斯坦利對於這樣的輿論批評十分敏感，所以即使這次歸來給他帶來很高的榮譽，但也不會給他帶來多少安慰，他更無法忘記他受到的汙辱。他下定決心，要堵住批評者的嘴，於是在美國《紐約先驅報》和倫敦《每日電訊報》的讚助下，他發起並組織了當時規模最大的非洲探險隊，去探索維多利亞湖、艾伯特湖及更遠的地方，去解決利文斯頓留下的一些問題。
1874年底，斯坦利在桑給巴爾征募了400多名非洲人，這些人將跟隨他和他的3名歐洲夥伴--弗裏德裏克·巴克和弗蘭西斯·波科克、愛德華·波科克兄弟去非洲內陸。這次探險與所有其他人進行的探險一樣，也將遇到種種令人失望的事情。
隊伍沿著一條“布滿大象和犀牛迷宮似的足跡”的羊腸小道行進了幾周後，疾病、開小差、饑餓和戰爭（斯坦利特別喜歡對土著居民使用武力）對探險隊伍產生了影響。人數大大減少，探險隊的強壯人員現在都變得體弱多病，就連領頭人也開始垂頭喪氣，這是每一位非洲探險家都難以避免的不幸和麻煩。
1876年11月，離開尼安格韋村之後，斯坦利和探險隊沿著盧阿巴拉河前進，這是利文斯頓到過的最遠的地方，也是非洲最靠內陸的地方，斯坦利不知道這次旅程將把他帶往何處，是地中海還是大西洋，因為他要順流而下的那些河道完全沒有在地圖上繪製過。現在陪伴著他和弗蘭克·波科克（另外兩位英國人都死了）的是探險隊的殘餘人員和蒂波·蒂卜手下的700人。蒂波·蒂卜是當地稱霸一方的奴隸販子，他同意率領他的人為斯坦利服務，條件是斯坦利要付給他可觀的物資和金錢。
走出尼安格韋村300多千米的時候，蒂波·蒂卜帶著他的人馬沿著原路返回，而斯坦利則帶著他日益減少的隊伍繼續前行。
一路上，斯坦利探險隊碰見了一些當地不同的居民，對付這些居民，斯坦利總是喜歡武力相向，而不會心平氣和地談判。以至於一些土著居民說以前利文斯頓對他們“是那樣的溫和、耐心，還常常給他們講一些白人國度裏發生的美麗故事”。雖然斯坦利的人在數量上總是不占優勢，但由於他們擁有先進的武器，所以總占上風。
斯坦利又在一個村莊打了一仗，繳獲了幾艘獨木船，他和探險隊員們乘著這些船隻順流而下，河水巨大的推動力使他們可以快速前行，後來又常常碰到險灘，使他們不得不棄船登岸。在經過了今天統稱為斯坦利瀑布的連續7處急流險灘之後，他們經過測量，結果顯示，這條河不是尼羅河或其支流，而是未曾在地圖上繪製過的剛果河。他們沿著斯坦利瀑布又平穩地前行了1600多千米，現在他正朝著大海的方向駛去，麵對洶湧澎湃的河水，斯坦利情不自禁地把剛果河比做“非洲的亞馬遜河”。他寫到：“剛果河的水量相當於尼羅河的3倍。”他還認為，這條河流在貿易方麵潛力巨大。
平穩的航行於1877年3月結束，此時距入海口大約有724千米，即今天布拉柴維爾和金沙薩兩市上遊不遠的地方。洶湧的激流一個接一個，船必須由纖夫用繩子在岸上拉著才能通過。下來就是平緩而異常寬闊的河麵，斯坦利把這段河麵稱之為斯坦利湖。然而斯坦利在這段平穩的湖麵沒有前行多久就又碰上了32處急流，斯坦利把它們命名為利文斯頓瀑布，弗蘭克·波科克和11名探險隊員試圖駛過一處急流時，船被打翻，所有人員全部落水而死。
經過這些航行之後，隻剩下斯坦利的一艘船，朝著大西洋海岸駛去，去完成他們這次約8 045千米的漫長探險的最後一段路程。此時隊員們各個衣衫襤褸，極度疲勞，許多人已經快被餓死了。1877年8月，斯坦利和另外大約82人終於抵達大西洋沿岸的博馬，完成了非洲探險史上最偉大的一次探險，首次從印度洋到大西洋橫跨了整個非洲大陸。從他們出發的那天算起，這次探險正好用了999天。探險中，他們探索了非洲大陸最後一條尚待探索的大河，使得製圖學家可以描繪非洲內陸的地理風貌。因為斯坦利對土著居民的殘酷無情，常常受到人們的批評，但沒有人能否認他的探險活動的重要性。
在斯坦利這次裏程碑式的跨越非洲大陸的探險之後，歐洲國家便把他們的注意力從探險轉移到殖民上來。他們在非洲和整個世界開始了一場爭奪殖民地的競賽，以便從殖民地掠奪原料和糧食，為他們作戰略緩衝，以對抗其鄰國或對手的帝國野心。從1870～1914年中，非洲從隻有沿海極少數幾塊地方淪為殖民地演變為幾乎整個大陸都已被英國、法國、德國、比利時、葡萄牙和西班牙瓜分完畢。在非洲眾多的國家和王國中，隻有利比裏亞和埃塞俄比亞保持著獨立。
殖民化也標誌著偉大的非洲地理探險時代的終結，但也確實為這個時代最偉大的探險家斯坦利提供了機會：1879～1884年間，斯坦利投奔比利時國王利奧波德，在他曾經探險過的剛果河建立起眾多的貿易據點，並誘使當地部落酋長們把他們的主權轉讓給了比利時君主，從而為他建立了所謂的“剛果自由邦”。
可笑的結局
斯坦利一生中最後一次探險既是一場夢魘，又是一場鬧劇。1887年，他受命前去營救自封為埃明帕夏的德國醫生，他是英國任命的蘇丹最南端的赤道省省長。當時蘇丹名義上是在埃及的統治之下，但又要依靠英國的軍事力量來維持秩序。後來，稱為伊斯蘭先知的馬赫迪領導起義，當時的歐洲報紙報道說：“埃明帕夏困守在尼羅河上的瓦德萊堡壘，情勢十分危急。”
於是，斯坦利又率領一支由708人組成，也是當時規模最大的非洲探險隊從剛果河口出發了。他們溯河而上，直到伊圖利熱帶雨林，斯坦利稱之為“恐怖之地……是我在非洲所經曆的一場最可怕的夢魘”。斯坦利留下一支後備隊後，率領389人進入茫茫的熱帶雨林，結果隻有174人走出來。這些人甚至被迫靠吃人肉維持生存。幸好，探險隊的領導人斯坦利通過他的鐵腕手法，保持了紀律。
糟糕的是，斯坦利於1888年初到達目的地後，卻發現“待人友好……學識淵博的”的埃明帕夏安然無恙，而且並未受到馬赫迪起義軍的威脅。他和利文斯頓一樣，也並不指望有人前來救他。於是，斯坦利丟下埃明帕夏，讓他好好想一想自己是走還是留，自己則又再次鑽入熱帶雨林，去尋找他那迷失方向的後備隊。等找到後備隊的時候僅僅剩下了98人。回來的路上，斯坦利遠遠望見了白雪覆蓋的魯文佐裏山脈和神秘的月亮山，成為看見這兩處地理景觀的第一個歐洲人，在此之前，幾位歐洲探險家也到過此地，但都無緣看見。
1889年12月，斯坦利、埃明帕夏及他們各自的隊伍經過長途跋涉，終於抵達巴加莫約。斯坦利再一次完成了橫穿非洲大陸之旅，這一次的方向與上次正好相反，是自西向東。
斯坦利在他生命的最後15年，致力於撰寫他在非洲的經曆和回憶錄。1904年5月9日在倫敦逝世，終年63歲。
後記
斯坦利的探險歸來標誌著非洲偉大探險時代的結束，它是以一個荒謬和無聊的注腳做結尾的，花了無數錢財，失去了無數生命，目的是為了營救一個不希望被營救的人。
大事年表
1841年斯坦利出生在英國的威爾士。
1869年斯坦利工作的《紐約先驅報》派他前往非洲，尋找在那裏失蹤的英國探險家大衛·利文斯頓。途中他曾在埃及停留，報道了蘇伊士運河的開通。
1871年3月，斯坦利從如今坦桑尼亞海岸外的桑給巴爾島出發，去尋找利文斯頓。他向西行走，終於在1871年11月10日在坦噶尼喀湖岸的烏季季找到了利文斯頓。
他從坦噶尼喀湖出發，沿著盧阿拉巴河西行。該河與浩大的剛果河相連。他沿著剛果河到達了海邊。
1879年他奉比利時國王利奧波德二世之命，第二次去非洲探險。斯坦利在中非的叢林裏建立了“剛果自由邦”。
1887年是他的最後一次非洲探險之行，這一次是去營救自封為埃明帕夏的德國醫生。
1904年5月9日， 亨利·莫頓·斯坦利去世。