克隆技術在給人類帶來福祉的同時，也可能因被濫用而帶來禍害。尤其是是否應該克隆人的問題引發了人們廣泛的爭議。克隆人技術對單身族、同性戀和不育症治療失敗又渴望要孩子的人們來說，是個好消息，但人的人工繁殖一旦不再受限，自然出生的人的利益會不會受到損害？科學是一把雙刃劍，在帶給人們好處的同時，也會給人類造成困擾。
有人認為，克隆人可“定做自己”，是有性生殖的一種補充；克隆人可作為器官移植供體來源；克隆人是可促進科學技術的進步。
但持反對意見的人認為克隆人的出現將引發人類道德倫理危機。所有支持克隆人的動機和目的，都存在把克隆人“物化”和“工具化”的問題。
人作為克隆人創造者，往往忽視克隆人也有獨特的心理、行為習慣、社會特征和特定人格，視克隆人為不完整的、喪失自我的人，將他們看成實驗台上的小白鼠，試圖用克隆技術製造無頭人作為器官移植的供體，或製造人的工具等。但克隆的人也會有自己的思想，有作為人類的一切感情，應賦予其人的權利和尊嚴。克隆人為爭取與人同樣的權利而鬥爭的故事在科幻小說中屢見不鮮。
目前，全世界大多數國家都反對克隆人的行為。中國政府就堅決反對進行克隆人的試驗，對克隆人問題態度是“不讚成、不支持、不允許、不接受”。
人類在漫長的演化過程中，能夠適應複雜多變的環境，是自然選擇和兩性生殖長期進化的結果，也是人類靠智慧發展社會文化的結果。克隆人將有性生殖倒退到無性生殖，這種逆自;然發展規律的行為如不加控製，很可能給人類帶來災難。
根據孟德爾遺傳規律的分離律和自由組合律，控製生物遺傳性狀的一對遺傳因子一半來自父本（精子），另一半來自母本（卵子），受精卵擁有來源於父母雙方的遺傳物質，因基因自由組合而具有獨特的基因型，生命力極強。而克隆人是人工無性繁殖，遺傳物質主要來自單一個體，既背離了遺傳因子分離定律，也談不上基因自由組合產生的多樣性，因此不存在任何進化意義。
克隆人將徹底攪亂代際關係和家庭倫理定位。克隆人過程中可出現體細胞核供者、卵細胞供者和孕育者三位生物學父母，及撫養者兩位社會學父母，而且克隆人在各方麵更接近被克隆者的兄弟姊妹而不是子女，代代相傳的人類繼承體係將不複存在，家庭倫理關係也將含混不清。
克隆人的誕生隻需要有女性存在，能提供體細胞、成熟卵細胞和子宮，人類的繁衍即可進行。而男性不再是繁衍的必不可少的重要因素，這就瓦解了性愛與生育不可分割的緊密聯係，一夫一妻的婚姻家庭社會規範也難以維持。
體細胞核移植涉及亞細胞水平的操作，這種技術並不完善，損失核內遺傳物質的情況很可能發生，技術上的安全性值得懷疑。多利的誕生是英國科學家經曆了227次失敗後才獲得成功的一例。人類目前對克隆技術的研究還遠不夠成熟，將其應用於人類是有很大風險的行為。