辛酉政變後，慈禧雖兌現諾言，讓奕有了極高的權力，但終是權大震主，於是，慈禧利用幼年皇帝的名義，彈劾奕，歸政朝廷。
同治四年三月初四日（1865年3月30日）恭親王奕照常入值進見兩宮皇太後。慈禧拿出一件奏折嚴肅地對奕說：“有人劾汝！”
奕一愣，用眼掃一眼奏折，不以為然地問：
“是誰上的奏折？”
慈禧非常不滿意奕的傲慢態度，不情願地答道：
“蔡壽祺！”
奕脫口而出：
“蔡壽祺非好人！”並要逮問蔡壽祺。
兩宮皇太後一看奕毫無承認錯誤的意思，立刻大怒，當即斥退奕。然後避開以奕為首席軍機大臣的軍機處，單獨召見大學士周祖培、瑞常，吏部尚書朱鳳標，戶部侍郎吳廷棟，刑部侍郎王發桂，內閣學士桑春榮、殷兆鏞等。
慈禧哭哭啼啼地說：
“王植黨擅權，漸不能堪，欲重治王罪！”
諸大臣看到太後盛怒，不知葫蘆裏賣的是什麼藥，麵麵相覷，膽戰心驚，不敢答話。
慈禧反複開導說：
“諸臣當念先帝，無畏王；王罪不可逭，宜速議！”
老僵持著也不是辦法。周祖培老謀深算，磕著頭說：
“此惟兩宮乾斷，非臣等所敢知。”
把球輕輕地推了回去。
慈禧不依不饒：
“若然，何用汝曹為？他日皇帝長成，汝等獨無咎乎？”
周祖培略一沉吟，找到了一個緩兵之計，他答道：
“此事須有實據，容臣等退後糾察以聞。並請與大學士倭仁共治之。”
這時慈禧才讓他們退下，各位大臣已汗流浹背了。
蔡壽祺何許人也？他是江西德化人，道光二十六年（1846）入京，中式後服官京曹，並曾在勝保營中稽核軍務。他出京後，先後到成都、重慶，但官運不佳。直到同治四年（1865）二月才欽奉署日講官之命。因在宮內，聽說慈禧不滿意恭親王奕，“平時蔡禦史聞之，疏劾王貪恣”。在彈劾奕之前，他先上了一道洋洋萬言的封奏，痛陳時政，並指斥湘軍人物，以為政治試探。看看沒受到申斥，又聽到宮內的傳言，為博取敢言之譽，他便上疏彈劾奕，“一舉成為天下皆知之人”。
原來同治四年三月初四日（1865年3月30日）日講起居官編修蔡壽祺上疏彈劾奕攬權、徇私之弊。
貪墨是指奕收受賄賂，任用私人。“近來竟有貪庸誤事因挾重貲而內膺重任者，有聚斂殃民因善夤緣而外任封疆者，至各監司出缺，往往用軍營驟進之人，而夙昔諳練軍務通達吏治之員，反皆棄置不用”。
驕盈是指奕居功自傲，群相粉飾。“自金陵克複後，票擬諭旨多有大功者成字樣，現在各省逆氛尚熾，軍務何嚐告竣，而以一省城之肅清， 近疆臣鹹膺懋賞，戶共諸部胥被褒榮，居功不疑，群相粉飾”。
攬權是指奕打擊諫官，杜塞言路。他說，遇有空缺，“部曹每得善地，諫臣均放邊疆，雖會逢其適，而事若有心，至截取一途，部曹每多月繁，禦史則多改簡，以故諫官人人自危”。
徇私是指奕偏袒左右，庇護部下。他認為奕袒護總理衙門，“總理通商衙門保奏更優，並有各衙不得援以為例之語”。
在彈劾奕的罪狀之後，蔡壽祺向慈禧建白：“臣愚以為議政王若於此時引為己過，歸政朝廷，退居蕃邸，請別擇懿親議政，多任勞成，參讚密勿，方可保名位，永荷天庥。”這是叫奕交出手中的權力，回家頤養天年。慫恿慈禧罷免奕，剝奪他的一切權力。
大學士倭仁、周祖培等不敢遲延，於三月初六日齊集內閣開會，他們把蔡壽祺召到內閣追供。大臣們極為慎重，按奏折彈劾多款，逐項詢問，令其據實逐一答複，並親寫供紙。但蔡供實無據。他所指斥的四條罪狀，隻在貪墨一條上，指出薛煥、劉蓉二人，但還是風聞，不是親見。其餘三條，除奏折上說的含混其詞的話之外，沒有任何證據。這就說明蔡的上疏純屬毫無根據的誣告。然而，倭仁等都是富有政治鬥爭經驗的老臣，他們還摸不清慈禧的底牌，因此，他們的奏折在措辭上便留有很大的回旋餘地：“閱原折內貪墨、驕盈、攬權、徇私各款雖不能指出實據，恐未必盡出無因。況貪墨之事本屬曖昧，非外人所能得見。至驕盈、攬權、徇私，必於召對辦事時流露端倪，難逃聖明洞鑒。臣等伏思黜陟大權操之自上，應如何將恭親王裁減事權，以示保全懿親之處，恭候宸斷。”
他們猜測兩宮太後是想適當地“裁減”奕的一些事權。
初七日，他們遞上了覆奏。不料，慈禧根本沒看他們的奏折，而是拿出了她自己親筆書寫的諭旨給他們看。這完全出乎意料之外，也使他們意識到了問題的嚴重性。
慈禧手書的罷免奕的朱諭，雖錯別字連篇，但文字尚通順。由於她平時親閱奏折，因而掌握了上諭的一般用語和通用格式。慈禧朱諭如下：
“諭在廷王、大臣等同看，朕奉兩宮皇太後懿旨：本月初五日據蔡壽祺奏，恭親王辦事徇情、貪墨、驕盈、攬權，多招物議，種種情形等弊。嗣（似）此重（劣）情，何以能辦公事？查辦雖無實據，是（事）出有因，究屬曖昧，難以懸揣。恭親王從議政以來，妄自尊大，諸多狂敖（傲），以（依）仗爵高權重，目無君上，看（視）朕衝齡，諸多挾致（製），往往諳（暗）始（使）離間，不可細問。每日召見，趾高氣揚，言語之間，許（諸）多取巧，滿是胡談亂道。嗣（似）此情形，以後何以能辦國事？若不即（及）早宣示，朕歸政之時，何以能用人行正（政）？嗣（似）此種種重大情形，姑免深究，方知朕寬大之恩。恭親王著毋庸在軍機處議政，革去一切差使，不準幹預公事，方是朕保全之至意。特諭。”
這哪裏是裁減事權，分明是一擼到底。大臣們麵色惶然，不知所措。他們不知道反複無常、性情乖戾的鐵女人慈禧的真意何在，不敢貿然行事，天怒難犯啊！周祖培感到朱諭太片麵了，又不敢多說，隻是建議加上“議政之初，尚屬勤慎”八個字。慈禧想了想，覺得加上八個字無關宏旨，便欣然同意了。然後，馬上厲聲說道：“此詔即由內閣速行之，不必由軍機！”她深悉軍機處是奕的班底，因而繞開軍機處，直接交由內閣辦理。由此可見，盛怒之下的慈禧在處理同她合作多年的奕上態度之堅決，行動之專斷。
慈禧的手書朱諭，經周祖培略加潤色、點染，便交由內閣明發下來。這個朱諭在《翁同日記》和《晚清宮廷實記》裏做了全文記載。除上述內容外，關於軍機處交代“著責成該大臣等共矢公忠，盡心籌辦”，關於總理衙門則“責令文祥等和衷共濟，妥協辦理”，至於“以後召見、引見等事項，著派親王、醇郡王、鍾郡王、孚郡王四人輪流帶領”。這就是說，慈禧把罷免奕後形成的政治真空都做了相應的彌補。朱諭發下去了，一場風波似乎就這樣平息了。
不料，上諭發下的第二天，即初八日，卻又起波瀾。親王奕不聽邪，即上一疏，表示了同兩宮太後不同的意見：“自古帝王舉措一秉至公，進一人而用之無二，退一人而亦必有確據，方行擯斥；今恭親王自議政以來辦理事務，未聞有昭著劣跡，惟召對時語言詞氣之間，諸多不檢，究非臣民所共見共聞；而被參各款查辦又無實據，若遽行罷斥，竊恐傳聞中外，議論紛然，於用人行政，似有關係，殊非淺鮮。臣愚昧之見請皇太後皇上恩施格外，飭下王公、大臣集議請旨施行。”
親王奕是道光帝第五子，在現存的幾位王子中，他排行第一，地位較崇。他性情豪爽，直言敢諫，平時不大過問政事。但在黜陟奕的這個重大問題上，他卻上了一疏，明確表示不同意兩宮，尤其是慈禧的處治。慈禧對他的上疏不能不格外重視。
當天，兩宮太後便召見了孚郡王及軍機大臣文祥等，令他們傳諭王公、大臣、翰、詹、科、道，於明日到內閣開會。將親王的疏和蔡壽祺的折都發到會議，讓他們討論。並諭令文祥等到內閣去傳達今天兩宮太後新的懿旨。這個懿旨說了一些對奕有利的話。因此當天都城內盛傳兩宮太後“天怒已回，眷顧未替，宮中且多言恭王將複輔政矣”。看起來，事情似乎往有利於奕的方麵轉化。