殺掉了何桂清，慈禧下旨讓曾國藩盡快拿下天京，以解朝廷之憂：你要我幫你殺掉老對手，我不惜得罪一幫文武大臣，幫你做到了，現在該是你表現的時候了。
對於慈禧的相逼，曾國藩仍是慢條斯理地陳述他攻打天京的計劃，並解釋戰鬥之艱難：自圍困開始，我每天都督促部隊進攻，現在已經陸陸續續掃清了南京的外圍，這南京的天氣真是的，動不動都下雨，將士們每天在泥水裏打戰，受傷不說，還得了病，生病的將士，每個營少則幾十個，多則過半，我現在一麵整頓軍務，一麵找人給將士們醫治。我能夠苦熬著不讓太平賊寇衝出來，就已經很不錯了，等將士們的身體恢複了健康，我一定盡快拿下南京。太後，到時候你就看我的吧！
另外說朝廷采取的招降之策，已經取得了很好的效果。（太平天國很多中下層將領投靠了清軍，英王陳玉成遭部下出賣被殺，太平天國斷了一支臂膀）
對於曾國藩的那點小九九，慈禧也是心知肚明的，雖然心裏有些生氣，可也沒有辦法，還得下旨好生安慰：好了，好了，你們湘軍確實不容易，死傷那麼多人，才有了今天的成績，打戰的事情，朝廷不懂，你看著辦就是。
年底，曾國藩的弟弟曾國葆病死於雨花台湘軍大營，曾國藩聞之大慟，自出兵以來，這是他第二個死的弟弟了。
慈禧聽說了曾國葆死於軍中的消息，趕緊下旨安撫：加國子監學正銜，賜號迅勇巴圖魯。感覺有些不妥，又贈按察使、依二品議恤，贈內閣學士，予騎都尉世職，建專祠，諡靖毅。
對於一個死人，給予再多的賞賜都沒有什麼用，但那是給活人看的。姓曾的，我夠意思吧？你弟弟死了，我給了他那麼大的榮耀，你們老曾家也算光宗耀祖了。趕快表現吧，我看著呢！
曾國藩和曾國荃兩個人的性格大不相同。曾國藩人到中年，屢經挫折，久曆風波，老成持重，往往事情一開始，他已經看到了結尾。曾國荃則不過是一個湖南鄉下土秀才，除了去過一趟北京，沒出過遠門，也沒辦過大事，年紀輕，見識窄，經驗不足。而且曾國荃有一個巨大的毛病，就是嗜殺和放縱。攻下一座城池，放任湘軍奸淫擄掠，對於太平軍的降兵，也從來不留活口。
應該說，曾國荃的功名完全得益於老兄的指授安排。然而曾國荃對曾國藩卻不是特別地佩服，總認為老兄做事過於遲緩迂拙，提出的意見和建議過於“道學”。對曾國藩的批評，曾國荃虛心接受的時候不多。
曾國藩多次寫信給弟弟曾國荃，要他約束部下，安撫民眾，可是曾國荃不聽，而且回信說：我們湘軍出征，根本沒有糧餉，大家都是為了升官發財，才來幹這活的，現在壓製他們，一旦軍心散了，誰來幫我們打仗？至於湘軍士兵欺負民女的事，他們作為男人，在軍營裏憋久了，打了勝仗放鬆一下，也是應該的。
曾國荃雖然一肚子的歪理，但是打仗卻不含糊，手下的那些兵勇，禍害百姓厲害，打仗同樣厲害。
十月，李秀成率兵二十萬回援天京，曾國荃手下不過區區四萬人馬，可就是這四萬人馬，與太平軍大戰四十多天，仍堅守在雨花台。在這期間，曾國藩的另外幾路人馬，相繼掃平了安徽、浙江和江蘇其餘地方的太平軍勢力。
曾國藩讓弟弟深挖戰壕，死死困住南京，並不急於進攻。他很清楚，隻要太平賊寇不滅，朝廷就對他無可奈何。
從某種角度上說，太平軍是他與朝廷對抗的籌碼。
這個籌碼可不能輕易丟棄。
到了同治三年( 1864)初，各地戰事陸續平息，天下大城，隻剩下南京了。
天下的目光都聚焦到了南京，看“曾鐵桶”圍城。相比李鴻章用開花大炮幾個月就攻下一座堅城，曾國荃的鐵桶戰法顯得太“原始”，太“笨”了。
但是這種“笨”辦法，卻是減少傷亡的最好辦法。圍困了幾個月，南京城內已經沒有了糧食。到了五月底，連天王洪秀全都要吃草充饑了。洪秀全一死，李秀成擁立幼天王洪天貴福繼位，他要保住幼主棄城而走了。