王安之刺傷江召棠後，即往見江西巡撫胡廷幹，誣江召棠係情急自刎。南昌群眾聞訊萬分憤怒，二月初二，上高、新昌、新建及棠浦龔姓民眾也紛紛相率來南昌。江西各學堂學生罷課、工人罷工、商人罷市，表示抗議。南昌諸紳商又分電旅京旅滬的江西紳士請予聲援，以主持正義，力爭國權。二月初三，大雨，各縣群眾數萬人齊集百花洲舉行大會，誓為江召棠報仇。這時，有紳士文某起來演講，要求群眾“以公理力爭，不可有野蠻舉動”。群眾以洋人擅殺官吏，藐視中國為不共戴天之仇，大罵演講者為賣國賊、亡國奴！推翻講桌，蜂擁至天主堂麵質王安之。王安之竟向群眾開槍，並一麵於堂後自行縱火，以便將來訛索，一麵開門逃走。群眾見王安之便群起追趕，將他打死。這時，天主堂大火衝天，群眾怒氣益增，又擊斃法文學堂教習6人及英國金教士夫婦2人，並搗毀法國天主堂2所、法文學堂1所、英國救主堂1所。事變當天，南昌鄰近各村鎮群眾聞訊也紛紛舉行暴動，表示響應。
事發次日，胡廷幹為向帝國主義獻媚，除下令逮捕參加暴動的群眾1600多人外，還備辦朝珠禮服厚殮洋人屍體，並親自叩頭跪拜。清政府為了滿足英、法要求，除又“查拿”群眾70餘人，並殺劉苟子、吳鳳年等11人、判處徒刑27人外，還於4月29日，同法國簽訂了所謂《中法新定南昌教案善後合同》五條，其主要內容為賠款銀共25萬兩，並在序言中首先承認江召棠為“自刎”。至此，“南昌教案”終於以喪權辱國而暫告結束。
1907年，贛南各縣農民競習神拳，清政府聞訊嚴禁。8月，南康縣大窩裏陳姓教民充當牛牙，勒買強搶農民耕牛，激起民憤。於是，黃太盛等領導當地黃、丘、謝、張、王等姓農民起來鬥爭，並率眾進攻教堂，殺死教民，包圍大窩裏天主堂，打死法國教士江督烈。事發後，上下二百餘裏各村群眾紛紛起來響應，“仇教毀學”，並焚毀許多教堂及教民房屋，殺死上猶縣教育會會長李翹。19日，贛州城內群眾也焚毀法國天主堂，20日又搗毀英國耶穌堂兩處。接著，南康城內、崇義鄉間群眾又繼續焚毀教堂及教民房屋。22日，南康群眾數百人，身穿黃衣，手執旗幟，去攻贛城，並分路去上猶、崇義各鄉，焚毀揚眉寺教堂，其主力則前往圍攻南安府城（今大餘）。結果，清政府調來了廣東、湖南兵力“圍剿”，將起義鎮壓了下去，並逼使群眾出巨款賠償教民和教堂的損失。
3.贛北、贛中等地人民自發的反教、抗捐、搶米鬥爭
“南昌教案”後，江西人民的反抗鬥爭愈益普遍。僅在1906年4月至6月間，即在贛北、贛中地區發生了反教、抗捐和搶米等群眾暴動多次。
4月，鄱陽縣時山地方，數百名群眾為反對洋教，創立秘密會社——洪蓮會，推黃淑性為首，遍貼滅洋檄文與安民告示，豎旗起義。4月中旬，起義群眾到浮梁洗馬橋，殺死教民吳耀南的侄兒順生，後又轉入安徽建德縣（今安徽東）境，拆毀、焚燒天主堂及教民房屋多處。16日，起義群眾汪榮周等6人被清兵所俘，其餘群眾則回到江西浮梁的桃店，繼續進行鬥爭。
江西瑞昌縣因厘稅分卡抽稅苛細，洪下源薑、何、馮三姓鄉民一哄而上將該卡搗毀。當兵差將薑姓三名犯事人拿獲時，鄉民不僅糾眾將三人奪回，而且鳴鑼出隊約二百餘人，開炮轟擊官兵。
在都昌縣，則有黃土嘴農民羅來委、江紹桂乘米貴民饑之時，組織群眾入會，當時的景德鎮窯工多數加入。他們在某夜聚會，定期入城起事。都昌縣聞警往捕，先後捉獲五人，起事群眾被迫逃散。
在臨川，由康星田等率眾五六百人起義，豎旗鳴號，遊行各市鎮，並占據茅排山一帶抗擊清軍，勢力波及建昌縣（今南城）境內，結果因清政府的殘酷鎮壓而失敗。
5月，吉安清賦局在水災之後農忙之際，派人到儒行鄉征收舊欠丁漕錢糧，肆行敲索。群情激憤，打傷委員，並由馬鞍山人歐陽亨衢鳴鑼聚集各鄉群眾數千人，入城到府署請願三日夜，要求撤去委員。15、16日，全縣各地人民紛紛來城。知府胡謙派巡防軍統領袁坦率兵鎮壓。群眾被迫抵抗，死傷40餘人，後又前往奪取軍庫、拆毀電線，繼續鬥爭。江西巡撫吳重熹聞訊，派兵三百馳往鎮壓，並加委贛南道江毓昌前去查辦。結果，歐陽亨衢被殺害，參加鬥爭的群眾多被監禁。
同月，餘幹縣（今餘幹）舉辦白土捐，碓戶不滿，因而有黃花墩繆坊村聚集數千人起來反抗。至六月初二，又有千餘人加入。