2．根和根莖類藥物一般是在秋季植物地上部分開始枯萎或早春植物抽苗時采集，這時植物的養分多貯藏在根或根莖部，所采的藥物產量高，質量好。但也有些根及根莖如孩兒參、半夏、延胡索等則在夏天采收。多數的根及根莖類藥物需生長一年或二年以上才能采收供藥用。
3．花類藥物多在花未開放的花蕾時期或剛開時候采集，以免香味失散、花瓣散落，影響質量，如金銀花、月季花等。由於植物的花期一般很短，有的要分次及時采集，如紅花要采花冠由黃變紅的花瓣，花粉粒需盛開時采收，如鬆花粉、蒲黃等。采花最好在晴天早晨，以便采後迅速晾曬幹燥。
4．果實類藥物除少數采用未成熟果實如青皮、桑槐等外，一般應在果實成熟時采集。
5．種子通常在完全成熟後采集。有些種子成熟後容易散落，如牽牛子、急性子（鳳仙花子）等，則在果實成熟而未開裂時采集。有些既用全草、又用種子的藥物，則可在種子成熟時，割取全草，將種子打下後分別曬幹貯藏，如車前子、紫蘇子等。
6．樹皮和根皮類藥物通常是在春夏間剝取，這時正值植物生長旺盛期，漿液較多，容易剝離。剝樹皮時應注意不能將樹幹整個一圈剝下，以免影響樹幹的輸導係統，造成樹木的死亡。
關於動物藥，一般潛藏在地下的小動物，宜在夏秋季捕捉，如蚯蚓、蟋蟀等；大動物雖然四季皆可捕捉，但一般宜在秋冬季獵取，不過鹿茸必須在雄鹿幼角末角化時采取。
此外，在采收藥物時還須要注意天氣變化，如陰雨時采集，往往不能及時幹燥，以致腐爛變質。在采集藥物時，應該重視保護藥源，既要考慮當前的需要，又要考慮長遠的利益。因此，還須要注意下列幾點：
1．留根保種：有些多年生植物，地上部分可以代根用的，盡量不要連根拔；必須用根或根莖的，應該注意留種。有些雌雄異株的植物如栝樓，在挖掘天花粉時，一般隻應挖取雄株的塊根。用全草的一年生植物，大量采集時應留下一些茁壯的植株，以備留種繁殖。用葉的藥物不要把全株葉子一次采光，應盡量摘取密集部分，以免影響植物的生長。
2．充分利用：根、莖、葉、花都可入藥的多年生植物，應多考慮用地上部分和產量較多的部分。此外，可結合環境衛生大掃除、墾地填洪和伐木修枝，隨時注意將可作藥用的樹皮、根皮、全草等收集起來，認真地加以整理，以供藥用。
3．適當種植：根據實際需要，對於本地難以采集或野生較少的品種，可以適當地進行引種繁殖，以便采用。
藥物在采集以後，都應采取一定的加工處理，以便貯藏。如係植物類藥品，采集後應先除去泥土雜質和非藥用部分，洗淨切斷，除鮮用外，都應根據藥物的性質，及時放在日光下曬幹，或陰幹，或烘幹，分別保藏。有些含水分較多的藥物如馬齒莧等，可在洗淨後切斷，多曬幾天，才能曬幹。植物的果實或種子如五味子、女貞子、萊菔子、葶藶子、白芥子等須放在密封的甕內；植物的莖葉或根部沒有芳香性的如益母草、木賊草、夏枯草、大青葉、板藍根、首烏藤等可放在幹燥陰涼處或貯於木箱內；芳香性藥物及花類如菊花、金銀花、月季花等，須放在石灰甕內，以防受潮黴爛變質。種子類藥物要防蟲鼠。動物藥及髒器組織如蘄蛇、烏梢蛇、蜈蚣、地鱉蟲、胎盤等，在烘幹後，應放在貯有石灰的缸中，以保持幹燥；並放在冷暗幹燥的地方，以防蟲蛀或腐爛。
礦物藥如石膏、滑石、靈磁石等可放在木箱內；但其中如芒硝、硼砂等須放在甕內蓋緊，以防受潮。
劇毒藥物要另行貯藏保管，防止發生事故。貯藏藥物的庫房須經常保持清潔幹燥和防蟲、鼠的侵蝕；藥物仍須勤加翻曬，對某些易生蟲蛀或容易受潮發油的藥物，如前胡羌活、獨活、甘遂、當歸等，必須經常檢查，以防黴蛀變質。”
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