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各地反叛的警鍾，驚醒了沉醉於勝利美夢中的劉秀。這時，劉秀驕傲的頭腦開始清醒。他明智地認識到了當前局勢的危險和嚴峻。
他不再沉浸於一係列勝利的喜悅中，而是更加清晰地意識到了，天下還遠遠沒有達到所謂的太平盛世，現在這個時候，根本就不是可以高枕無憂之時。
因此如今，赤眉大軍的威脅，日益顯著。徹底消滅最大的勁敵赤眉變民的計劃，就在劉秀的心底逐漸醞釀產生。
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卻說，九月，赤眉變民大軍從長安撤出以後，他們率軍向西而去。他們決定先行向隴縣（甘肅清水縣）一帶進軍，以便奪取糧草，來維持大軍的供應。
西州最高統帥隗囂，聞聽赤眉大軍迫近自己的地盤，感到深受威脅。
於是，隗囂派遣得力的大將楊廣迎擊，大破赤眉大軍。楊廣乘勝追擊，在烏氏（甘肅平涼縣西南），涇陽（甘肅平涼縣），再度大破饑餓疲憊的赤眉軍隊。
赤眉軍隊遭受重大打擊，不敢向西挺進。他們隻好回軍，重新回到隴縣附近遊弋，以便尋找機會能夠掠奪一些糧草，然後，奪得東歸的機會。
其時，赤眉大軍可謂禍不單行。戰事失利不說，又遇天降大雪。當時，行軍途中的山穀，都被大雪填平。氣候驟冷，赤眉將士很多都被凍死。
無法可想，赤眉大軍隻好繼續向東撤退。他們不斷地乞求老天的保佑，希望能夠讓他們一帆風順地回到自己的山東老家求生。
各堡寨城邑都堅守自衛。搶劫不成，為了維持大軍的生計，赤眉大軍就用劫掠的金銀珠寶，同臨近的堡寨協議，換購糧食，以度過饑餓的危機。
當他們行軍路過漢室皇陵時，為了獲得陪葬的金銀珠寶，來換取糧食，他們就大肆發掘皇帝們的墳墓，挖掘墓葬的物品。
那時，他們看見身穿金縷玉衣的皇帝及皇族的屍體，一個個居然還是那麼栩栩如生，都非常驚異；當時，高祖妻子呂雉的墓葬也被赤眉大軍發掘。
為了發泄心中的憤怒，他們就大肆侮辱呂雉的屍體。挖掘完寶藏以後，他們就繼續向東撤離。
在長安的鄧禹，得知赤眉回軍的消息，急派大軍出擊，雙方在隴縣西邊的鬱夷交戰。赤眉大軍的歸路被漢軍堵住，很是著急與憤怒。
於是，赤眉破釜沉舟，與鄧禹大軍接戰。赤眉將士死裏求生，勇不可擋，鄧禹漢軍大敗。
見事不利，鄧禹大軍隻好急行撤出長安，逃往長安以北的雲陽（陝西淳化縣）暫避。
這樣，京師長安就再次落入了赤眉大軍的手裏。
這時，漢中的變民集團首領延岑，駐紮杜陵（陝西長安縣東南）。赤眉為了奪取延岑的輜重糧草，就派遣大將逄安進擊延岑。延岑反攻，大破饑餓的赤眉大軍，殺十餘萬人。
此時，前將軍鄧禹趁逄安出擊，長安空虛的機會，率軍奇襲長安。不想，功虧一簣。恰好赤眉大將謝祿領兵來救長安。鄧禹不及防備，大敗，隻好再次撤退。
與此同時，赤眉又派出歸降的將領-前綠林平林兵首領廖湛，率領大軍十八萬人進攻漢中王劉嘉。兩軍在穀口決戰，劉嘉大破赤眉，又殺十餘萬人。劉嘉親身上陣，斬殺赤眉大將-綠林平林兵首領廖湛。然後，劉嘉趁著戰勝之威，抵達雲陽，企圖奪取漢軍鄧禹的糧草，以維持自己大軍的生計。鄧禹的形勢十分地危急。
恰好，劉嘉妻子的哥哥新野人來歙，是劉秀的表哥。來歙的媽媽，正是劉秀的姑媽。劉秀得知劉嘉與來歙的關係後，就命令鄧禹向劉嘉致意。
漢中王劉嘉對劉秀很是信服。於是，他就由來歙陪同，到鄧禹的營壘歸降漢朝廷，才使這場危機消失。
那時，投降劉嘉的變民首領李寶，擔任劉嘉的宰相。他的態度很是傲慢不遜，不願歸附劉秀。鄧禹誅殺李寶，才順利地接收了漢中王劉嘉與李寶的大軍。