敵人的敵人就是戰友，祁雋藻不看在禮物的份上，也會看在共同對付曾國藩的份上，所以何桂清入京後，他就急著為營救何桂清上折子。他的行輩甚高，影響力非同凡響。在他的率領下，“救何派”一下子紛起，上疏申救何桂清者共十七人:“工部尚書萬青藜，通政使王拯，順天府尹石讚清，府丞林壽圖，九卿彭祖賢、倪傑，給事中唐王森，禦史高延祜、陳廷經、許其光、李培祜等，或一人自為一疏，或數人合具一-疏，其餘五人則餘忘之矣”。
可見何桂清在朝廷中的勢力，還是很雄厚的。
但是另一方麵，要求殺掉何桂清的人勢力也很強大。何桂清逃亡情節殘忍卑劣，江南籍特別是蘇常籍的官員必欲殺之而後快，所以也是接連上疏，力爭不讓，稱“不殺何桂清，何以謝江南百萬戰難生靈”。
看到這兩股勢力在角逐，慈禧和小叔子不動聲色，先以旁觀者的姿態，看一看熱鬧再說。
何桂清一案的一一個關鍵點，是弄清他當初為什麼由常州逃跑？如果是隻為逃命，當然要殺。可是如果有證據能證明他確實是為了外出組織更有效的抵抗，就可能不死。刑部審問他時，何桂清拿出一份薛煥等人所具的公稟，說是薛煥等數名部下請他退到蘇州，以保餉源重地，以此證明他本心並不打算棄地:“退至蘇州，從江蘇司道之請，欲保餉源重地也。因引薛煥等四人享牘為證。
曾國藩在京師的耳目眾多，對何桂清一案的發展當然了解得清清楚楚。他一定要斬草除根，置何桂清於死地。為了冤死的羅遵殿，也為了那些得不到糧餉而屈死的湘軍弟兄。
曾國藩的奏折很有特點，一向不大肯說題外之話的他，複奏措辭，如老吏斷獄，犀利無比。
首先他說，我在外統兵多年，知道督撫位高權重，下麵的人為了逢迎，都是按上麵的意思去辦，這道公稟是出於當時的實情抑或事後偽造，調查起來很複雜，也根本沒有必要查究。
接著，他又說，他掌握有何桂清造假的前科。鹹豐十年( 1860)七月，嘉興大營將弁數十人聯名上帖請求挽留何桂清在江蘇，暫時不要解往京師，求曾國藩代為轉奏。曾國藩通過調查發現，此事隻不過是軍中幾個人所為，因此沒有為他轉奏。所以薛煥等四人稟牘不足為證。
他這番話，暗示了朝廷，我統兵在外麵打戰，為大清賣力呢，你可不要讓我失望。何桂清這家夥不管是不是真的出去調集軍隊，都不重要了，更何況，我還有他作假的證據。
接著他又說出一段非常關鍵的話：疆吏以城守為大節，不宜以僚屬之一言為進止; 大臣以心跡定罪狀，不必以公稟之有無為權衡。
也就是說，因為封疆大吏要死守城池，這不光是朝廷的要求，更是一個讀書人的大節，朝廷大臣為了逃亡槍殺百姓，就憑這一條就足以處死，不必追究有沒有這個公稟。
換句話說，如果何桂清不死，那麼，接下來湘軍剿賊不利，朝廷就會出現第二個第三個何桂清，大清的江山還要不要了？
曾國藩的這道複奏，高屋建瓴，理直氣壯，無法反駁。慈禧和奕訢看了折子，叔嫂二人嘀咕了一陣：不管何桂清是不是去搬救兵，也不管何桂清到底是不是忠臣，可是他離城之際，槍殺百姓確是事實。若是為了安撫朝中的一部分大臣而保住何桂清，反而失去了大清江山，就太不值得的。大不了將來扳倒了曾國藩，再追加何桂清的榮耀。
眼下，大清的江山社稷要緊。
聖旨下，何桂清斬首棄市。
曾國藩得到消息後，終於痛痛快快出了一口氣。當晚，他親設祭壇，祭奠羅遵殿，還有那些戰死的湘軍弟兄。
在閱讀祭文的時候，他放聲大哭，此刻，他哭的不僅僅是羅遵殿和湘軍弟兄，還有這幾年來的憋屈。
接下來，他的對手不是太平軍，而是身居皇宮大內的那個女人。（預知後事，請看下一節）