明清時期來華耶穌會士人數眾多，在過去的30年間，大陸學者對其中的主要人物進行了研究，其中對利瑪竇的研究最為豐富，據粗略統計，僅從2001年至2010年7月，大陸地區出版的有關利瑪竇的專著(含編、譯著)共有30餘種，發表論文350餘篇。此外，關於衛匡國、艾儒略、金尼閣等人的研究也取得了很大的進展。許明龍主編的《中西文化交流先驅——從利瑪竇到郎世寧》(東方出版社1993年版)，對明清時期的重要傳教士進行了介紹。張鎧的《龐迪我與中國》(北京圖書館出版社1997年版)是對傳教士個人進行專題研究的佳作。研究來華傳教士的論文則更多，主要有：高冰原和《衛匡國(馬爾蒂尼)的中國新圖誌》(《自然科學史研究》1982年第4期)，徐明德的《論意籍漢學家衛匡國的曆史功績》(《世界宗教研究》1995年第2期)，沈定平的《論衛匡國在中西文化交流史上的地位和作用》(《中國社會科學》1995年第3期），許明龍的《本世紀中國學者對彌蒂尼(衛匡國)的介紹與研究》(《社會科學》1994年第9期)，林金水、吳懷民的《試論艾儒略傳播基督教的策略與方法》(《世界宗教研究》1995年第1期)，計翔翔的《金尼閣與中西文化交流》(《杭州大學學報》1994年第3期)，《明末在華天主教士金尼閣事跡考》(《世界曆史》1995年第1期)，肖朗的《艾儒略與明清之際西方教育的導入》(《社會科學戰線》2001年第4期)，吳伯婭的《蔣友仁與中西文化交流》(《清史論叢》2001年卷)，張西平的《清代來華傳教士馬若瑟研究》(《清史研究》2009年第2期)，等等。另外，還出版了不少翻譯著作，例如愛德華·卡伊丹斯基的《中國的使臣卜彌格》(張振輝譯，大象出版社2001年版)和魏若望主編的論文集《傳教士·科學家·工程師·外交家南懷仁(1623-1688)》(社會科學文獻出版社2001年版)等。鄭德弟等人翻譯的《耶穌會士中國書簡集》(大象出版社2001-2005年版)，耿昇翻譯的《16-20世紀入華天主教傳教士列傳》(廣西師範大學出版社2010年版)、《法國中國學的曆史與現狀》(上海辭書出版社2010年版)和《明清間耶穌會士入華與中西彙通》(東方出版社2011年版)等譯著，更為研究者提供了寶貴的資料和重要的學術信息。
歐洲傳教士來到中國後，與中國社會各階層發生了各種聯係。學術界對此問題也進行了較為廣泛的研究。劉潞的《康熙帝與西方傳教士》(《故宮博物院院刊》1981年第3期)、高振田的《康熙帝與西洋傳教士》(《曆史檔案》1986年第1期)、林鈞均的《湯若望與順治帝》(《清史研究通訊》1985年第1期)、林金水的《試論南懷仁對康熙天主教政策的影響》(《世界宗教研究》1991年第1期)、馮佐哲的《試論順康雍三朝對西方傳教政策的演變》(《世界宗教研究》1991年第3期)、安雙成的《康熙與西洋傳教士》(《曆史檔案》1994年第1期)、董建中的《傳教士進貢與乾隆皇帝的西洋品味》(《清史研究》2009年第3期)等文章，討論了耶穌會士與中國最高統治者之間的關係。王春瑜的《大順軍與耶穌會士關係史初探》(《學術研究》1981年第2期)、王薇的《張獻忠與耶穌會士》(《文史知識》1984年第5期)等文，關注並研究了耶穌會士同明末農民起義軍的關係。此外，學者也關注了耶穌會士與明清士大夫的關係，主要論著有：鄧建華的《天主教的輸入與晚明士人的價值認同》(《湖北大學學報》1990年第5期)、林金水的《艾儒略與福建士大夫的交遊》(《基督教與近代文化》上海人民出版社1994年版)、龔纓晏的《明清之際的浙東學人與西學》(《浙江大學學報》2006年第3期)等。
關於明清時期天主教傳播情況的研究文章不多，主要有湯開建的《順治時期天主教在中國的傳播與發展》(《清史論叢》2001年號)和《順治朝全國各地天主教教堂教友考略》(《清史研究》2002年第3期)。特別值得一提的是台灣學者黃一農在大陸出版的《兩頭蛇：明末清初的第一代天主教徒》(上海古籍出版社2006年版)，可謂是中西文化交流史方麵的一部別開生麵的力作。此書在史料發掘、文獻考證、研究方法等方麵都有很多創新。此書通過考察明末清初第一代天主教徒的因緣、心態和經曆，對中西文化的差異、碰撞、融合進行了精辟而獨到的分析。
相比之下，關於來華耶穌會士傳教策略的研究關注較多，主要論文有陳雪花的《淺議利瑪竇“合儒”》(《浙江學刊》1991年第4期)、陳典鬆的《淺論利瑪竇“補儒”》(《孔子研究》1993年第2期)、康誌傑的《利瑪竇論》(《湖北大學學報》1994年第2期)、郭熹微的《試論利瑪竇的傳教方式》(《世界宗教研究》1995年第1期)、曹雪稚的《利瑪竇與“南昌傳教模式”》(《江西社會科學》2007年第3期)、王冬青的《明代耶穌會在華傳教中的日本經驗》(《雲南社會科學》2008年第1期)、吳莉葦的《從利瑪竇和艾儒略的傳教策略看晚明基督教與儒學對話機製的缺失》(《複旦大學學報》2009年第4期)等文。其中，郭熹微的《試論利瑪竇的傳教方式》(《世界宗教研究》1995年第1期)一文指出，利瑪竇的傳教士方式既合乎實際又不違背基督教精神，這種方式並不是利瑪竇別出心裁的獨創，而是與其所處的文化氛圍及耶穌會創建的曆史背景有關，受到了歐洲文藝複興和宗教改革時代精神的影響。吳莉葦的《從利瑪竇和艾儒略的傳教策略看晚明基督宗教與儒學對話機製的缺失》一文，比較了利瑪竇和艾儒略的傳教方式，認為艾儒略的天主教本位主義更為突出。