一隻；孝宗陵隻有玉瓶爐一幅、古銅鬲一隻。光宗吳後、寧宗楊後的屍體尚“儼然如生”，之後，羅銑把二後的屍體重新裝進棺材，然後火化了。陵墓內有數以萬計的金錢，為屍氣所蝕，如銅錢一般，諸僧棄而不取，多為附近村民拾得。
中國古代改朝換代之際，多對前代帝王陵寢采取保護政策。雖然中國曆史上帝王陵寢被盜的記錄史不絕書，但多屬個人所為，與政府沒有多大關係。宋陵被盜則與此性質截然不同。楊璉真加等人的盜墓行動，得到了元朝政府的鼎力支持，曾有元朝官員和趙宋宗室請求元世祖保護宋陵，但忽必烈均置之不理。盜墓所得的寶物，很多都獻給了元政府，忽必烈曾用這些寶物裝修天衣寺。
元世祖對盜墓的支持態度與當時的政治鬥爭有關。宋朝雖亡，但仍不斷有人打著複興宋室的旗號起義反元，楊璉真加借機上“厭勝”之說，提出建造佛塔、佛寺，將宋帝遺骸置於其下，以壓服宋人。這種說法正好迎合了忽必烈穩定統治的想法，而忽必烈也想借發掘宋陵的機會，斷絕百姓對趙宋的留戀與懷念，因此，對楊璉真加的盜墓舉動采取了支持態度。
楊璉真加的盜墓行動，以及元朝政府的支持，帶來了極壞的影響。史稱，自此之後，“江南掘墳大起，天下無不發之墓矣”，此前遺留下來的墳墓普遍被盜，這種行為對中國古代文物的破壞性影響不言而喻。忽必烈本想通過楊璉真加等人的行動來壓服百姓，穩定統治，沒想到卻適得其反，這種掘人陵墓的行為，引起了宋朝遺民的極大仇恨，百姓反抗情緒愈加高漲。直到元朝末年，朱元璋起事的時候還在借“宋陵事件”鼓動百姓反元，這是當初蒙古統治者萬萬沒有料想到的。