清廷在批準《議和大綱》之後，要求列強早日撤軍；而英國公使則揚言“懲禍、賠償兩事不妥，必不撤兵。”這樣，“懲禍”和“賠償”兩個問題成為了中外各方爭論的焦點。
1901年2月3日，李鴻章、奕與各國公使在英國駐華使館舉行會議，重點討論懲辦“禍首”的問題。李、奕堅持“區別重輕，盡法盡懲”和“懿親不加重刑”的原則，但遭到各國公使的拒絕，會議無結果。8日，各國公使將議定懲辦“禍首的辦法照會奕和李鴻章，要求將載勳賜令自盡；載漪、載瀾應定斬監候；董福祥先奪軍權，日後嚴懲，其餘列名諸人一概斬決。同時又提出照會，要求將已遭處決的徐用儀、許景澄、聯元、立山等人”開複原官，以示昭雪抵償之意“。李鴻章、奕匡立即據實奏告。在列強的要挾之下：清政府隻得於13日和14日連發上諭，宣布加重懲辦”禍首“，將載勳賜自盡，載漪、載瀾赴新疆監禁，毓賢正法，董福祥革職緩辦，啟秀、徐承煜先行革職查明實據再予重懲，並開複徐用儀等5人原官。慈禧在諭旨中厚顏無恥地表示將”量中華之物力，結與國之歡心“，甘當帝國主義的奴才。但各國公使對於懲辦”禍首“中僅毓賢一人正法，仍表示不滿。瓦德西還提出將率軍出京攻擊，並通過德國公使穆默對李鴻章、奕施加壓力。針對這種情況，李鴻章、奕一麵與各國公使反複磋商，一麵於17日危詞電奏，聲稱”姑息數人，坐令宗社危亡，殊為不值。“次日，清廷不得不電諭李鴻章、奕，表示”現存諸人，即照前次各國照令辦理，實因宗社民生為重，當可止兵，不至再生枝節。並定於21日降旨，24日執行懲辦。
到此為止，各國公使感到滿意，懲辦“禍首”的問題達成協議。
在各國公使擬定的《議和大綱》12款中雖籠統地提出賠補外人損失的問題，但並未言明究竟賠償多少數目。因此，在懲辦“禍首”的問題解決之後，賠款便成了中外議和的中心議題。
在當時，各帝國主義國家之所以組成聯軍侵華，其中一個最主要的目的就是為趁機奪占中國經濟利權。但它們因各自在華侵略利益的多寡不同，從而在賠款總額、賠償辦法，提高關稅率等問題上，進行了勾心鬥角的爭鬥。經過一段時間的協商之後，法、德、英、日公使於1901年4月19日在德國使館約見清方襄辦和議的徐壽朋、那桐、周馥等人，討論賠償抵款的問題，提出賠款總數為4.5億兩，加利攤還，約每年賠償3000萬兩，分30年還清，並詢問鹽課、漕折、土藥和開辦印花稅，房捐等事。5月7日，各國公使會議決定照會清廷，提出截至7月1日的賠款為4.5億兩，如7月1日以後繼續占領北京，必須另加軍費。隨後，各國公使又相繼議定：賠款以39年為期，年息4厘，以關稅、鹽厘、常關收入作抵。
由於賠款問題與國家財政的關係極為密切，所以在清朝統治集團內部發生了不同意見的激烈爭論。張之洞在電文中稱“賠款約需5億兩，減少恐怕不容易，”惟盼分年免利“，這樣中國還會有生機。李鴻章認為張之洞的意見”實迂腐“，各國公使決不會同意。1901年4月19日，慈禧在指示李鴻章、奕說：相約各條關係重大，如議賠款及禁軍火等事，節目繁多，希望能夠做到”內外和商、詳晰磋磨並將籌議事宜隨時電知張之洞、劉坤一互相參酌。次日，李鴻章詳細彙報了他與各國公使就減少賠款的問題談判的內容，要求飭下戶部及各省督撫大員，力顧大局，指出“如遷移時日，賠款又會增加”。針對李鴻章奏折的內容，清廷各部大臣舉行了集中討論。各方爭論來爭論去，很難得出一致的意見。5月19日，李鴻章複函軍機處表示反對。各國公使考慮的是，有可能激起變亂，到時賠款問題就會得不到落實。於是，李鴻章在5月24日電奏清廷請求盡速批準賠款：認為賠款減數的問題，經多次與各國公使竭力商酌，“均不肯允”；並提醒慈禧等人說：“今兩宮急盼撤兵，方議回鑾，如不速定主見，瓦德西及德兵不肯先撤，各國必定會更加觀望，遲一天則多兵費100萬，到秋後須多賠百餘兆。”因此，德國公使既然誠心與我們和談，“我們就不應該過份與他磋磨，致誤機會。”5月28日，清廷在百般無奈的情形下終於頒旨允準賠償各國4.5億兩，以4厘利息率計算。在賠款問題有了著落後，德國公使於6月1日通知瓦德西正式撤軍。3日，德軍從北京起程回國，議和大局基本形成，“兩宮回鑾”的行動也就開始實施。
李鴻章在與各國公使議和的同時，還被迫同俄國代表就東北問題進行了單獨談判。
早在李鴻章入京談判之前，俄國趁清政府無暇顧及東北的時機，調集重兵迅速占領東三省。正當李鴻章等人焦急地盼望著各國拿出議和條款，而各國公使為各自利益明爭暗鬥一時難以取得一致意見之際，俄國代表提出要先同中國訂立條約，了結東北三省歸還問題的要案，但遭到了各國公使的反對。而俄國政府一再電促駐華大使，勸誘李鴻章迅速辦理簽約事宜。1901年1月2日，清政府接受俄國的要求，任命楊儒為全權代表，在彼得堡與沙俄進行談判，並指示楊儒在談判過程中隨時與李鴻章、奕商議。
1901年2月16日，俄國公使正式提出書麵約稿12條，其主要內容是：俄國答應將東北三省全部歸還中國，由中國設官治理；中國容許俄國駐兵東北三省，以保護鐵路，維持地方秩序；東北三省如有戰事發生，容許俄國出兵援助；中國不得在東北三省駐兵，也不得招募新兵，原有軍事設施全部拆毀；中國東北三省的官員如辦事不妥當，俄國有權要求懲辦，中國政府不得拒絕；中國訓練北方水陸軍，由俄國負責，他國不得幹預；旅順口以及金州，由俄國管理，中國政府無權過問；東三省、蒙古、新疆、伊犁一帶礦務、鐵路及其他利益，不經俄國批準，不得讓與他國，中國也不得自行開辦；中國賠償俄國經費；鐵路及其他產業，一旦遭到破壞，由中國負責賠償損失；中國軍費的賠償問題，由中國以東北三省中的一省作為抵押；中國容許俄國自東北經長城到北京建造鐵路。
消息傳出之後，立即引起了國際國內的強烈反響。日本外交部的官員在召見中國駐日公使李盛鐸時說：“這次中國萬萬不能割地，如果答應給某一國割地，或者雖沒有明說割地而設官置兵，實際也是暗中割了土地，一經簽字，他國必然群起效尤，大局就不可問了。財政權利也同樣如此，假如有一國要挾太重，中國可以這樣答複：‘這次事件涉及到各國，應當在各國簽約時一同商議’。這樣中國就可以不吃虧。”在國內，輿論更是嘩然。幾百名士人聯名上書李鴻章、奕以及會同議和大臣劉坤一、張之洞，籲請拒絕俄國的無理要求。在內外輿論壓力之下，清廷於1901年2月26日電諭李鴻章、奕說：“關於東三省簽約問題，關係重大。著奕、李鴻章統籌，或者同俄國使節慢慢商量，或者聯絡英、日等國，拿出一個妥當辦法既不要激怒俄國，也不要激起各國公憤。李鴻章最熟悉俄國情形，如何辦理，全在該大學士善於操縱。”此時，俄國為了誘使清廷就範，改換手法，將原來的約稿作了一些刪削，於3月1日作為最後約稿拋出，限令楊儒在14天內簽字。在脅迫楊儒的同時，俄國公使還多方恫嚇李鴻章：“外部訓令逾期不畫押，東北三省永遠不還，以後遇事俄亦不能助華。”於是，李鴻章想早日了事，認為隻需少許刪除，其他“照允無患”。他當時的打算是想利用俄國來抵製其他列強，以為俄國是中國的好朋友，關鍵時刻會出麵為中國說話，從而主張“曲徇”其請，簽字訂約。3月20日，清廷在乞求英國聯絡美、德、日等國出麵幹預的同時，懇請俄國展限改約。但俄國斷然拒絕展限改約，英、美、德、日等國雖然力勸清廷拒絕簽約，卻沒有采取實際行動對俄國施加任何壓力。3月23日，清廷不得不電諭奕、李鴻章“全權定計，朝廷實不能遙斷。”然而，過了3天清政府又認識到“不忙於畫押，僅隻激怒於俄，畫押則會引起各國群起效尤分據，其禍更速”，從而指示楊儒轉告俄國政府，要求展限改妥章程，說明這樣做“無礙公約”；同時又電令奕、李鴻章通知各國公使：
“中國不敢急著與俄約畫押，請先議公約”。俄國政府雖不滿清廷的所為，並揚言“從此應絕交”，但考慮到其陰謀很難盡速實現，不如先與各國等一致行動，逼迫清廷簽訂公約再說。4月6日，俄國政府正式發表聲明，宣布交收東北三省的談判暫停，等清政府穩定政局後再繼續進行。
1901年7月初，在中俄關於交收東北三省的談判停頓3個多月之後，清政府根據劉坤一的建議，諭令奕、李鴻章照會除俄國之外的各國駐京公使，以公議迫使俄國從東北撤軍，並指示他們與俄使商定前約，請各國公議，允許各國在東北三省通商，企圖借各國通商形成列強相互牽製的均勢來維護清朝在這一地區的統治。李鴻章不同意這種辦法，仍固執己見，主張與俄國重開談判。當時，正值英、日籌議建立反俄同盟，日本國內反俄情緒日益高漲，日本陸軍也在積極備戰。俄國由於沒有作好反日作戰準備，被迫對日妥協，決定從東北部分撤出，俄國公使格爾思派員會見李鴻章，目的仍很明確，就是阻止英、日等國幹預的同時，迫使清政府接受原約。李鴻章認為“這個問題必須請旨才能遵行”，並且要求“酌量刪改”清政府感到俄國提出的3項先決條件“實有難行”，指示李鴻章“與俄使婉切商辦”改約。李鴻章認為這是不可能的，複奏曰“倘照來諭婉切商辦，恐怕到100年之後也不能妥定約章，恐將永遠不還矣。”李鴻章始終認為日本是中國大敵，東北三省則是日本首先有可能染指的地方，因此，他要求“聯俄製日”、“以夷製夷”的對外方針，以為隻有這樣才能保住東北三省為大清王朝的領地。
正當中俄談判陷於僵局之際，有關與各國公使訂立公約談判已結近尾聲，簽訂公約的時機日趨成熟。
1901年8月23日，奕、李鴻章奏請“立準畫押，以和時局”，提醒朝廷，“否則恐怕會別生枝節，一國悔議，各國效仿，後患何堪設想。”27日，清廷電諭奕、李：“公約業已定議”，可以即行畫押。
1901年9月7日，奕、李鴻章代表清政府與德、英、法、俄等11國正式簽訂了《辛醜條約》。
從1900年10月5日起，到1901年9月7日，曆盡周折，李鴻章不得不代表清政府簽訂《議和大綱》和《辛醜條約》，令國人痛心。
從封建吏治的人才標準來說，李鴻章稱得上是忠心耿耿，尤其大清王朝大廈將傾的危難之際，都是由他出麵同資本主義列強相周旋。
1901年9月7日這一天，李鴻章帶病前往在《辛醜條約》上簽字，返回寓所後即“飲食不下，委頓難堪”，憂鬱沉重，臥床不起，兩個月後病世。毫無疑問，這位曆盡磨難，風雨四十年的大臣不能忘記這盤人生中最難抉擇的棋。
李鴻章一生在於困守，為困守而苦其心智，但他是一個大成者，值得我們研讀和琢磨。
精銳點評：一人撐不起半個天
在李鴻章的履曆中，我們可以看到他闖蕩天下，爭打天下的勇氣和氣魄，由此可以說，他是一個強者，是一個鐵腕人物。可為什麼他在後半生卻為了大清江山，又變得鋒芒盡失，這是出於他的本願，還是出於外在的壓力？帶著這個問題，研讀大清的曆史，我們發現，李鴻章一生最大的特點是所謂“守困”，即忍辱負重、舍小保大、變弱為強的韌勁——他為了守住自己而建立功名，為了守住江山而不辭辛苦。從本質上講，李鴻章是晚清一個關鍵性的樞紐式人物，他與曾國藩、左宗棠、張之洞等重臣的關係都相當密切，而且才識之大，令曾國藩、胡林翼都大為欣賞。
但由於大清的柔弱，李鴻章又簽訂了一個個象征失敗的條約，此為國敗，也為人敗。
毫無疑問，如果光講守身，憑李鴻章個人的才智，他可以駕輕就熟，老謀深算，難就難在他必須位在其身，擔當國事。翻閱晚清曆史，我們看到這樣一個事實：李鴻章常受命於危難之際，為了守住國土、守住人格，而穿梭奔走，舍部分保全局。在當時的情勢下，除了李鴻章可以作為首選人物之外，慈禧太後根本想不到還有誰能獨擋一麵。
李鴻章在大清百臣中絕對是一個敢作敢為的人，他臨危受命，不懼對手，因此他是一個敢於操縱天下大局的重量級人物。但由於各種原因，他隻能以退為進、舍小保大，把大風險化為小風險。難怪有人說，李鴻章是大清的一塊擋箭牌！李鴻章有他的不足和錯誤，但他的不足和錯誤正反映了人生的艱難。當他簽訂完一生中的最後一個條約的時候，竟一病不起，於兩個月後辭世。這是他被迫接受敗局。他的敗局屬於一個柔弱無力的王朝。