趙 畢竟是宋朝遺民心目中“正統”的代表，對那些宋室“忠臣孝子”仍然具有感召力，這是忽必烈的心頭大患。至元十九年（1282年），福建有位僧人告訴忽必烈，他夜觀星象，土星侵犯帝座，必將有人危害皇帝，應該加以提防。接著，中山有人自稱“宋主”，聚眾千餘，聲稱要進大都劫取文天祥。京城裏也有人上匿名信說，有人要為“文丞相”起兵。事後查明，以上諸說純係謠傳，但忽必烈已然感到，此時剛滿12歲的趙 和囹圄之中的文天祥依然是對元朝統治的威脅，因此下詔，以趙 不宜居大都為名，將他遷往遠離內地的上都。
之後，南方的抗元運動仍然此起彼伏。有地方官上奏說：“江南歸附十年，盜賊迄今未靖者，宜降旨立限招捕。”雖然南宋滅亡已12年之久，元朝在中原的統治也大體穩定，但趙 的存在，仍使忽必烈感到擔憂。終於在至元二十五年（1288年）冬天，忽必烈頒布詔令，將趙 遷往更加荒遠的吐蕃去學習佛法，即日啟程。這時，趙 僅19歲。
趙 到達吐蕃後，居住在薩迦大寺，被尊為“合尊”法師，意思是“天神家族的出家人”，這是對王室子弟出家僧人的尊稱。為了忘掉以往的傷心事，趙 終日以青燈黃卷為伴，研究佛法，學習藏文，過著孤寂清苦的僧侶生活。多年的苦讀，使他精通佛學，成為了一代高僧，還一度擔任過薩迦大寺的總住持。趙 從事佛經翻譯工作，一些比較深奧的佛學專著都出自他的手筆，如《因明入正理論》《百法明門論》，等等。由於在佛學上取得的突出成就，為漢藏文化交流作出了積極的貢獻，趙 被藏史學家列入翻譯大師之列。
至治三年（1323年），趙 已經是53歲的老人了，假如不出意外，他將在異鄉安享晚年。但他在雲遊之際興之所至，作了一首小詩：“寄語林和靖，梅花幾度開。黃金台下客，應是不歸來。”此詩表露了他懷念故國而又無法歸去的悲苦思緒。元英宗聽說以後，認為趙 是在“諷動江南人心”，便將他賜死於河西。這樣，寄人籬下數十載的宋恭帝趙 ，最終撒手西去。
3.抗元英雄：永照汗青的文天祥
“人生自古誰無死，留取丹心照汗青。”抗元英雄文天祥令昏庸無能的趙 氏家族無地自容。
趙 雖然死得淒慘，終不免被淹沒在曆史長河之中，至多隻能換來後世的一聲歎息罷了。與他委曲求生而不得善終的經曆相比，宋末忠臣的典型文天祥卻是另外一種結局，同樣成為階下之囚，文天祥大義凜然，引頸就刑，其高風亮節代代相傳，令人景仰。
文天祥，吉州廬陵人，原名雲孫，字天祥。中舉之後，以天祥為名，改字履善。寶祐四年（1256年）中狀元後，又改字宋瑞，後號文山。文天祥少年得誌，20歲狀元及第，一舉成名。然而，他生逢末世，朝政黑暗，被權臣賈似道排擠，37歲便被迫還鄉閑居。
鹹淳十年（1274年）十二月，蒙古大軍攻占鄂州，舉朝震驚。當時，皇帝年幼，主持朝政的謝太皇太後發布《哀痛詔》，號召各地發義兵勤王，時任贛州知州的文天祥慨然奉詔，隨即征募義兵萬餘人，籌集大量糧餉，準備入京勤王。
此時，陳宜中把持著朝政大權，和戰不定，文天祥空有一腔報國之誌和滿腹才華，卻無用武之地。直到元軍兵臨城下，文武官員都紛紛出逃，謝太後才任命文天祥為右丞相兼樞密使。而文天祥這時的使命卻是充使乞降。文天祥到了元軍大營，並沒有按謝太後的意思無條件投降，反而要求元軍先從京城後撤300裏，再進行和談，同時，他對元軍的貪婪和殘暴進行聲討。伯顏為文天祥的氣勢所逼，隻得遣回其他使臣，卻把文天祥扣留起來。
元軍占領臨安以後，兩淮、江南、閩廣等地尚未被元軍完全控製，伯顏企圖誘降文天祥，以利用他的聲望來招降這些地區。文天祥寧死不屈，伯顏隻好將他押解到北方，行至鎮江，文天祥冒險出逃。
景炎元年（1276年）五月二十六日，文天祥輾轉到達福州，被端宗趙昰任命為右丞相。但小朝廷立足未穩，一些大臣已忙於爭權奪利。文天祥很快被排擠出朝廷，北上招兵抗敵。文天祥回到江西之後，各地豪傑和潰兵紛紛前來投靠，先後從元軍手中奪回了許多城池。但由於孤軍作戰，遂接連為元軍所敗，文天祥的妻妾和孩子被元軍俘虜，老母親和大兒子也在隨軍轉戰中去世。最後，文天祥遭到元軍突然襲擊，再次被俘。
文天祥試圖服毒自殺，未能成功。張弘範將他押往崖山，讓他寫信招降張世傑。文天祥斷然拒絕：“我不能保護父母，難道還能教別人背叛父母嗎？”張弘範一再強迫文天祥寫信，於是，文天祥將自己前些日子所寫的《過零丁洋》一詩抄錄給張弘範。張弘範讀到“人生自古誰無死，留取丹心照汗青”兩句時，情不自禁地讚道“好人好詩”，此後不再強逼文天祥。
崖山之戰後，張弘範向元世祖請示處理文天祥之事，元世祖說：“誰家無忠臣？”命令張弘範對文天祥以禮相待，並將他送到大都，企圖加以勸降。
文天祥到達大都後，拒絕元朝的利誘，被關進大牢。元世祖派投降元朝的南宋丞相留夢炎等人和恭帝趙 出麵勸降，都被文天祥一一回絕。元朝平章事阿合馬和丞相孛羅也碰壁而歸。孛羅想要殺掉文天祥，但是元世祖一來抱著愛才之心，二來又恐殺了文天祥民心不服，始終沒有同意。因此，文天祥在監獄中度過了三年。
元世祖要以儒家思想治國，至元十九年（1282年）八月，問議事大臣：“南方、北方宰相，誰是賢能？”群臣回答：“北人無如耶律楚材，南人無如文天祥。”此時，京城出現匿名招貼，外地起兵反元，有人聲稱要來救“文丞相”。元世祖決定作最後的努力，親自勸降文天祥。文天祥見了元世祖，不肯下跪，隻作了個揖。元世祖問他還有什麼話說，文天祥回答忠臣不事二主，願求一死。元世祖知道勸降已沒有希望，便下令處死文天祥。
次日，文天祥被押解到菜市口刑場，引頸就刑，時年僅47歲。數日後，其妻歐陽氏收其屍，在他的衣帶裏發現了一段讚文：“孔曰成仁，孟曰取義。惟其義盡，所以仁至。讀聖賢書，所學何事？而今而後，庶幾無愧！”元世祖聞之亦感歎不已：“好男子，不為吾用，殺之誠可惜也。”
4.亡命天涯的宋端宗趙昰
群龍不能無首，趙 死後，眼看趙氏家族就要分崩離析，眾臣便又擁立年方7歲的趙昺為帝，由楊太後垂簾聽政，改元祥興，延續奄奄一息的趙氏家族政權。
德佑二年（1276年）正月，蒙古大軍逼近臨安，在文天祥等人的強烈要求下，趙昰被封為益王，趙昺被封為廣王，朝廷命他二人前往福州、泉州經略閩、粵，徐圖恢複。當時，趙昰8歲，趙昺5歲，還是不懂事的孩子，根本不能處理政事，跟隨他們一同起行的是駙馬都尉楊鎮、益王母親楊淑妃的弟弟楊亮節、廣王母親的弟弟俞如矽等人。這三人被任命為提舉二王府事，代替二王處理閩、粵之事。
德佑（1276年）二年正月，宋朝敗亡已定。在元軍進入臨安以前，謝太後封趙昰為益王、判福州、福建安撫大使，趙昺為廣王、判泉州兼判南外宗正，命人保護二王逃出了臨安。二月初五，謝太後率領宋恭宗趙 和百官於臨安降元，宋恭帝被元朝押送到北京。趙昰一行則躲過元軍的層層圍堵，到達溫州。
南宋名臣陸秀夫派人招來了躲藏於此的陳宜中，張世傑也率兵從定海前來會合。溫州有座江心寺，南宋初年高宗南逃的時候曾到過這裏，此時，其禦座還保存完好，眾人於座下大哭，擁戴益王趙昰為天下兵馬都元帥，廣王趙昺為副元帥。此後，二王就成為了宋室遺民心目中僅存的希望。
五月，二王抵達福州，陳宜中、張世傑、陸秀夫等人擁立趙昰為帝，時為端宗，改元“景炎”，封楊淑妃為太妃，廣王趙昺為衛王，陳宜中為左丞相兼樞密使，都督諸路軍馬，張世傑為簽書樞密院事，陸秀夫為端明殿學士。不久，文天祥被詔至福州，任右丞相兼樞密院事，後又命為同都督，命他前往江西召集義士，恢複失地。南宋流亡小朝廷在福州建立起來，且頗具規模。
流亡政權剛建立，外臨強敵，內部卻開始爭權奪利，官員之間相互傾軋，分化了本已孱弱的力量。當時，楊淑妃的弟弟楊亮節居中掌權，秀王趙與榫以趙氏宗親的身份對楊亮節的所作所為多有諫止，遭到楊亮節的忌恨。楊亮節便把趙與榫派往浙東。朝臣有人言秀王忠孝兩全，應該留下來輔佐朝廷，楊亮節聽後更為憂慮，擔心自己地位難保，驅逐趙與榫的心意更加堅決。趙與榫後來在處州與元軍交戰，被俘不屈而死。宰相陳宜中此時也使出自己擅長的黨同伐異手段，排斥異己，指使言官將陸秀夫彈劾出朝廷。在小朝廷立足未穩的時刻，陳宜中的這種行為，引起眾人的普遍不滿，陳宜中無奈之下，將陸秀夫召回。
趙昰即位以後，朝廷初步草創，南宋又有了抗元的大旗，人們重又歸心宋室。廣東經略使徐直諒本來已經投降元朝，現在又重新表示歸附端宗；廣西守將基本上仍舊忠於宋室，他們派使者向宋端宗表示服從；文天祥率軍進攻江西後，各地義軍紛起響應，收複除贛州之外所轄九縣，吉州八縣複其半。但是在元軍的猛烈進攻下，江西、廣東很快相繼失守，文天祥被俘、徐直諒被殺，廣西各地不久之後也被元軍攻破。
九月，蒙古大軍殺向福州，試圖一舉蕩平南宋的殘餘勢力。他們派出騎兵和水兵由江西和浙江明州出發，進攻閩、粵。不久，浙江全境為元軍占領，元軍繼續南下，連破建寧、邵武、南劍三城，兵鋒已經達到福州前沿。由於小朝廷在福建剛剛立足四個月，根基不穩，陳宜中、張世傑、陸秀夫等不敢和元軍展開決戰，慌忙護送端宗等人登舟入海。
十一月十五日，陳宜中、張世傑護送著端宗趙昰、衛王趙昺及楊太妃乘一艘海船逃跑，剛一入海，就與元朝水軍相遇，幸而天氣不好，大霧彌漫，才得以脫身。離開福州之後，小朝廷失去了最後一個根據地，此後，隻能建立海上行朝，四處流亡。