雖然公國吞並了菲律賓群島，但並不是說整個菲律賓群島全部落入了新幾內亞公國的掌控之中，事實其實並不是這樣的。在菲律賓南部的棉蘭老島和中部群島生活著數量眾多的穆斯林，其代表性民族就是摩洛人。菲律賓的摩洛人是一個信奉伊斯蘭教的民族集團，包括許多民族。
“摩洛人”這個名字為西班牙人所取，意思是信奉伊斯蘭教的摩爾人。摩洛人主要分布在菲律賓南部的蘇祿群島、棉蘭老島、巴西蘭島和巴拉望島等島嶼上麵。他們是信奉伊斯蘭教的馬來人與當地土著居民的混血後裔，包括蘇祿人、薩馬爾人、馬京達瑙人、馬拉瑙人、雅坎人、桑吉爾人、陶蘇格人、巴喬人、巴拉望人等都屬於這個大家族的一員。摩洛人各支係除共同信奉伊斯蘭教外，還在政治、社會和生活方麵形成了許多共同特點，相互間的差異日益縮小，形成一個獨特的民族集團。各地方政權實行政教合一製，由蘇丹或者酋長統治。他們保留了早期封建製和奴隸製殘餘，社會分為世襲貴族、自由民和奴隸3個等級，社會形式由封建采邑製與農村公社土地公有製相結合。上層盛行一夫多妻製，但婦女有繼承權。他們主要從事農業，種植水稻、旱稻，擅長航海和捕漁業，手工業和商業也比較發達。像曆史上比較有名的蘇祿王國也是摩洛人的一個分支，這個王國曾今在明朝時期來中國朝貢。到了乾隆皇帝的時候更是曾經打算將整個王國獻給清朝，但被乾隆皇帝拒絕了。應該說這個小王國的國民對漢人是很有好感的！
摩洛人現在雖然有很多分支，並且每一個分支還可能產生多個統治者，所以擁有不少的蘇丹和酋長。但他們還是比較團結的，加上當地各種形式比較複雜，所以盡管西班牙人在菲律賓殖民了數百年，也隻能做到壓縮摩洛人的土地，但始終無法征服摩洛人。而現在這個巨大的難題已經留給了新幾內亞公國政府。如果不妥善的處置這個問題，這始終都是一個巨大的隱患。
而且摩洛人土地上的資源非常豐富，特別是棉蘭老島更是一個巨大的寶地，公國方麵不可能放棄對那裏的控製權。不過約翰也不想過於強硬，曆史證明這個民族是一個偉大而頑強的民族。麵對壓迫和苦難，他們的韌性非常強！所以約翰準備還是使用對於土著人的那一套，以懷柔為主。如果實在不行，在另外想其它的辦法！