任職明州（今浙江寧波）時，當地居民具有強硬粗暴、輕率好鬥的不良風氣。燕肅下令隻是嚴厲處罰先動手打人的人，後動手的人不管結果怎樣，都會被寬恕。於是打架鬥毆的人漸漸少了，因此就製止了當地居民動手打人的惡習，社會治安大有好轉。在寧波曆代知府中，他的到任，極大地開化了明州百姓的思想，百姓們因此把他紀念在府學名宦祠中。
天聖四年（1026年），燕肅當時在刑部任職。當時，京師對判死刑的人，都是先由大理寺裁判，報審刑院複查，由審刑院知院與詳議官寫出書麵意見，再上報中書省決定，而後交付執行。故誤判較少；而州郡之獄所判死刑可上訴中央的製度已廢棄，對事有可疑或理有可憫者，雖然也允許上訴，但多為法司駁回，不僅得不到審刑院的複查，有關官員反落個失職之罪，以致錯殺時有發生。
燕肅看到這種情況，認為不妥，他上疏皇帝說：“在唐代的時候，凡判處死刑的人，在京師要求五次複奏，在備州要三次複奏，保存了很多囚犯的活命。貞觀四年判決死罪29人，開元二十五年死罪才58人。現在天下人口不比唐代多，而天聖三年判死罪的有2436人，幾乎為唐代的一百倍。京師判死罪雖然複奏一次，而各州郡的案件有疑點或情有可憫的，州郡向上請示時，多被法寺駁回，官吏反獲不應上奏的罪名，因而各州郡在判案時，對案情有所增加，把某些情節說得重一些，用感情去套法律，失去了朝廷寬厚體恤百姓的本意。希望能按唐代的成例：各州郡中關押的情可哀憫的疑犯，在處以死刑之前，官府必須向朝廷複奏獲得批準，方得施行，使得天下判死罪的都可以有一次複奏的機會。”
朝廷采納了他的建議，使地方上所判死刑可以複奏的製度得以恢複。這對完善宋朝的司法製度，減輕州郡官吏對平民百姓的欺壓，起到了一定的作用。王安石曾寫詩稱讚他“奏論讞死誤當赦，全活至今何可數”，稱燕肅是“仁人義士”。燕肅的一篇奏表救活了許多人的性命，功德無量。
燕肅因自小生活在社會底層，他深知民間疾苦，一生為官清廉，剛正不阿，經常為平民辦事，並因此得罪了當時的許多官員。燕肅進入仕途時年紀已大，46歲才經寇準推薦任京官，在龍圖閣待製品級上一待就是十餘年。“龍圖閣待製”幾乎是個榮譽性的虛銜，燕肅心中糾結，就給當時的青州老鄉、丞相王曾寫了一首牢騷詩，其中說：“鬢邊今日白，腰下幾時黃？”按照宋朝的製度，閣館的製誥、待製等官員隻能穿皂靴、係犀帶，必須升遷到學士之後，才由皇帝賜給金帶。王曾也很為這位老鄉抱不平，就跟皇帝說了這事兒，不久燕肅被任命為龍圖閣直學士。從虛職掛名的官員變成了實職的領導。
曆史上做過龍圖閣直學士的有很多，但以“龍圖”官職聞名於後世的，隻有兩人。一是燕肅，二是包拯——就是那個“包龍圖打坐在開封府”的“包青天”。所以，人們常稱燕肅為“燕龍圖”。
明道二年（1033年），七十多歲的燕肅接替範楓任青州知州，回到祖籍任職。在青州任上，正值當地災荒，朝廷命他兼任京東安撫使，組織賑災救荒。在青州任上僅三個月，又被召回京城，入判太常寺兼大理寺，複任審刑院。康定元年（1040年）去世，贈太尉。