是冬，紫薇垣諸星皆暗，公屏人，夜召應廷吉仰視曰：“垣星失耀，奈何？”廷吉曰：“上相獨明。”公曰：“輔弼皆暗，上相其獨生乎？”愴然不樂，歸於帳中。
明年正月餉缺，諸軍皆饑。史公葷酒久不禦，日惟蔬食啜茗而已。公所乘舟桅，輒夜作聲，自上而下，複自下而上。祭之不止。有頃，高傑凶問至。公流涕頓足歎曰：“中原不可為矣！建武紹興之事，其何望乎！”遂如徐州。
初，高傑與睢州人許定國有隙。定國少從軍，積功至總兵。崇禎末，有罪下獄，尋赦之，仍以為總兵，崇禎十七年冬十一月，掛鎮北將軍印，鎮守開封。至是聞傑之至也，懼不免，佯執禮甚恭，且宴傑，傑信之，伏兵殺傑，及其從行三百人。定國渡河北降，且導大兵。而高傑部將李本身等，引兵還徐州。
傑既死，諸將互爭雄長。幾至大亂，公與諸將盟，奏以李本身為揚州提督（本身，傑甥也），以胡茂貞為督師中軍，李成棟為徐州總兵，其餘將佐各有分地，立其子高元爵為世子，於是眾誌乃定。
而高營兵既引還徐州，於是大梁以南皆不守。大兵自歸德一趨亳州，一趨碭山徐州。李成棟奔揚州。
當土橋之變也，黃得功怨忿不能忘，及聞傑死，欲引兵襲揚州，代領其眾。揚州城守戒嚴。公自徐至揚，使同知曲從直、中軍馬應魁，入得功營和解之。亦會朝命太監高起潛、盧九德，持節諭解。得功奉詔。
邢夫人慮稚子之孤弱也，知史公無子，欲以元爵為公子，公不可。客有說公者曰：“元爵係高氏，今高起潛在此，公盍為主盟，令子元爵而撫之，庶有以塞夫人之意而固其心？”公曰：“諾”。明日，邢夫人設宴，將吏畢集。公以語起潛，起潛曰：“諾。”受其子拜。邢夫人亦拜，並拜公。公不受，環柱而走，潛止焉。明日，起潛亦設宴，宴公並高氏於。公甫就坐，起潛使小黃門數輩挾公坐，不得起，令世子拜，稱公為父，邢夫人亦拜。公怏怏彌日。自是高營將士，愈皆歸誠於公。
馬士英、阮大铖忌公威名，謀欲奪公兵權，乃以故左春坊中允衛胤文監興平軍。軍中皆憤不受命，尋加胤文兵部右侍郎，總督興平軍，駐揚州。揚州又設督府。幕僚集議曰：“公，督師也。督師之體，居中調度，與藩鎮異。今與彼互分汛地，是督師與藩鎮等也。為今之計，公盍移駐泗州，防護祖陵，以成居重馭輕之勢，然後上書請命，以淮揚之事，付之總督衛子安，總河王鐵山乎（子安，胤文字；鐵山，永吉字也）？”公曰：“曩之分汛，虞師之不武，臣之不力也。吾故以身先之。移鎮泗州，亦今日之急務。”遂使應廷吉督參將劉恒祿、遊擊孫恒、都司錢鼎新、於光等兵，會防河郎中黃日芳於清江浦，渡洪澤湖，向泗州而發。
先是公所至，凡有技能獻書言事者，輒收之，月有廩餼。以應廷吉董其事，名曰禮賢館。於時四方幸進之徒，接踵而至。廷吉言於公，請散遣之。公曰：“吾將以禮為羅，冀拔一二於千百，以濟緩急耳。”廩之如故。然皆望公破格擢用，久之不得，則稍稍引去。城破之日，從公而及於難者，尚十有九人。至是移鎮之議既定，公命廷吉定其才識，量能授官，凡二十餘人。明日，諸生進謝。公留廷吉從容問曰：“君精三氏之學，嚐言夏至前後，南都多事，此何說也！”廷吉對曰：“今歲太乙陽局，鎮坤二宮，始擊關提，主大將囚；且文昌與太陰並，凶禍有不可言者。夏至之後，更換陰局，大事去矣。”公欷出袖中手詔，示廷吉曰：“左兵叛而東下矣。吾將赴難如君言，奈天意何！”因令廷吉等諸軍赴泗，便宜行事。會泗州已失，而廷吉等屯高郵邵伯間。公至燕子磯，而黃得功已破左兵於江上。公請入朝，不許詔曰：“北兵南向，卿速赴泗州應敵。”
當是時，馬阮濁亂朝政，天下寒心，避禍者多奔左良玉營。而良玉自先帝時，已擁兵跋扈，不奉朝命。其眾且百萬，皆降賊，素慕南都富麗，日夜為反謀。良玉被病，其子平賊將軍夢庚欲舉兵反。適有假太子之事，一時失職被收諸臣，又為春秋興趙鞅之說以讚成之。遂以太子密旨，誅奸臣馬士英為名，定國行，豎二旗於首，左曰清君側，右曰定儲位。遂破九江、安慶，屠之。江南大震。馬阮懼，相與議曰：“左兵來，甯北兵來。與死於左，不如死於北。”故緩北而急左，邊備空虛，大兵直入無留行矣。
史公遂至天長，而盱眙泗州已失，泗州守方將岩敗歿，總兵李遇春降。史公率副將史得威數騎回揚州，登陴設守。而揚州人訛言許定國引大兵至，欲盡殲高氏。高營斬兵關而出，奔泰州。北警日急，黃日芳率兵營茱萸灣，應廷吉率諸軍來會，營瓦窯鋪以犄角。史公檄各鎮兵來援，皆觀望不赴，劉肇基、何剛，率所部入城共守。城陷之日，何剛以弓弦自縊死。剛，上海舉人，崇楨十七年春正月，上書烈皇帝，請纓自效者也。肇基以北兵未集，請乘其不備，背城一戰。公曰：“銳氣未可輕試，姑養全力以待之。”及大兵自泗州取紅衣炮至，一鼓而下。肇基率所部四百人，奮勇巷戰，力盡皆死。