從開始清理國債回購業務起，國債回購業務主要集中在上海證券交易所，1997年其成交金額為11912億元，深圳證券交易所和同業拆借市場也辦理國債回購業務，但規模相對較小。1996年4月9日，中國人民銀行開始參與國債二級市場開展公開市場操作，以吞吐基礎貨幣，調節商業銀行儲備頭寸；1997年初，由於種種原因，中國人民銀行暫時停止向商業銀行融資的債券回購交易；同年6月，人民銀行發布《關於禁止銀行資金違規流入股票市場的通知》，命令商業銀行停止在上海、深圳證券交易所及各地證券交易中心的證券回購業務。從6月6日起，商業銀行的證券回購業務在全國同業拆借網絡中進行。
1998年1月1日，人民銀行取消了對商業銀行貸款規模限額控製，3月23日，改革存款準備金製度。商業銀行的流動性管理因此變得格外重要。5月份，財政部麵向非國有獨資商業銀行發行450億元特種國債，允許其作為頭寸儲備。5月26日，為了更靈活和有效地管理基礎貨幣，保證銀行資金需求，中國人民銀行恢複了包括主要商業銀行在內的公開市場業務一級交易商的債券回購業務，就此國債回購開始成為中央銀行吞吐基礎貨幣、調節銀行資產流動性的重要的操作工具。
國債回購日益活躍，至2003年，交易所國債回購成交總額達52999.86億元。
（四）國債期貨市場
國債期貨是在國債現貨交易基礎上發展起來的一種衍生金融工具。國債期貨實際上是利率期貨的一種，其最基本的功能是國債價格的發現和風險規避。
我國對國債的期貨交易做出了困難的嚐試，但終究因為條件的不完全具備而不得不暫時停止。
1992年，上海證券交易所推出國債期貨交易品種，但當時的條件並不成熟。
它表現在以下幾個方麵：（1）缺乏相應的法律、法規，市場運行和管理不規範，對國債期貨市場過度投機的風險和可能出現的問題估計不足，交易規則和市場監管漏洞較多。（2）沒有堅持漲跌停板製度，也沒有建立風險基金製度。
（3）缺乏強有力的監控手段和處罰措施。（4）券商內部控製不嚴，風險意識差。
（5）利率管製製約了國債期貨的交易。利率市場化是一切利率期貨存在的前提，而我國利率受到管製，這不能不是阻礙我國國債期貨交易發展的最重要原因。（6）違規刺探信息和內幕交易。因為當時國債期貨主要炒人民銀行公布的保值貼補率，違規信息刺探和內幕交易往往就成為“發現”價格的主要內容，這實際上使得交易的對象和方式本身就是期貨規範運作禁止的目標。
正是由於以上問題存在，決定了中國國債期貨市場發展曆程的短暫。1995年上海證券交易所發生了“327”國債期貨事件。2月23日，中國證券監督管理委員會和財政部聯合緊急下發了《國債期貨交易管理暫行辦法》，加強對國債期貨交易的管理，規範市場運作，保護廣大投資者的利益。上海證券交易市場國債期貨交易出現異常情況後，采取了“一停二清三規範”的措施。為防止大量投機資金湧入其他國債期貨交易場所，衝擊其他場所的國債期貨交易，2月26日，中國證券監督管理委員會發出了《關於加強國債期貨交易風險控製的緊急通知》。
通知要求：提高國債期貨交易保證金比率；降低國債期貨漲跌停板幅度；減少國債期貨最大持倉限額等。
1995年5月17日，中國證券監督管理委員會發出《關於暫停國債期貨交易試點的緊急通知》，決定暫停國債期貨交易。這樣，經過三年的實踐，我國唯一的一個金融期貨品種———國債期貨，因條件不成熟而停止了交易。
二、國債市場的問題與思考
針對我國國債市場存在的問題，我們應該提出相應解決對策，才能促使我國國債市場走上規範化發展的軌道。
（一）國債市場存在的問題
我國國債市場走過了近20多年的曆程，取得了較大的發展。但迄今為止，國債市場運作仍存在許多不容忽視的問題。
1.國債發行市場。
（1）發行利率缺乏彈性，國債籌資成本較高。目前，我國的國債基本采取固定利率，且高於同期銀行儲蓄存款利率。這不僅加大了國債的融資成本，也扭曲了國債價格和資金供求的關係，以致國債利率不能成為資本市場的基準利率。
（2）目標市場定位較低。長期以來，我國的國債發行主要是麵向居民個人投資者。這種市場定位，影響了國債市場的發展。因為國債的發行和兌付時間長，資金到位慢，影響財政資金的利用效率；這種局限本身就提高了國債的發行成本，也製約了二級市場的流動性；國債資金的上劃和下撥也引起中央銀行基礎貨幣的大幅波動，影響貨幣政策的操作的效果。