五代末北宋初，兵荒馬亂，連年戰爭，天災人禍，民不聊生。961年，燕肅出生在一個孤苦貧寒的家庭。六歲時，父親因病去世，母親靠給人家漿洗縫補度日，一家人生活在社會底層，過著貧苦的生活，根本就沒有錢讓燕肅去私塾求學。孤貧的生活，不幸的遭遇，並沒有阻礙住他的求知欲望，反而磨煉了他頑強的性格。
但燕肅少年有誌，發憤讀書。沒有書就向別人借，沒有錢便在家自學。白天幹活晚上讀書。稍大後就離開了家鄉，一邊給人家幫工，一邊拜師求學。
由於他天資聰穎，又勤奮好學，學業日益上進。曆盡了許多艱難困苦，經過了無數身心磨難，在外漂泊幾十年，近不惑之年時，才到了陝西鳳翔，這時清官寇準因事降職，正在鳳翔府擔任知府，燕肅來到了清官寇準的府上當一名小吏。此時的他雖有了明師指教，但仍然是邊工邊讀，堅持自學。功夫不負有心人，經過了千萬個日日夜夜的苦讀，終於在宋淳化年間，也就是燕肅四十六歲的時候，他考中了進士，任鳳翔府推官，主管司法事務。
宋淳化五年（994年），寇準自鳳翔召還，任參知政事（副宰相）。他深知燕肅是一個學問淵博、精明能幹的人，便推薦他任秘書省著作佐郎，後任臨邛（今四川邛山來）知縣。不久又調任河南府通判，任考城知縣。宋真宗趙恒即位，因燕肅政績突出，升為監察禦史，因寇準建議，仍留任河南。寇準回京後，薦燕肅為殿中侍禦史，提點廣南西路刑獄，繼而又徙廣南東路刑獄。
在臨邛縣任上，燕肅顯示了卓越的治理才能。燕肅每到一地，總是先了解輿情刑獄，下察民生疾苦。當他發現縣衙為了傳訊被告者，設置了幾名衙役，專司此職。而這些衙役下鄉時，經常對原告和被告敲詐勒索，貪婪受賄，當地百姓最怕官吏借斷獄之事下鄉滋擾。由此必然引起審訊中的徇私舞弊，極易造成冤獄。燕肅決定要革除此弊端，卻遭到了來自各方麵的壓力，上司和下級都說這是多年的祖製，不能更改。而燕肅則以關心民瘼為由，頂住了壓力，堅決進行革新。他頒布新規定“削木為牘”代替衙役。具體做法是：書其姓名於木牘之上，讓原告持此木牘通知被告，原告非常認真，被告不敢懈怠，如被告不按期到庭，則要受到懲罰，故而審訊時相關人員都能按時到衙，無需專設傳訊人員。相關人員一律按時到縣衙，不再滋擾百姓。革除了用衙役傳訊之害民弊端，受到廣大民眾的擁護。
燕肅後來曾任考城（今河南蘭考）知縣，河南通判，提點廣南西路、廣南南路及殿中侍獄史等職。在處理眾多刑獄中，他發現了判處死刑執行斬決的案犯中，有不少冤案，有審判者的主觀臆斷，有貪贓枉法冤枉好人者，甚至有的代人受死，燕肅覺得這是人命關天的大事，出於愛民之心，他便奏請皇上說：“凡判處死刑的案件，人命關天，絕不可疏忽。必須慎重。”同時他還建議：凡處以死刑的案犯，均可以上訴，任何人包括各級官員不得阻止。對上訴案件必須認真複審，不可一經判處死刑就“斬立決”，要過一階段，經過複審後再行處決。
皇上采納了他的奏義，一時上訴的人很多。燕肅在參加複審中，明察案情，著重證據，對有冤情的案件，不管牽涉到什麼人，一律秉公判斷，鐵麵無私，不畏權貴，不怕報複。不僅解救了一批被冤屈的好人，還嚴懲了那些貪贓枉法徇私舞弊陷害好人的官員。盡管得罪了一些人，卻使許多冤獄得到了平反。