1894年底，清廷在戰事上愈不可為，慈禧求和之心更加急切。1895年1月，派張蔭桓、邵友濂為全權大臣，赴日求和。日本政府借口中國使臣全權不足，拒絕開議。議和未成，使臣被拒，慈禧萬分驚恐，曾命順天府準備車騾，擬逃往山西。
日本政府於廣島拒和後，立即向北洋水師另一基地威海衛進攻，27日攻陷威海衛，北洋水師覆滅。3月初又發動遼河下遊作戰，六天之內，連陷牛莊、營口、田莊台。至此，以慈禧為首的投降派下定決心向日本投降，3月，派李鴻章為頭等全權大臣，再次赴日乞和，4月17日簽訂了中國曆史上空前屈辱的條約《馬關條約》。消息傳出後，舉國大嘩，憤怒聲討慈禧、李鴻章等人的賣國行為。人們在北京城門貼出“萬壽無疆，普天同慶；三軍敗績，割地求和”的對聯表示抗議。根據《馬關條約》規定，日軍於6月間開始派兵侵入台灣，遭到台灣人民的奮勇抵抗，慈禧一麵下令台灣大小官員內渡，並嚴厲禁止接濟台灣抗日軍民，同時又在頤和園搭起天棚，準備避暑。人們又題了“台灣省已歸日本，頤和園又搭天棚”的對聯，痛斥慈禧的賣國罪行。
甲午戰爭失敗後，光緒帝憤於戰敗割台，欲思振作，決心變法，改革政治。1898年6月發布“明定國事上諭”，實行變法。9月，慈禧發動政變，扼殺新政，囚禁光緒帝於瀛台，開始複出訓政。
1900年，八國聯軍入侵北京，慈禧挾光緒出逃西安。第二年2月14日批準《議和大綱》，並頒布了“量中華之物力，結與國之歡心”的無恥政策。9月7日簽訂了喪權辱國的《辛醜條約》。1902年回到北京。自此之後，慈禧“惕於外人之威，凡所要求，曲意徇之”。
1906年又宣布預備立憲。1908年11月 14日，光緒帝死。她命立醇親王載灃子、年僅3歲的溥儀為帝，年號宣統。次日，慈禧病死，年七十四，葬於河北遵化定東陵。