在其後的一年左右時間裏，核心研究小組通過省內外調研、走訪專家，開展綜合研究，完成江蘇省科研機構現狀研究、江蘇省科研機構改革目標研究、江蘇省科研機構轉製為企業的方案研究、江蘇省科研機構轉製為非營利機構的方案研究、江蘇省科研機構改革轉製政策及措施研究、國外科研機構管理研究共6個專題研究報告和“江蘇省省屬科研院所結構調整與定位轉製實施方案研究”總報告，初步提出了江蘇科研機構改革轉製工作的總體思路和目標，設計改革轉製的路徑，製定改革的配套政策和措施，包括根據科研機構不同性質實行分類改革、應用類科研院所轉製為企業、公益類科研院所轉製為非營利機構等。
從1999年夏完成初稿到2000年年底研究報告定稿，期間研究人員圍繞科技體製改革，參加了省科技廳組織的一係列的研究、調研和文件材料的準備，特別是參加作為省政府文件出台的《江蘇省科研機構改革轉製工作實施意見》（以下簡稱《實施意見》）的起草和修改，參加省科技廳在1999年上半年召開的“江蘇省省屬科研院所企業化管理研討會”和“江蘇省省屬科研院所非營利機構研討會”，參加2000年9月省政府召開的全省科研機構改革轉製工作動員大會，都由情報所研究人員具體執筆起草分管副省長王瑉和分管副廳長楊銳在大會上的發言稿（初稿），並參與修改。
軟科學研究項目的研究成果為上述工作提供了堅實的基礎，而參與和完成上述工作也使軟科學項目研究提出的思路得到完善。特別是在《實施意見》的起草和修改中，重點就改革轉製的具體實現模式、途徑和保障措施等開展調研、討論，廣泛征求科研機構、省政府有關部門意見，有時候為了具體的一條政策措施，需要做大量的政策收集、比較，需要和有關部門磋商、爭取，甚至是爭論。情報所研究人員在工作中逐步形成了四個堅持的具體操作原則，即堅持轉製與改製相結合，轉製為企業要突出產權製度改革，一步到位建立現代企業製度；堅持自主選擇與規範化操作相結合，在科研機構改製模式和實現途徑上，充分尊重科研機構及其廣大職工的意見，不搞“一刀切”；堅持改革與發展相結合，科研機構改革轉企不是簡單地甩包袱，不是要削弱科研機構的科研開發力量，而是要使科研機構在新的機製下更好地發展；堅持科研機構改革與區域性創新體係建設相結合，轉製為企業，不是一般意義上的企業，而是科技型企業，高度重視技術創新能力的提高。
階段研究碩果奠定改革基礎
以軟科學項目研究為主要形式開展的科技體製改革重大問題研究成果，得到項目評審專家和科技廳領導的一致好評，成果作為省科技管理等部門製定江蘇科研機構改革轉製文件的主要依據，先後出台了《關於全省科研機構改革轉製工作的實施意見》（蘇政發〔2000〕100號）、《江蘇省非營利機構管理暫行辦法》《關於全省社會公益類科研機構改革轉製工作的實施意見》，並在科研機構的實際改革中得到檢驗；項目研究和製定實施意見中提出的“要突出產權製度改革”“一步改革到位完成改革轉製”的思想，為推動轉製科研機構製度創新提供了實踐指導，使江蘇的科研機構改革轉製工作走在了全國前列，得到科技部的肯定。
在這項軟科學研究中，省科技情報所比較係統地研究了國外非營利機構建設，是國內較早展開研究的機構之一，在國內較早提出將部分公益類科研機構改革轉製為非營利科技機構。通過科技體製改革研究，省情報所研究人員得到了鍛煉，並組織起一支隊伍，奠定了省科技情報所省內科技體製改革研究的地位，也在國內科技係統產生一定影響。
深入研究獻策新一輪科技體製改革
多年來國家科技體製改革已經釋放出巨大的能量和動力，但一些深層次矛盾和問題還未能得到根本性解決，近年來科技體製改革已進入“深水區”。
麵臨江蘇實施創新驅動核心戰略、加快創新型省份建設的新形勢新要求，在“十一五”收官之年的2010年底，領導層又在考慮深化科技體製改革工作。由於對科技體製長期跟蹤研究，特別是在科研院所改革轉製研究和實踐中的出色表現，科技體製改革研究工作的重擔再一次落在省科技情報所研究人員肩頭。省科技情報所勇挑重擔，在廳法規處的指導下，以戰略研究中心為核心，組織力量，圍繞深化科技體製改革開展研究。