隨著馬尼拉城的陷落，整個菲律賓群島的局勢基本已經確定。雖然新幾內亞公國現在不過才占領了包括馬尼拉在內的3座城市，但西班牙殖民當局的陸軍主力和殖民地艦隊都已經被消滅掉了，整個菲律賓群島已經沒有多少抵抗力量。所以在占領馬尼拉城後，公國一方麵組織起了當地的臨時占領政府，另一方麵派出大軍兵分幾路開始攻占菲律賓群島上的其他城市。一時之間，整個菲律賓群島上是硝煙彌漫，兵鋒四起。
1874年3月12日，公國軍隊攻克馬洛洛斯。
3月14日，聖費爾南多城的守軍向新幾內亞公國軍隊投降。
3月17日，聖克魯斯城幾百西班牙守軍雖然頑強抵抗，但最後全軍覆沒。
3月19日，盧塞納城守軍投降。
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3月26日，八打雁守軍投降。
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4月2日，巴朗牙守軍竟然早就已經棄城而逃，公國軍隊輕鬆占領了已經幾乎是空城的巴朗牙城。不過由於處在一種沒有管製的無政府狀態，當地的犯罪率急速上升。打劫、強奸、偷竊、殺人等惡劣的治安事件不斷發生，整座城市都處於一種恐慌狀態。對此公國軍隊及時出動，當場擊斃作案罪犯幾十人，立即控製了當地的局勢，對此當地原住民表示了歡迎和感謝。
4月6日，公國軍隊攻克了伊巴城。
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4月11日，巴萊爾城守軍放下了武器，向公國投降了。
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等時間的指針指向6月份的時候，整個呂宋島已經基本納入了新幾內亞公國的統治之下。至於其他的島嶼目前正處於交戰狀態，不過相信用不了多長時間就能納入新幾內亞公國的版圖之內。
1874年7月22日，經過幾個月的粗略統計——在呂宋島上現在一共有人口346萬左右，其中華人及其後裔有28萬。至於另外的島嶼目前情況還不清楚，不過估計兩百萬人口肯定是有的，而其中的華人及其後裔少說也有十幾萬。所以大致估計整個菲律賓群島擁有的人口超過五百萬，而華人及其後裔超過40萬以上。這個人口基數對於新幾內亞公國無疑是非常巨大的，畢竟公國的人口實在是太少了，不過才一百多萬。有了這五百多萬人口，新幾內亞公國立即就會變成一個擁有六七百萬人口的中等國家，這對國家實力的提升無疑是非常巨大的。
為了鞏固整個菲律賓群島的政局，約翰開始大量啟用菲律賓群島上的地主和富人階層，通過收買他們來快速完成政權的穩定過渡。對新幾內亞公國政府方麵表示出來的善意，這些地主和富人階層都欣然接受。這就和滿清入主中原後收買漢族地主階級其實就是一個道理，都是為了鞏固政權。為此約翰寧願讓這些人掌握一部分的權利，這也是唯一的上策。
正是有了這些人的幫助，整個菲律賓群島的局勢很快就穩定了下來。等時間到1874年10月的時候，整個菲律賓群島基本上都已經歸入了新幾內亞公國的版圖。為此約翰一方麵從當地有聲望的原住民家族和華人家族中挑選了大量的人才擔當中層官員，另外還從公國各部門抽調了幾百個政府工作人員來到菲律賓群島擔任要職。這對這些政府工作人員來說也算是一種提拔，而且有的還是越階提拔。這對一心求取前途功名的官員來說無疑是一個巨大的福音。加上約翰又出台了一係列的惠民措施，整個菲律賓群島一時人心思定，自此以後新幾內亞公國成功的吞並了整個菲律賓群島。