第二天上，馬寶的人馬圍住永昌府，城市人心惶急。其時隨駕的不過一個鎮國公沐天波和劉金景等數人。馬吉翔倡議道：“吳兵銳氣甚盛，我又無糧草兵馬，萬萬不能與敵。此去離緬甸不遠，不如投奔於他。且緬主世受吾明厚恩，窮迫往投，諒他不致見拒。”永曆帝聽了，覺今此也沒有別路，隻得草草收拾了，開城出奔緬甸。宮中嬪妃都啼哭相隨，還有幾個忠心的內侍，餓得路都走不動了，也竭力跟隨。永曆帝急得逃出虎口，見人多累贅，深怕吳軍來追。由馬吉翔握在車轅上，把奄奄一息的嬪人內侍，紛紛推墮車下。一時哭聲遍野，哀慘的情形目不忍睹。永曆帝車駕離了永昌，疾馳向緬甸進發。
緬酋羅平南，聞明朝的皇帝駕到，忙召各頭目計議道：“現在明帝被清兵追逼到咱這裏來。如把他收留，清廷必加兵於咱，咱們這點點小去處，怎敵得清朝的大軍？倘是拒絕他，在自己的良心上似說不過去。”眾頭目齊聲說道：“咱們暫且把他留住了，萬一清廷有什麼舉動，咱們立刻將他們君臣獻出就是了。”緬酋見說，一麵下命迎明朝君臣就館，一方麵去打聽清廷的消息。那時緬甸的風俗極其窳敗，男女不分，淫靡尤甚。永曆帝初到異邦，見了這種情形，心裏異常的難受。
過了幾天，忽聞瞿式耜的噩耗，永曆帝大哭一場。正在感傷，又有人密報，謂緬甸酋聽知吳三桂人馬將進攻緬甸，緬甸酋將縛明朝君臣送往三桂軍前，令永曆帝速即逃走。永曆帝聽了大驚，欲待要走，又沒糧餉。方在疑惑不定，猛聽得館驛門外，一聲呐喊搶入幾個緬甸兵來，喝叫明朝的皇帝出來，咱們和他有話說。鎮國公沐天波見不是勢頭，挺身大喝道：“皇帝乃萬乘之尊，豈輕易見你？”緬兵大怒道：“亡國的庸臣，還要逞威嗎？”說罷一擁進館，沐天波仗劍攔住，盡力抵擋，怎經得緬兵勢大，不到一會，沐天波已被剁倒在地。緬兵潮湧般進來。內侍宮監還想阻攔，奈赤手空拳，都吃緬兵剁翻。一霎間，給緬兵殺死的男女不下三四十人。緬兵才把永曆帝擁了出來，繩穿索綁地縛住。內侍王化聲還破口大罵，緬兵一陣的亂刀頓時剁作肉泥。永曆帝這時一言不發，唯眼看著皇後周氏不住地流淚。緬酋縛了永曆帝，命緬兵頭目押著永曆帝後竟至吳三桂的軍中。時左右大臣已鬼也沒有半個，隻有六七個內監還跟著死也不去。
馬寶接著了永曆帝，急派護兵六十名逮解至滇中。吳三桂聞得永曆帝到來，自己和清廷已經破裂，初意要想留住永曆帝假名號召，於是左右擁永曆帝進見。三桂正高坐堂皇，驀然瞧見永曆帝進來，不覺良心發現起來，欲待下座來迎接。方走出案前，永曆帝高聲說道：“吳三桂，認識朕嗎？”三桂聽了，好似當頭一個霹靂，兩條腿軟綿綿的，忍不住跪倒在地。永曆帝朗朗地說道：“你引請兵進關，斷送了大明天下。到了今日，敢自己擁兵稱尊，似你這樣不忠不孝的人，有何麵目見得地下的先皇？”這一番話，說得三桂汗流浹背，俯伏地上半晌不敢起身。帳下部將以及左右親隨，無不變色。經夏國相勸永曆帝出居館驛，三桂伏在地上，幾乎不能起立。左右把他扶起，三桂兀是怔了半天，做聲不得。這樣地呆了好一會，心神才定。由是三桂起了殺永曆帝之心，恰好夏國相進來，回報永曆帝已暫留館驛，吳三桂勃然說道：“孺子可惡！孤如不殺他，終覺心上不安。”說罷，喚過一名親隨，三桂解下佩劍，附耳說了幾句。第二天驛卒來稟，永曆帝已駕崩驛中。永曆皇後見皇上被殺，當即懸梁自盡。內監七人都投水的投水，自剄的自剄，死得一個不留。明朝遺裔，到了此時，諸王已死喪殆盡了。隻有鄭成功的長子還占據台灣。鄭經死後，弟克塽繼起，被清兵夜襲，克塽大敗，自投江中而死。清廷收了台灣，又賜平南王尚之信自裁，殺靖南王耿精忠。明代舊臣也殺戮得半個不留，這是後話。
那時各處義兵已多半平定，清廷專力對付吳三桂。夏國相、郭壯圖先後受傷病歿。馬寶被圖海擒住，斬首示眾。高大節又在川中自殺，孫延齡中箭受創，流血過多氣塞而死。三桂的部下諸將，死傷過了大半，清兵又四麵逼迫。忽報武定失守，三桂正在驚疑，又報曲靖陷落。接著報羅平失陷，四處兵敗的警耗迭二連三地報來。警騎絡繹不絕，帳下將士都惶惶不寧。三桂直急得和熱鍋上的螞蟻一般，忽聞腳步聲雜亂，又有兩個警探，一報宣威陷落，一是報綏江兵敗的。急得吳三桂不知所措，大叫一聲跌倒在盤龍椅上。左右慌忙叫喚，叫了好一會，見三桂手腳漸漸冰冷，牙齒緊咬，兩眼上翻，已嗚呼哀哉了。這時左右頓時雜亂起來，還是禦前尉馬雄有主意，急出殿對眾人宣諭道：“皇上已經駕崩，現值大兵臨境，大位不可久虛，速即扶嗣皇帝正位要緊。”眾人聽了，覺得馬雄的話說有理，於是忙忙地扶出吳三桂的長孫世璠登了帝位，改是年為永熙元年。因為忙迫的時候，對於禮節都極草草。世璠雖名稱繼了大統，竟連冠服也沒有齊備。隻用三桂舊日衣服，裝飾得非明非清，怪狀百出。
這時清兵已破了石雲寨，直逼雲南城下。馬雄上城去巡邏，被流矢射中左眼，貫穿腦後，死在城牆邊。兵士飛報世璠，嚇得個世璠抖作一團，半句話也說不出來。忽報清兵攻進西門，侍衛官楊顦開東門投誠。吳世璠聽了，慌忙走到後院，一把拖了愛姬雲娘，七跌八撞地逃出後門。雜在百姓隊裏想要逃到南門，給亂兵一陣衝散。世璠身上著了兩槍，右腳又被刀傷。勉強挨了一程，見路旁有一座山神廟，荒落得碧草沒脛。世璠支持不住，隻得走進山神廟內，一倒頭便睡在神前的拜台上，身上疼痛難忍。正在朦朧的當兒，見一個蓬頭跣足的少婦走進廟來。細看是愛妾雲娘，兩人相見抱頭大哭。驀然三四個壯丁搶將進來，把雲娘橫拖倒拽地牽出去。吳世璠眼睜睜地看著愛妾被人劫去，心裏一陣地難受，一口氣回不過來，竟死在拜台上了。後來有一個跟吳三桂的小兵，從山神廟裏經過。見了吳世璠的屍身，不覺起了一種惻隱之心，就將世璠的死屍負到土山邊，掘地替他埋葬。