戰爭爆發後，波蘭海軍立即用水雷封鎖了皮勞至海爾半島的海域，使德海軍進入但澤灣的計劃破產。
進攻但澤的德國海軍主要分為三個戰鬥群：小型炮艇和掃雷艇封鎖但澤港；呂特晏斯海軍中將率驅逐艦隊和魚雷艇在波蘭海岸線攔截波蘭和中立國的船隻；巡洋艦隊和近10艘潛艇在外圍攔截波羅的海的波蘭軍艦和商船。
但澤波蘭守軍共有7500多人，擁有4門105毫米炮、1門100毫米炮、15門75毫米炮、9門37毫米防空/反坦克炮，十幾門迫擊炮和140多挺機槍。
德國方麵開火後，韋斯特普拉特要塞的波蘭守軍同德軍展開了英勇戰鬥。
格丁尼亞海軍基地和海爾基地的大部分波蘭艦隻都散逃到海上。老式炮艦“馬祖爾”號和“努雷克”號留在格丁尼亞港，用炮火支援但澤的軍隊。
9月2日，德國出動幾十架轟炸機，轟炸停在海爾基地的波蘭軍艦，炸傷一艘掃雷艦。為了躲避德空軍的轟炸，同時為了保護戰爭物資在海上的運輸，“旋風”號驅逐艦和一艘掃雷艦奉命去迎接向波蘭駛來的商船。
深夜，兩艦秘密離開格丁尼亞港，來到海爾。9月3日早晨，德國驅逐艦“馬斯”號和“岑克”號駛離皮勞港，向海爾駛去，前去支援德國陸軍。
在18500米的距離上，德國這兩艘驅逐艦用10門127毫米炮首先轟擊了停在海爾的“旋風”號驅逐艦和掃雷艦。“旋風”號的4門130毫米炮和掃雷艦上的6門120毫米炮進行了英勇的還擊。波蘭的那艘掃雷艦中彈兩發，11人死亡。很快，海爾基地用152毫米要塞炮轟擊了德國軍艦。德國“馬斯”號驅逐艦被一發152毫米炮彈命中，4人死亡，19人受傷。
7時，德國兩艘驅逐艦撤退，“岑克”號回到皮勞港，“馬斯”號被拖到但澤港。
很快，幾十架德空軍飛機飛到海爾基地上空。波掃雷艦再次中彈，燃起大火。午後，掃雷艦在海爾半島的淺水灘擱淺沉沒。下午，德空軍再次空襲，“旋風”號驅逐艦不斷中彈，隨著陣陣巨大的爆炸聲，“旋風”號沉沒了。水兵們紛紛向岸上遊去。德國飛機不斷地向水中的波蘭水兵掃射。又有一艘掃雷艦被炸沉。不久，德空軍再次空襲，又炸沉了一艘軍艦。
晚上，波蘭海軍水兵們遊到軍艦上，將所有能用的武器都拆了下來，拆下三座雙聯120毫米炮、4門75毫米炮和大量機槍，裝備到海爾要塞。水兵們都轉移到陸地，繼續抵抗。
在但澤，波蘭軍隊被大量德軍包圍在市區和奧克西維耶海軍基地，一列波蘭裝甲列車順著市區外環鐵路行進並攻擊德軍。至9月17日，華沙不幸淪陷的消息傳來，但澤隻剩下由上岸海軍水兵組成的一個排，投降了德軍。
地處但澤灣北部的海爾半島是波蘭第一共和國的最後堡壘。海爾基地建有海軍倉庫、修船廠、油庫和碼頭。基地兵力為陸軍2000人，海軍3500人，裝備4門152毫米炮、4門105毫米炮、2門100毫米炮、8門75毫米炮、3門120毫米炮和4門75毫米炮，由佐澤夫海軍中將指揮。
德陸軍占領格丁尼亞後，開始猛攻海爾半島，空軍和海軍提供了火力支援。9月21日，德軍“施萊辛”號戰列艦到達海爾基地附近海域，與“石勒蘇益格·荷爾斯泰因”號共同炮擊海爾基地。另外，德海軍還出動了兩艘炮艦、兩艘巡邏艦和一艘魚雷艇參加炮擊。
9月25日，德國兩艘戰列艦向海爾基地進行大規模炮擊。在炮戰中，德軍“施萊辛”號戰列艦受創，被迫逃跑。“石勒蘇益格·荷爾斯泰因”號也受創，逃回格丁尼亞。在這場戰鬥中，波蘭的一個152毫米要塞炮陣地被摧毀。
9月27日，德軍猛攻察特比，在一次炮戰中，德軍“施萊辛”號在14000米外遭到要塞炮火兩次齊射，受到重創，在“石勒蘇益格·荷爾斯泰因”號的掩護下逃跑。
9月30日，波蘭守軍從魚雷中拆出來10噸炸藥，炸毀了兩條狹窄的海上通道，將海爾半島與大陸斷絕。由於海爾的彈藥、給養消耗殆盡，失去了戰鬥能力。10月1日，波蘭海軍總司令約瑟夫·烏恩魯格率眾投降。1939年10月2日，德軍占領了海爾基地。
另外，9月17日，多次攻擊蘇軍和德軍的波蘭內河艦隊水兵們鑿沉了軍艦，到岸上繼續襲擊蘇軍和德軍。10月6日，這支部隊投降了，後被蘇軍屠殺。蘇軍占領波蘭東部後，在許多地方大量屠殺被俘波蘭軍民。
在同德國海軍的交鋒中，波蘭的五艘潛艇是一支不可忽視的戰鬥力量。在開戰初期，這五艘波蘭潛艇都在海上潛伏，對德巡洋艦和其他軍艦構成致命的威脅，德巡洋艦被迫退出東波羅的海。
9月2日和7日，一艘德國反潛驅逐艦向一艘波蘭潛艇投放了42枚深水炸彈，波蘭潛艇受到了嚴重損壞。波蘭海軍司令部命令它駛往英國或瑞典修複。
9月15日，該潛艇向海爾基地的波蘭海軍司令部發電：“到達鬆德海峽，正加速駛向英國。”
和這艘潛艇一樣，另外兩艘潛艇也多次受到德飛機和反潛艦的襲擊，其中一艘潛艇不得不向海軍司令部報告：“主機壞了，準備駛往瑞典。”另一艘傷痕累累的潛艇也於9月18日駛往瑞典。