昭宗也甚是歡喜！便密遣殿中侍禦使崔構，供奉官郭遵訓，齎詔書出城，撫慰全忠，私訂和議，約以明年正月為期，盡殺全誨私黨。到天複三年正月，李茂貞內變起來，闔住宮門，搜捕韓全誨，及繼昭、彥弼等十六人，一並斬首。昭宗遣後宮趙國夫人，翰林學士韓偓，囊全誨等首級出城，前赴全忠營中；且傳語道：“向來逼脅車駕，不欲議和，均出若輩所為，今朕已一體加以誅戮，卿可將朕意曉諭眾軍士，俾申公憤。”
全忠拜受詔旨，遣判官李振，奉表入謝。但兵圍依然不撤。茂貞疑崔胤從中作梗，請昭宗飛詔召崔胤，令率百官赴行在，崔胤竟遷延不至。詔書連下至六七通，仍不見崔胤到來，再令全忠作書相招。全忠作書戲崔胤道：“我未識天子，請公速來辨明是非。”
崔胤始入城謁見昭宗，請立刻回鑾。茂貞無法挽留，隻求著何皇後願將平原公主賜為子婦，何後不願。昭宗歎道：“但使朕得生還長安，何惜一女。”
便將平原公主下嫁與茂貞之子侃為婦，一麵啟蹕出城，幸全忠營。崔胤搜殺扈從宦官七十二人，全忠又密令京兆尹捕殺退休諸閹人，乃留居京中各內侍九十餘人。全忠迎聖駕入營，素服謝罪，頓首流涕。昭宗命韓偓扶起全忠，且語且泣道：“宗廟社稷，賴卿再安，朕與宗族賴卿再生，卿真功臣也。”
說著，解下自己的玉帶來賜與全忠。全忠拜謝，便命兄子朱友倫，統兵保駕先行，自留部兵隨後，焚棄諸寨。駕至興平，崔胤召集百官，迎謁昭宗。
及昭宗回宮，全忠亦至，當即上殿麵奏，說宦官興兵幹政，危害社稷，此根不除，禍害未已，請悉罷諸內司事務，統歸省寺諸道，監軍均召還闕下，昭宗當殿答應。全忠、崔胤二人，退朝出來，即麾動兵士，大索宦官，捕得左右中尉及樞密使等以下數百人，驅至內侍省，悉數斬首，呼號之聲，達於內外。
又命遠方賓客諸中使，不問有罪無罪，概由地方長官，就近捕殺，隻留幼弱黃衣三十人，司宮廷灑掃。從此詔命出入，均由宮女齎送，命崔胤總管六軍十二衛事。從此崔胤愈加專權自恣，忌害同僚，請令皇子祚為諸道兵馬元帥，朱全忠為副元帥。
那皇子祚年幼無知，兵權全在全忠掌中。次年加封崔胤為司徒，兼侍中。全忠進爵為梁王，賜號回天再造竭忠守正功臣。全忠留部騎萬人，拱衛京師。這年冬日，朱全忠辭行歸鎮。昭宗親禦廷喜樓，賜宴餞別。全忠謝宴啟行，百官送至長樂驛，崔胤更遠送至灞橋。從此全忠心腹，滿布宮禁，他身雖在河中，卻無時無刻，不想篡奪唐朝的天下，常常與崔胤秘密通著消息。
崔胤見全忠漸露反跡，便不覺良心發現，外麵雖與親厚，暗中卻徐圖抵製。但崔胤手下，兵馬甚少，便假說防備茂貞，欲招募兵士。這計策被全忠窺破，佯為不知，暗中卻令部下的心腹壯士入京，投在崔胤部下，藉便偵察隱情。可笑崔胤卻全未知道，每日繕治兵甲，興高彩烈。恰值宿衛使朱友倫，因擊球墜馬，重傷身死。全忠疑是崔胤所謀害，便暗使刺客，把友倫擊球時的伴侶殺死十餘人，又奏請令兄子友諒，代掌宿衛。
一麵密表昭宗，說崔胤專權亂國，須加嚴懲。昭宗畏懼全忠威勢，不得已罷免崔胤職司，隻令他為太子太傅，留住京師。不料友諒竟受全忠唆使，帶領長安留守軍士，突入崔胤宅第，將崔胤用亂刀砍斃。
昭宗在宮中得了這個消息，便登延喜樓，宣召友諒問話。
忽接到全忠表章，請昭宗速速遷都洛陽，免得受製於邠岐。昭宗覽罷奏章，正徬徨無主見，那同平章事裴樞，也昂然直入，後麵跟隨一隊禁兵。他見了昭宗，也不行禮，也不說話，隻立逼著皇帝下樓，又逼著百官一齊東行，又令軍士們驅趕著長安士民，搬向洛陽城去。可憐都中人士，沿途號哭，叫罵不絕。
車駕才離得長安城，那張廷範已奉了全忠命令，任為禦營使，督率兵役，拆毀宮闕和官宦民房，取得造屋木料，命拋在渭河裏，浮水而下。好好一座長安城，頓時成為荒墟。
在洛陽地方，又大興土木，建造起宮殿來。全忠發兩河諸鎮丁匠數萬人，令張全義治東都，日夜趕造，此時昭宗正行至華州，那夾道人民，齊呼萬歲。昭宗在輿中不覺流淚，向道旁人民，淒聲說道：“勿呼萬歲，朕恐不能再為妝等之主矣。”
當晚宿興德宮，眼前隻有後妃王子數人，景狀十分淒寂。昭宗顧語侍臣道：“朕久聞都中俚言道：‘紇幹山頭凍雜雀，何不飛去生處樂。’朕今漂泊，不知竟落何所。”
說著不覺淚濕襟袖，左右侍臣亦欷歔不能仰視。至二月初旬，才到陝中，因東都新宮未成，暫作勾留。全忠帶領兵馬，從河中來朝。昭宗延見，又令何皇後出見。那何後見了全忠，不覺掩袖悲啼，嗚咽著說道：“自今大家夫妻，委身全忠了。”