LJ城是世界上最繁華的大都市之一，同時也是一個汙染最嚴重的城市，汙濁的空氣、刺耳的噪聲每時每刻都在侵襲著人們的身心，而城裏城外那一座座“垃圾山”則更是叫人觸目驚心。隨著人口的不斷增加和消費的不斷增長，城市垃圾產生得也越來越快、越來越多。正當有關部門為此大傷腦筋之時，一個喜訊傳出讓他們興奮不已——經過多年潛心研究，科學家Y博士終於繁殖出一種能夠快速嗜食垃圾的新型物種——垃圾蒼蠅。
果然，當那種蒼蠅被放出實驗室之後，便紛紛落到垃圾堆上。它們看起來和普通蒼蠅沒什麼區別，可是吞食垃圾的本領卻不能不叫人歎為觀止——偌大的一座垃圾山，幾天工夫便叫那些小蒼蠅們打掃一空。
垃圾蒼蠅越來越多，因為它們總在不停地采食，不停地繁衍。隨著垃圾的越來越少，LJ城出現了少有的清潔，Y博士被譽為城市衛士、環境治理大師，正當有關他的報道連篇累牘、鋪天蓋地之時，人們吃驚地發現——垃圾蒼蠅長大了。
經過觀察，人們發現這種蒼蠅每繁殖一代，下一代身體就要比上一代增長一倍。當它們開始引起人們注意的時候，身體已由普通蒼蠅大小膨脹到了小蝴蝶那樣大。而且因為身體暴長數量驟增，產生的垃圾已填不滿它們無底洞般的胃口了，所以它們開始騷擾市民了。市場和超市都要嚴密看守，否則很快會被蒼蠅們洗劫。家庭也都要嚴陣以待，不能放進一隻蒼蠅，人們購買食品也要格外主意，否則就會遭受垃圾蒼蠅的偷襲。麵對叫苦不迭的市民，Y博士一時也無良策，隻好鼓勵市民盡量快盡量多地製造垃圾，以供垃圾蒼蠅食用。但現在的問題是，人們製造垃圾的能力遠遠跟不上垃圾蒼蠅的數量和食量了。
有人開始指責Y博士了。
Y博士沒辦法，隻好忍痛推出了一種專門對付垃圾蒼蠅的殺蟲劑。這種殺蟲劑開始對垃圾蒼蠅還比較有作用，可時間不長，它不但不再對垃圾蒼蠅有毒殺作用，反而成了蒼蠅的營養品、助長靈，最後麻雀一樣大的蒼蠅吃光了所有的垃圾蒼蠅殺蟲劑，而它們的身體也很快變得和母雞一般大小了。
現在垃圾蒼蠅已經變得很可怕了，它們肆無忌憚地在LJ城飛來跑去，搜尋所有可吃的東西。人們的食品都被它們搶走了，城市開始鬧饑荒了。Y博士成了這場災難的罪魁禍首，可是人們現在已顧不上責怪他了。有人已逃出了這座城市，不過更多的人還在關門閉戶堅持著，他們不相信人類會被蒼蠅所嚇退，他們等待著。
果然，一場剿滅垃圾蒼蠅的戰爭在一天早晨開始了。坦克、裝甲車在直升機的配合下對垃圾蒼蠅進行了毀滅性的打擊，一時間LJ城被硝煙戰火所籠罩。如果不是已在電視或報紙上看到了政府通報，肯定所有人都會以為LJ城遭到了恐怖分子攻擊或是世界大戰爆發了。
近晚，市長在電視講話中宣布：垃圾蒼蠅已被基本消滅，他動員市民們馬上清理家中和城市的每個角落，徹底消滅殘餘的垃圾蒼蠅和蠅卵。Y博士和家人清掃完家裏，馬上又來到了街上。
街上還彌漫著硝煙，到處都是醜陋的垃圾蒼蠅屍體，它們的屍體散發著刺鼻的氣味。已有不少市民來到街上清理蠅屍尋找蠅卵。