朱儁來到時，公孫瓚已經解決了並州之事，朱儁想請公孫瓚先派兵協助防禦並州，自己去解決西涼問題。
公孫瓚非常為難，他自己也隻有三萬餘人馬，此次是其丈人劉基與鮮卑交好，在鮮卑處借兵五萬，建議朱儁也向鮮卑借兵，劉基可出麵與鮮卑人溝通。
朱儁考慮到童宇在鮮卑中的威信，決定一試，鮮卑大帥柯比能聽後欣然接受，並請朱儁代他向童宇問候，保證守住並州。
朱儁看柯比能帶來馬步兵五萬，看到騎兵時倒沒什麼，但是看到其帶來的數千步卒心中暗佩服，個個精壯，渾身散發著一種駭人的氣勢，他仿佛在哪看過這些步卒，卻想不起來了。
馬騰，韓遂本就在西涼甚有人緣，此次被朱儁命令共守西涼，也很快便控製了西涼大部。
朱儁回到西涼後，便對百姓施以仁政，加緊練兵，等候王允消息。
董卓在京城每日與親信及屬下花天酒地，殺人取樂，鬧的京城人心惶惶，民不聊生，李儒與李肅數次勸說，董卓卻是不聽。
但是董卓也聽從了李儒的建議，防備有人偷襲洛陽，便派李傕守潼關、郭汜守函穀關、樊稠守虎牢關、張濟守汜水關、胡軫守武關、徐榮負責接應各路、李肅負責洛陽守衛。
董卓卻暗中命令董越、段煨守長安，並在長安大興土木修建封禪台，準備遷都長安逼劉協讓位。
最後董卓實在被李儒說煩了，將其派去與張濟把守汜水關，而朝廷之上董卓也把朝政大事都交給李肅與王允，自己每日帶著呂布出入皇宮，**宮闈。
李肅說降呂布後，董卓並沒有賞賜他和加封他官職，李肅就有些不樂。
董卓受朝廷一再加封，也沒對他獎賞，倒是給呂布加封為中郎將，與自己官職相同。
現在名義上是讓他處理朝政大事，實際上不過是讓他幫董卓看有沒有什麼對其不利的奏章，自己什麼事也做不了主。
李肅每每想到這些心裏就不舒服，他向董卓提議自己去守衛五關，但是董卓卻沒同意，把守守五關的肥缺都派給了別人。
他隻能每日對著王允那愁苦的臉，和向董卓稟報王允請求賑濟難民，再就是遭到董卓一陣怒罵，別的實在是無事可做，好多事他也不敢再稟報董卓。
王允卻時常說董卓對他器重，才把朝廷大事交給他處理，他心中生氣，但是董卓吩咐過他不能對王允無禮，他心中煩悶。
這日處理完朝政，王允並沒有讓他向董卓稟報什麼，他有些疑惑的問王允，王允卻說都是賑濟難民的奏章，為了避免他遭董卓責備，也就不用稟報了。
李肅對王允還真心生了感激，他想到每次他象董卓稟報賑濟災民，得到是董卓怒罵：“你個廢物，若再用這些事情來煩我，必然重罰”想到這些，李肅心中就惱火。
他為董卓征討羌族造反立下大功，是憑著戰功一點一點得到現在這個職位，而呂布不過是自己勸降來的，現在卻與自己官職一樣，還被董卓重用，認為義子。
王允似乎看出李肅煩悶，便請他去府中飲酒，李肅也是閑來無事，便接受了王允的邀請。
此後幾日，王允每日請李肅飲酒，李肅漸漸的對王允無話不說，也說出了自己心中的煩悶，王允聽後心中有了計較。
王允看時機成熟，對李肅訴說了董卓殘暴，殺害無辜百姓，要挾皇帝**宮闈，都是大逆不道，遲早會被天下豪傑所敗，勸他離開董卓。
李肅卻認為董卓現在羽翼已豐，且有心腹把守關卡，在朝中所做之事外界根本就不可能知道，若有人來討伐，他大可借皇帝之名攻打。
王允勸他舉大義，宣布董卓惡行，號召天下共討董卓，李肅卻顧忌董卓手握重兵，且各關卡都由起心腹把守，不好成事。
王允看李肅並沒有發怒，隻是考慮自己安危，心中高興。
朱儁將西涼之事基本處理完，馬上給王允送去密報，王允接到後，將密報送給李肅觀看，李肅看後心中高興，如此一來他有了依仗，也起了與董卓為敵之意。
王允又答應，事成之後，他當保舉李肅為太尉，取代董卓，李肅聞聽後，下了決心。
雖然牛輔的敗兵和並州的敗兵來到了洛陽，但是都被李肅客氣的“保護”起來，董卓所得到的都是得勝的消息。
董卓還親自加封韓遂為金城太守、馬騰為漢陽太守。
王允與李肅頻繁接觸，也引起了董卓的注意，他曾派呂布暗中查探，但是呂布心中感謝李肅，並沒有如實向董卓稟報，反而還提醒李肅。