事實上，蔡元賠一直沒有放棄索引派。
索隱派是紅學中的猜謎派、秘史派。
以索隱、秘史本位否定文學、曆史本位，透過字麵，運用諧音、拆字、藏頭、謎語、讖緯等文字遊戲，用曆史上或傳聞中的人和事去附會《紅樓夢》。
從而考索出“所隱之事，所隱之人”，編造各種秘史。
魯訊的評語是：流言家看見宮闈秘史。
比如，蔡元賠在《石頭記索隱》中就認為賈寶玉，即傳國玉璽之義也，乃影射康熙時的廢太子胤礽。
在這個年代，這類宮闈秘史的說法具有較大的吸引力，把《紅樓夢》和清朝皇室聯係起來，最終得出了《紅樓夢》是一本政治小說的結論。
“作者持民族主義甚摯。書中本事，在吊明之亡，揭清之失，而尤於漢族名士仕清者，寓痛惜之意。”
此時，辛亥革命爆發時提出“反對滿清”的激情還未退去，人們大多懷有“民族主義”的情懷，因此《石頭記索隱》在當時得到了廣泛傳播。
一時間，蔡元賠成為索引派的集大成者。
1921年，胡拾發表了《紅樓夢考證》，矛頭直指他的上司蔡元賠。
他毫不客氣地指出蔡元賠的索隱是牽強附會的“大笨伯猜笨謎”方法，認為校長和他的“親友團”走錯了路。
由此開始了紅學史上的蔡胡之爭。
在這段時間裏，胡拾為了樹立考據派的地位，曾四處尋找錄有曹雪芹身世的《四鬆堂集》這部書，就在他心灰意冷近乎絕望之時，蔡元賠托朋友為他借到了此書。
從此，胡拾建立了《紅樓夢》的考據派。
此外，還有評論派和創作派。
魯訊就屬於評論派的代表人物，在他的《中國小說史略》中有對《紅樓夢》的雜論。
他認為紅學貫串了兩條紅線：一是方法上堅持文學欣賞，否定考證、索隱、探佚；二是內容上堅持“人情說”，否定“自傳說”、“秘史說”。
這是讓紅學回到《紅樓夢》本身，回到文學欣賞上來。
創作派是指在《紅樓夢》的基礎上再次創作，其實就相當於《紅樓夢》的同人小說。
當然，這裏不得不提到王國唯，他在1904年出版了《紅樓夢評論》一書，用西方的哲學思想來解析《紅樓夢》，從而探討小說的美學和倫理學的價值。
這是中國文學研究史上第一部真正意義上的中西文學比較研究論文。
他研究的角度較為特殊，算是自成一派。
林子軒把有關《紅樓夢》的研究大致梳理了一下，發現劉新武的《揭秘紅樓夢》不大適合在這個時代講，它其實屬於紅學中的探佚派。
劉新武畢竟隻是個作家，而不是紅學研究家，他講的很多東西都是文學家的臆測和想象，沒有實質的證據。
紅學研究太過廣博了，各派都堅持自己的主張，很難說服其他人。
就算在後世，還有學者認為《紅樓夢》的作者不是曹雪芹，而是另一個姓曹的人，曹雪芹隻是個虛幻的人物，而高鶚也沒有續寫《紅樓夢》，《紅樓夢》是完整的。