藤林保豐是忍者聖典《萬川集海》作者藤林保武的先祖，有傳說他與百地正西本為一人，化身為二，統領兩個家族不斷爭鬥，以激發部下活力和維持伊賀勢力的均衡。而百地正西，正是此次擊敗北畠信雄的伊賀眾總大將。
兩年後的1581年九月，北畠信雄受信長派遣，統率四萬大軍分三路進入伊賀，擔任抵抗軍軍師的百地丹波守正西戰死，伊賀國終於平定。為了洗雪前年敗退之恥，同時也為了徹底消滅忍者軍團這一不安定因素，信雄在伊賀展開了殘酷的大屠殺——對比前此他陰謀消滅北畠氏一事，可以看出，信長的這個兒子雖然能力平平，卻完全繼承了老子的殘暴性格。
明智光秀在流著眼淚攻克八上城以後，又攻克了赤井直正守備的黑井城，基本統一丹波，隨即攻入丹後國。赤井直正是波多野家著名的猛將，人稱“赤鬼”或“惡右衛門”。不過也有一種說法，直正其實在兩年前就已經去世了，守城的是其弟赤井幸家。
十月末，備前大名宇喜多直家在羽柴秀吉的努力下，終於倒向織田方，共同對抗毛利氏，這一事件極大地動搖了毛利輝元在中國地區的統治，徹底扭轉了戰局。從此以後，毛利軍麵對洶湧如潮的羽柴、宇喜多聯軍，隻有招架之功，再無還手之力。
十二月，如前所述，攝津有岡城終於被攻克，除荒木村重、村次父子外，荒木一族均遭刑戮。織田信長移居雄偉的安土城的第一年，在一片勝利的歡呼聲中緩緩拉下了帷幕。十二月中旬，信長開始翻修作為武家聖地的石清水八幡宮。
放逐重臣
天正八年（1580年）正月，播磨三木城被攻克，城主別所長治切腹自殺。三月，關東的北條氏政派來使者，與信長聯合，開始全力攻擊已經日暮途窮的武田家。閏三月，織田信長與石山本願寺最終達成和睦協議。
對本願寺的長年包圍，使信長感到很不耐煩，繼續圍困下去徒耗軍力，發起總攻又有長島的前車之鑒，恐怕損失慘重。信長相信淨土真宗的門徒在自己政戰兩道的壓迫下已經再無複興之力了，於是決定放這些和尚們一馬。他請求朝廷頒下詔書，迫使本願寺投降。
本願寺顯如把和、戰之議交給“年寄眾”下間丹後、平井越後、矢木駿河、井上出雲和藤井藤左衛門尉討論，眾人一致認為：時勢如此，不可改變，如果拒絕朝廷來使，信長必將展開全麵進攻，近年來，荒木、波多野、別所等勢力如同狂風落葉般被一掃而空，淨土真宗的門徒絕不能盡數覆滅於此。
於是在朝廷特使近衛前久，勸修寺晴豐、庭田重保等人的安排下，本願寺顯如寫下誓書，宣布停止對織田信長的抵抗，淨土真宗放棄根據地攝津石山，以及北陸的加賀，前往它處和平傳教。顯如隨即離開本願寺，遁往紀伊的鷺森隱居，其子光壽（教如）仍然不舍這座本寺，但堅持到當年八月，終於還是被迫離開。名雖和睦，其實本願寺勢力等於徹底向信長繳槍，表示臣服。持續了十一年的石山戰爭，就此落下帷幕。
石山戰爭才剛結束，信長就開始整頓內部秩序。八月中旬，他突然發給重臣佐久間信盛、正勝（信榮）父子一份責難書，內列的十九條目，大都用不容置辯的嚴厲語氣，指責佐久間父子驕傲、懈怠和無能，決定給予嚴懲。主要內容如下——
以佐久間信盛為主將包圍石山本願寺足足五年，因為信盛的無能和怠惰，使得戰爭無法盡快結束。與此同時，明智光秀奪取丹波國，羽柴秀吉攻克了中國地區大片領土，柴田勝家即將平定加賀，就連池田恒興也親自領兵攻克了花隈城，他們數人在織田家中的資格，比起佐久間信盛來都遠遠不如，為何所建功績大過無數倍呢？是不是信盛仗著資格老，以為即便屍居素餐，織田家也會供養他一輩子呢？
前此命令信盛領兵增援德川家康，在三方原與武田信玄作戰，平手泛秀等多將戰死，而信盛卻貪生怕死，早早逃回。這樣膽怯的將領，織田家是不需要的！
其它拋棄尚武精神、沉溺於茶道、奉公不力或違法亂紀之事，不勝枚舉。現將佐久間父子放逐，令其剃發出家，隱遁高野山中，仔細懺悔自己的罪過！
佐久間信盛接到這份文件，如同耳聞晴天霹靂。他想要為自己分辯，但信長主意已定，不容更改。很快，就由楠長韻、鬆井友閑、中野右兵衛三人押送佐久間父子前往高野山。昔日不可一世的織田家宿老，現在光著頭，腳穿草鞋，步履蹣跚地行進在渺無人煙的荒草野地中，此番情景也算頗為淒涼了。
但這僅僅是開始。數日後，信長又放逐了曾與佐久間信盛同為織田信秀托孤重臣的林秀貞，以及安藤守就父子和丹羽右近氏勝。一口氣放逐那麼多重臣，織田家中輿論立刻嘩然。家臣們大多灰心喪氣地認定，信長是認為這些人已無利用價值，因此將他們一腳踢開，大家深恐自己將來也有這樣一日。但信長這樣做，或許是為了激勵家臣們努力工作，或許是在天下大定前，先排除掉織田家中不穩定的因素，掃盡怠惰之風，他對家臣們的看法、憂慮，是根本不會放在心上的。
這種驕橫的態度，絲毫不計人類情感的雷霆手段，也最終導致了信長本能寺被圍身死的悲劇。
大閱兵
第二年是天正九年（1581年）。二月二十八日，織田信長在京都舉辦了盛大的閱兵式（禦馬前）。他在事前就嚴令部下，必須穿著設計精巧而且華麗的衣甲，以顯示軍容之盛。信長本人頭戴唐冠，外罩金紗的禮服——據說這是中國和印度帝王們所習慣穿著的高級織品——內穿蜀江錦的小袖，騎著精心裝束的名馬“大黑”。部屬們也都為裝飾而費盡心機，據說家臣山內一豐為此竟然連妻子千代的私房錢都花光了。
盛大的閱兵式哄動了京都內外，圍觀群眾人山人海，無不歡呼讚歎。《信長公記》稱此盛況“見物成群集，貴賤驚耳目”，在場觀禮的公卿吉田兼見則在日記裏寫道：“規模極盡華麗雄偉，實非筆墨可以形容。”遠在西線和毛利軍對戰的羽柴秀吉未能出席閱兵式，深為遺憾，寫信向信長的近侍打聽：“閱兵之事已略有耳聞，望能告知其詳，以解渴懷。”
除羽柴秀吉外，瀧川一益時在伊勢，細川藤孝留在丹後，池田恒興留在攝津，未能與會，其餘織田家的重要將領，幾乎都參加了這場閱兵式。隊列是這樣排布的——
第一隊，由丹羽長秀統率攝津眾、若狹眾和西岡的革島氏。第二隊，由蜂屋賴隆統率河內眾、和泉眾和根來寺的大塚、佐野眾。第三隊，由明智光秀統率大和眾和上山城眾。第四隊，由村井貞勝統率根來眾和上山城眾。這是第一批出場的部隊。
其後，由織田信忠統率著織田家一門眾，包括織田信包、北畠信雄、神戶信孝、津田信澄、織田長益（有樂齋），等等。第六隊是公家眾，包括近衛前久、正親町中納言季秀、烏丸中納言光宣、日野中納言輝資、高倉中納言永孝，等等。朝廷官員，竟然參加信長的閱兵式，這無疑是在向天下宣告，信長才是日本真正的統治者，無論百姓、武士，還是朝廷，都必須俯伏在他的腳下。
第七隊為舊幕府的公方眾，包括細川昭元、細川藤賢、伊勢兵庫頭貞景、一色左京權大夫滿信、小笠原長時，等等。第八隊是信長的小姓和馬迴眾。第九隊是柴田勝家的北陸軍團，同列還有柴田勝豐、前田利家、金森長近、不破光治、原長賴等將。最後才輪到信長出場，帶著親信侍衛、參謀人員和禦用僧侶，包括平井久左衛門、中野右兵衛、青地與右衛門、鬆井友閑、武井夕庵，等等。