在殖民的後期，無數渴望新生活的人瘋狂變賣家產，隻為換得一張前往新伊甸的船票，他們從銀河係各地前往心中的新家園。此時，許多由私人組建的殖民艦隊也出現在了前往新伊甸的航線上，他們夢想著在新伊甸實現自己宏偉的藍圖。
EVE蟲洞在EVE跳躍門建設期間關閉了，所幸這並沒有影響跳躍門的正常運轉。但在它精準地工作70年後，災難降臨了。AD8061,一場無法解釋的自然變異打破了銀河係端EVE跳躍門的穩定，使其永久性地失效，人類近四百年的科技成果一日之間變成了虛無。頃刻間，新伊甸星係的繁榮化為泡影，雖然新伊甸星係那端的EVE跳躍門依然處於開放狀態，但任何靠近的飛船都會被它引起的重力風暴所摧毀。EVE蟲洞的關閉是一場巨大的災難，在新伊甸星係的所有殖民基地都受到了影響。這些新世界的殖民者們很快發現他們完全被孤立了，他們永遠失去了回到家鄉的機會。幾乎大部分殖民地都是在近幾年或者幾十年建立起來的，很少一部分能夠自給自足。很快殖民地一個接一個地滅絕，而剩下來的殖民地則因為缺乏維護工業設施的工具，其科技知識慢慢退化。到了AD8100，幾乎所有的小型殖民地都已滅絕，黑暗時代從此開始。
數千年過去了，這些遍布在宇宙四處的人類遺孤彼此隔離，艱難求生，甚至他們都不知道還有同樣的種族與他們共同生活在這片星係。隨著時間的流逝，不同的環境以及意識形態給他們的外表帶來了不同的影響，漸漸地，他們彼此陌生、疏遠……