朱由校之所以在早朝結束後，單獨留下錦衣衛指揮使駱思恭，是因為早朝的時候兵部侍郎張鶴鳴提到的“四川土司奢崇明”讓他想起來，明末大魔咒其中一條就是明朝西南地區爆發的奢安之亂,其中的奢就是四川的一個土司。奏折中說到這個奢崇明應該就是奢安之亂中的“奢”。
明朝對軍隊管製也十分嚴格，調兵權就由兵部掌握，將領不得隨意調兵，那麼是世襲的土司兵。奢崇明就是想利用前往遼東前線為借口，讓朝廷同意他調動自己的土司兵，之後率軍進入重慶之後發動叛亂。
現在隻是朱由校自己的猜測，現在奢崇明並沒有反動叛亂，反而積極要求效仿秦良玉，率兵前往遼東為朝廷效力。他做出擱置此事，以後再議的決定，大臣們都稍微有些不解，可他並不能做出解釋，說在朝廷上直接說出自己懷疑奢崇明是別有用心，準備叛亂。他留下駱思恭，就想讓錦衣衛對奢崇明進行調查。
駱思恭被留下後，心裏有些七上八下的，他不清楚皇上留下他為什麼。朱由校登基之後，他就積極主動為皇上辦事，並一改萬曆時期的做法開始和大臣搞好關係，無論是現在紅色發紫的東林黨還是有些走下坡路的浙黨。他是萬曆皇帝提拔的錦衣衛指揮使，所謂一朝天子一朝臣，他並不是想被撤換掉，所以他才四處拉關係。不過魏忠賢被迅速果決的處理掉，他對皇上有了新的認識，開始和大臣保持一定距離了。因為錦衣衛向皇帝報告要具疏上奏，東廠可口頭直達，所以皇上一般來說使用的東廠更順手些。
“駱愛卿，回衙門之後立即派人去調查奢崇明，看他是否圖謀不軌。”朱由校並不想和駱思恭浪費太多口水，直接開門見山的命令他道。
駱思恭稍微一錯愕，馬上回到，“臣回到衙門之後馬上派人去。”他明白了為什麼朱由校要擱置奢崇明的奏折了，他以為是有人給皇上折子，彈劾奢崇明了。
“這件事要快，另外注意保密。”得到駱思恭肯定的回答之後，朱由校就吩咐他回衙門立刻去做。駱思恭準備走的時候，朱由校突然想起了，奢安之亂其中的奢是是奢崇明，安好像也是一個土司，便又吩咐道：“另外，你派人查下四川貴州兩省有沒有一個姓安的土司，對他也調查一下。”
奢崇明如果是被人彈劾的話，這個姓的安土司又是怎麼回事？皇上連這個人在四川還是貴州都不清楚，這又是怎麼回事啊，駱思恭心裏就納悶。不過既然是皇上親自交代的事情，那就是最重要的事情，必須盡快的去完成。他做出了肯定的回答之後，皇上就讓他快點去辦事。
朱由校剛才早朝的時候，被因孫承宗舉薦人而起的爭吵，吵的他心煩意悶，就沒和駱思恭囉嗦什麼，直接單刀直入的下令完之後，就回乾清宮休息了。西南的事情，還是有點不放心，他又叫鄒義去把最近四川貴州的情況總結一下報給他。
到了下午，鄒義已經把西南方麵的資料檔案送過來了，朱由校才發現西南情況的複雜性。四川、貴州和雲南三省，苗族彝族等少數民族聚集，除了四川平原和大城市附近是中央派遣的流官管理外，其他大部分都是土司製度。這些土司都是當年的部落家族的頭人，都是世襲，關鍵是很多大土司都有自己的獨立武裝，數量有數萬，說白了就是世襲地方土皇帝，而且很多都是傳承幾百年甚至上千年了。之前萬曆朝平定的播州楊應龍，就傳承了二十九代數百年之久。
改土歸流，明廷一直在做，可是非常難做。基本上都一些土司造反被剿滅之後順勢進行的，貴州尤其難做，貴州典型的山高水遠，交通十分不便，經濟又十分落後，朝廷覺得花太多的用於改土歸流得不償失，之後就變為招撫一些大的土司幫助統治了，比如貴州的水西安氏。
看過送來的資料，朱由校可以確定了，奢安之亂的中安就是安邦彥。奢崇明和安邦彥兩個大土司的領地緊挨著還時代通婚，兩個部族又都是彝族，奢崇明就是安邦彥的親舅舅。現在已經可以確定是二人造反了，可是怎麼對付這兩人成了問題所在。
這二人不是普通的人，可以直接下一道聖旨抓起來，拉去砍頭就行了。這兩人本身就聽調不聽宣，很多時候連調都不聽，每人手下又都有幾萬武裝。直接去抓人，除了讓他們把造反的時間提前之外一點用處都沒。