其實，孫中山懷疑李鴻章是不無道理的。當時義和團尚未大批湧入京師，頑固派尚未左右朝局，八國聯軍尚未組成，香港總督卜力在外休假尚未介入。在這種形勢下，說李鴻章“欲以粵省獨立”，於理於勢，均屬虛妄。直至6月10日，即孫中山從橫濱乘船赴香港的前1天，李鴻章在接到赫德來電之後，才感到“大局危甚”。
是日，赫德以“急密”電通知粵海關稅務司慶丕，讓其“立即往訪李鴻章，向他說明此間局勢極端嚴重，各國使館都害怕受到攻擊，並且認為中國政府即使不仇外，也無能為力，如果發生事故，或情況不迅速改善，定將引起大規模的聯合幹涉，大清帝國可能滅亡。……我請他電告慈禧太後，使館的安全極為重要。對於所有建議采取敵對行動的人都應予駁斥。”慶丕接電後立即去見李鴻章，李鴻章“看了電報之後，很快就了解了整個局勢”，並立即按照赫德的意見電奏清廷。次日，李鴻章致電盛宣懷哀歎“國事太亂，政出多門，鄙人何能為力”，請他續報朝局近況。在此之前，李鴻章企圖羅織孫中山以消除武裝起義的威脅是可能的，與之合作搞“粵省獨立”，卻隻能是劉學詢和何啟的想法。當然劉、何的這種想法也並非空穴來風，而是廣州和香港官紳急於防止變亂、安定秩序、維持既得權益的反映。
6月17日，孫中山偕楊衢雲、鄭士良及日本友人宮崎寅藏等乘船抵達香港海麵。李鴻章派曾廣銓率“安瀾”號兵輪來迎，邀請孫中山、楊衢雲2人“過船開會”。這時，孫中山得到“香港同誌報告，知李督尚無決心，其幕僚且有設阱誘捕孫、楊之計劃，更有謂劉實為主謀者，故不欲冒險入粵”，僅派享有治外法權的宮崎、清藤幸七郎、內田良平三位日本友人代行赴會。當夜10點多鍾，宮崎等3人被接至劉學詢的公館，即時與劉學詢開始談判，曾廣銓擔任翻譯。談判至次日淩晨3點結束，宮崎一行即時“乘暗夜回轉香港”。
這次談判事屬機密，過後宮崎在撰寫《三十三年之夢》時，還說“這一段情節有些像傳奇小說，但事關他人秘密，至今不能明言，深覺遺憾。”據台灣學者吳相湘考證，宮崎等曾向劉學詢表示：如果李鴻章確有誠意邀約孫中山參加廣東獨立工作，應該先做兩件事，即保障孫中山的生命安全、借款6萬元（一說10萬元）。劉學詢請示李鴻章後，聲稱“一切照辦”，希望孫中山“早日前來共策進行”。這時孫中山為一種懷疑、戒備與希望交織的複合心態所縈繞。當談判結束宮崎等人乘軍艦返回進入香港港口時，孫中山的坐船“已經啟碇，正向西貢開去”，宮崎等“揮帽呼叫也沒有人回應”。這顯然是為了防止突然變故而有意避離，除此而外似乎沒有更合適的解釋。但是他對談判仍然抱有幻想，他在到達西貢之後立即致電劉學詢探問談判情況，並致函在香港的同誌布置“分頭辦事”，即繼續準備武裝起義和策動李鴻章“兩廣獨立”。
然而，這時全國的政局和李鴻章的處境卻發生了重大變化。6月中旬，八國聯軍直趨北京，義和團和部分清軍奮起抵抗。清政府內部對內主“撫”對外主“戰”的頑固派，壓倒對內主“剿”對外主“和”的洋務派，慈禧傾向頑固派，並於6月21日對外宣戰。慈禧和頑固派既想借助對外戰爭之名來躲過義和團鋒芒的打擊，利用義和團攻打使館區，強迫各國公使同意廢黜光緒，另立溥儀，“大事既成，……雖割地以贖前衍，亦所不恤”；又想在對外戰爭的幌子下，利用帝國主義的屠刀殘殺義和團，把造反群眾推入血泊之中。
作為洋務派要角、擁有地方實力、距離北京較遠的兩江總督劉坤一、湖廣總督張之洞等，在英國的策劃下，經過盛宣懷的穿針引線，與列強實行所謂“東南互保”，竭力鎮壓群眾反帝鬥爭。
時勢的演變一下子把李鴻章推到舉足輕重的地位，清廷先讓他迅速來京，後又根據榮祿建議調他為直隸總督、議和全權大臣，與清廷政策柢牾的諸多督撫、將帥和官紳鼓噪什麼消弭“內亂外釁”非李莫屬。香港總督卜力也開始充當李鴻章與孫中山之間“誠實的掮客”。李鴻章的最後決擇是讓“兩廣獨立”的把戲化為泡影。