瞿式耜字起田，號稼軒，常熟人，吏部左侍郎文懿公景淳之孫、參議汝說之子也。登萬曆丙辰進士。嚐謁顧裕民，款留置酒，從容談論，至夕乃別。或詢何不他客留而獨此也？裕民微笑曰：此君當血食百世，爾輩何足以知之。授永豐令，政最優。行取，一縣之民持香泣送，有至三百裏外者，至今稱之。式耜入京，忽忽心動不樂，疾馳歸，父已病，旋丁艱。崇禎戊辰，補戶科給事中，凡八月，上疏十餘；如王道有必順之人情、聖世無不平之法紀一疏中，舉應起複、應贈恤者若幹人，應論諭死、應褫革者若幹人，發抄後天下歡然，想望其風采。是時亢旱，詔求直言，式耜又疏言：罹閹禍各官已蒙昭雪，他如青衿之立斃、窮民之枉死者，不知凡幾，冤抑駢闐，幹和不小。奉旨、著於祈雨壇側共設一祭，以慰幽魂。祭畢，甘雨立降。平台召對，奏言屯田鹽政條例若幹，鑿鑿俱見施行。最後有大僚不宜久曠疏，語侵吏部尚書王永光。是時其師錢謙益被論，式耜坐謙益事下獄。未幾事解。式耜浩然出都門，歸修東皋別業，讀書論道其中。
甲申春，大學士範景文舉曆年起廢，複式耜冠帶，開釋侯補。乙酉，補應天府府丞，尋陞僉都禦史，巡撫廣西。清兵已破江西。是時唐王聿鍵立於閩，廣西為靖江王封國，舉兵爭立。式耜密約總督丁魁楚、總兵陳邦傅，邀於蒼梧執之。閩封魁楚平粵伯，封邦傅思恩伯，式耜亦進秩，巡撫如故。
丙戌八月，閩既破，時有總督何騰蛟在湖南，兩粵山川無恙，而眾議立君。鹹以昭穆之序宜在桂，乃共奉恭王之世子永明王朱由榔，監國於肇慶。式耜轉吏部侍郎，掌部事。內監王坤以司禮監竊國柄，舊臣呂大器、李永茂、方以智等鹹以事皆引去。式耜每事駁正，不少屈焉。十二月，廣州府破，坤挾王西走。
丁亥正月朔，至梧州府。魁楚辭赴岑溪縣守險，從官散失，隨行者惟式耜一人。二月，至桂林府。時肇慶、梧州二府俱破。清兵先驅過平樂府。王坤請召武岡鎮總兵劉承胤入援，因入楚。式耜泣曰：東藩已失，所存者惟桂林一隅。若複委而去之，武岡雖金城湯池，何能長久？臣本起此以舉事，願與此地俱存亡。乃以式耜為吏、兵二部尚書，總督軍務，留守廣西；封總兵焦璉為富川伯，鎮桂林；加陳邦傅為侯，守昭平（在平樂府城南二百二十裏）。王竟赴武岡。焦璉自全州回，未三日而清兵已至，衝入文昌門，城中軍民大恐。式耜督璉且戰且守，自三月至五月，曉夜立矢石中，推食解衣，與士卒同甘苦，故人無叛誌。承胤援兵在城，索餉而譁。式耜括庫藏不足，夫人邵氏捐簪珥以助之。既而與焦軍不和，竟噪而去，城幾破者數矣。會陳邦彥等攻廣州，大兵東回，焦璉進複陽朔及平樂，陳邦傅亦由潯州複梧州，廣西再定，式耜之力也。
秋八月，武岡城破，上回次柳州，而湖南之長沙、衡州並失，湖廣總督何騰蛟等俱至桂林府。郝永忠、盧鼎諸鎮之兵雲集桂林，式耜籌畫糧餉，日不暇給矣。十一月，上自象州回桂林，式耜與新輔嚴起恒並典機務，而馬吉翔以錦衣指揮與焉。何騰蛟仍督師出全州。