堵胤錫號牧遊，南直宜興人，登劉同升榜進士。辛巳，任長沙知府。是年五月，山賊蕭相宇等竊發，擾安化、寧鄉，數敗官兵，勢甚熾。胤錫率鄉勇破其軍，斬之。又破醴陵燕子窩賊，斬賊首草上飛、李胡子等。於是中外稱知兵。
甲申六月，陞武昌兵巡副使。九月，改本省督學。乙酉春，巡視湖南，至常德，會左、闖交訌，以督學檄招兵萬人，使偏將楊國棟等分領之。總督何騰蛟走長沙，分大湖南北為汛。胤錫晉湖北巡撫，還常德。
先是李自成既死，其義兒李錦等十八部屯醴州界上，號三十萬，遠近大震。胤錫欲撫之。偵知錦母高氏有智術，軍中皆取決。而高氏之弟名一功，所部二萬人為諸軍最。乃集鎮將道府議，親赴其軍。鎮與一功以鐵騎千騎來迎。入營稱詔賜高氏命服，賜錦、一功蟒玉及金銀器，犒其軍，皆踴躍叩首謝。軍中命酒，胤錫引卮論列，教以臣忠子孝大義，侃侃數千言。明日，高氏出拜，謂其子錦曰：堵公，天人也，爾不可負！於是別部田見秀、劉汝魁、賀蘭、李來亨等來謁，皆如約受撫焉。事聞，封高氏英淑夫人；李錦左軍侯，賜名赤心；高一功右軍侯，賜名必正；其他部爵皆通侯，號忠貞營。加胤錫總督侍郎，賜劍並鳳紐銀印以寵之。
丙戌二月，李、高等率兵攻荊州，凡旬有二日，城將陷，會大霧，赤心等蓐食帳中，忽救兵數萬至，飛矢如雨，軍大潰。胤錫急召楊國棟、張光翠等分駐澧州及回子河防禦。
明年三月，永曆帝至武岡，封胤錫光化伯，辭不拜。五月，清兵下湖南。武岡破，馬進忠、王進才等俱走，胤錫亦入永定衛及永保諸土司。十二月，朱容藩自稱監國招討副元帥，建行台於夔州。胤錫泝三峽至夔，見容藩，責以大義，容藩懼，自銷其副元帥印。胤錫還。容藩後為餘大海所殺。
戊子春，江西金聲桓舉義兵。清兵自湖南回駐武昌。胤錫傳檄諸鎮俱出湖南。四月，馬進忠複常德，王進才複桃源，澧州、石門各城皆下。忠貞營亦克荊州、宜城，使來告捷。諸潰兵皆會。五月，進忠兵戰於牛皮灘，又大戰於麻河，俱勝。十月，忠貞營高必正等自夷陵渡江，分道數萬人趣武陵，馬進忠之師燒城走。初，胤錫自夔還，如忠貞營約，以騎三千赴常德助戰，竟不至。馬進忠等既複常德，晉封公侯，因並加李赤心為公。赤心請取長、嶽自效，實欲避敵而南也。馬進忠惡之。至是，必正率輕騎數百突入常德城，出其不意。進忠佯設酒高會，陰使人具舟，渡老營東去。日晡，進忠擁騎數千，披甲注矢出城走，焚城中廬舍及瀕江船隻。必正輩亦怒，請北還。胤錫恐有他變，姑好語撫之。進忠掠益陽諸縣而東。忠貞營駐常德，歲饑乏食，議進取長沙。乃以監軍毛壽登、總兵楊國棟守常德，胤錫自率標兵二萬人及忠貞營東攻長沙，不能克，遂至湘潭，與何騰蛟會。未幾，馬進忠亦至，以前隙不和。騰蛟乃議留進忠兵攻長沙，胤錫率赤心等援江右。己醜正月，大兵至湘潭，進忠走，何騰蛟死之。胤錫東發至攸縣，南昌已破，乃分遣堵正明、尹具瞻將五千人守永興，陸士毅守安仁，龔龍守攸縣，自率萬人及胡一青之師守衡州。三月，戰於草橋，兵敗，走耒陽，將趨永興軍，而永興、東安、攸三鎮兵俱先潰，正明、士毅等及隨師之待詔潘哲、中書舍人邵履正等皆死之。胤錫聞報走，中途遇敵，幾危者數矣。當午忽大霧，夜行，有螢火數萬隨照之，以故得晝夜兼行，達桂陽，後為楚鎮曹誌建所困。誌建鄞人，封保昌伯，有眾數萬，屯三湘之南界，地險而僻，得免蹂躪，誌建安之。忠貞營兵敗過之，大掠，誌建恚甚，謂故胤錫所招降也，並憾胤錫。迎入龍虎關，阻隨行者將士五百餘人於關外，一夜盡縛而殺之。胤錫寓佛寺中，幾不得脫。聞粵西明經何圖複方結寨楚、粵界上，使人告以難，圖複率兵來迎，因得走赴之，間道至賀縣。圖複後竟被誌建所殺。
六月，胤錫至肇慶，召入閣。三日，加督師大學士兼尚書，賜白鏹五千錠，使調李赤心等於藤、鬱之間，率之出楚。至梧州，來歸者可三千人。七月，雲南總督楊畏知為孫可望請封不得，還過梧，胤錫疏請封可望為平遼王。九月，期李赤心等不至，造其營結之。赤心初敗於梧州，戰馬、鎧仗盡失，士卒疲困。入粵未久，無意北出。欲使胤錫代請高、雷二府以休息士馬。胤錫不可。數日，竟拔而西，散居南寧及賓、橫間。胤錫恚恨病作。別部劉世俊、劉國昌使人來告，願自從出楚。胤錫悅，親至潯迎之。十一月，世俊、國昌果至，遣東下梧以待。並檄他鎮兵，期以是月望日北發。忽感寒，病革，草遺疏，自為誄詞。潯流湍急，時舟居且夜半矣，命從者解係放舟，曰：吾荷國重任，不獲免胄赴鬥，馬革裹屍，今斃命臥榻，死有餘恨，固不若自沉於江，葬魚腹中爾！從者力諫乃止。以是月二十六日卒。贈潯國公，諡文襄，後改諡忠肅。其子世明亦以是年夏月先卒於軍中。