但是，由於中國的哲學思維與西方的哲學思維的不同，以至於到目前為止，學術界還沒有從固有的中國文化形式中重視中國哲學的本質性，即中國哲學是以怎樣的本體和本體論進行哲學思辯的。盡管西方的形式化的哲學思維造就了西方文化，但是，由於中國的傳統哲學不是形式化的，以西方哲學的形式化的概念和範疇釋解中國哲學就勢必使中國哲學的本質性受到歪曲，例如，對“道”範疇的研究，以西方哲學形式所進行的疏解，已使我們看到二律悖反的結論。因此，研究中國哲學的本體論是哲學和中醫學發展的重大的理論問題。例如:我們經常看到這樣一個觀點，即認為中國哲學是“天人合一”的，實際上這並不是哲學上的終極結論，應該反思和追問產生所謂“天人合一”觀念的本體及其這一思辨性的本體論哲學問題，以最終使中國哲學的本體和本體論形式被發現出來。
從道教醫學大家孫思邈對中醫學的學術性質的觀點能夠得到中醫學本體論問題的相關啟示。他認為:“凡欲為大醫，必須諳《素問》、《甲乙》、《黃帝針經》、《明堂》、流注十二經脈、三部九候、五髒六腑、表裏孔穴、《本草》、《藥對》、張仲景、王叔和、阮河南、範東陽、張苗、靳邵等諸部經方，又須妙解陰陽祿命、諸家相法及灼龜五兆、周易六壬，須精熟。如此乃得為大醫。若不爾者，如無目夜遊，動致顛損；次須熟讀此方，尋思妙理，留意研究，始可於言於醫道者矣。又須涉獵群書，何者？若不讀五經，不知有仁義之道；不讀三史，不知有古今之事；不讀諸子百家，則不能默而識之；不讀內經，則不知有慈悲喜舍之德；不讀莊老，不能任真體運，則吉凶拘忌，觸塗而生。至於五行休王，七耀天文，須探微，若能具而學之，則醫道無所滯礙，而盡善盡美者矣。”(孫思邈:《備急千斤要方》)。由時空對應的本體論和陰陽對應和中的中國哲學可知，“陰陽者，天地之道也，萬物之綱紀，變化之父母，生殺之本始，神明之府也”(《黃帝內經素問·陰陽應象大論篇第五》)、“法於陰陽，和於術數”(《黃帝內經素問·上古天真論篇第一》)、《周易·係辭》認為“一陰一陽之謂道”。上述的這些論述都說明了中醫學本身即是關於“道”的學問，隻有把握了“道”的哲學思辯，才能具體把握中醫學，但由於自在的思維方式所決定，中國哲學在曆史上並沒有象西方哲學那樣從西方文化中形成形式化的哲學，因此，“道”就不可能在形式化的思維中把握，而隻能在存在的整體性上把握，因此，一個有貢獻的中醫學者，必須象孫思邈所論述的那樣，非達到群書博覽，涉獵百科而得“道”莫屬。因此，舉凡曆史上的名醫，無一不是對“道”有深刻的體認的得“道”者，從而使其“醫道無所滯礙，而盡善盡美者矣。”而在完成對中國的文化外化為哲學之後，中醫學的哲學基礎和基本規律也將以自為的思維方式指導中醫學的研究，中國哲學的自為的形式將對中醫學的發展帶來根本的正本清源和本質性的進步。
由於西方文化從近代開始的對中國文化和哲學的濫觴，在當代完成對中國哲學“道”本體論的發掘，以建構中國哲學的獨立形式，盡管無論對中醫學或中國文化的發展至關重要，然而，就目前的中國哲學的研究的狀況而言，卻顯的任重而道遠。因此，就中醫學界而言，應當重點研究中醫學的哲學本體論問題，使人的存在本質與存在本體統一，這將是中醫學今後的發展方向。具體而言，中醫學應在“道”本體論的思辯形式中，完成對人的生命的本質性的認識，在確立可操作的形式中，使人類的生存達到其應達到的境地。
以本文所論證的中醫哲學的基本規律表明，中醫學的哲學是與中國的文化和哲學統一的，而中國的文化和哲學是自在的和獨立的係統，是以人的形而中存在的本體論下所作出的概括，因此，人的存在方式應與其形而中的本質性統一。所以，中國的文化和哲學是不同於西方文化和哲學的文化形式，曆史和邏輯均表明，中醫學的發展與其中國的文化和哲學一樣有其自在的理路和規律。由此可知，中醫學在當代的發展將取決於中國文化在當代的發展，應當認為，中醫學的發展是與中國文化的發展一脈相承的。發現和順應中國哲學的規律，以人的存在的形而中的本質性與時空層次的對應統一，使中醫學的形式在與人的存在的必然性上統一，這將是中國的文化和哲學及中醫學在今後的發展進路並將以此實現社會和人類的本體論意義上的自在的存在形式。