6艘航母配備6個艦載機聯隊：“薩拉托加”號航母配備第17航空聯隊，艦載機78架；“肯尼迪”號航母配備第3航空聯隊，艦載機84架；“中途島”號航母配備第5航空聯隊，艦載機62架；“突擊者”號航母配備第2航空聯隊，艦載機68架；“羅斯福”號航母配備第8航空聯隊，艦載機84架；“美國”號航母配備第1航空聯隊，艦載機73架。艦載機一共有9種類型、455架，約占多國部隊飛機總數的16％。在“沙漠風暴”行動中，美航母編隊出動艦載機18，120架次，占多國部隊飛機出動的架次也大約為16％。艦載機所執行的作戰任務主要是空中偵察預警、空襲、反艦、防空等。
航母艦載E-2C預警機是美軍在戰區內最早部署的空中預警與控製係統飛機，用於彙集機載空中預警控製係統、艦載“宙斯盾”係統和其他來源的戰場信息，加以綜合分析，為海灣戰區指揮官提供全麵、準確、實時的戰場情報。“沙漠風暴”行動期間，它們從紅海和波斯灣航母起飛，24小時不間斷地執勤飛行，對戰場態勢實行全時監視，使海軍攻擊部隊及其他多國部隊清晰了解戰場態勢。機組的空中管製人員還進行有針對性的戰術控製，協調各類兵力之間的行動，避免多國部隊內部相互發生衝突。整個戰區內共配置了27架E-2C預警機，其中25架由航母搭載。
空襲戰是海灣戰爭中持續時間最長、起作用最大的作戰樣式，而航母戰鬥群是空襲戰的一支重要力量。從紅海和波斯灣航母起飛的艦載攻擊機與美國空軍、英國皇家空軍的飛機一起對巴格達附近以及伊拉克西部的“飛毛腿”導彈陣地、機場、防空係統、通信網、供電設施等目標進行猛烈轟炸。空襲第一天，就從航母上起飛艦載機548架次。戰爭期間，在多國部隊對伊拉克所進行的空襲行動中，由航母發起的打擊行動占到35％，艦載電子戰飛機針對伊拉克地麵防空係統實施了有效幹擾和壓製。
反艦作戰始於1月18日，“突擊者”號和“中途島”號航母派出艦載攻擊機擊傷了伊拉克2艘炮艇、1艘導彈艇和1艘勤務船。當天，“突擊者”號航母還起飛了18架艦載機執行在祖拜爾河口布設水雷的任務，目的是把波斯灣北部的伊拉克海軍水麵艦艇同巴士拉、祖拜爾、烏姆蓋斯爾的港口兵力和海軍基地隔開來。22日，“中途島”號航母的艦載機擊沉1艘伊軍氣墊艇。24日，“羅斯福”號航母的A-6E艦載機擊毀1艘布雷艦和1艘巡邏艇，F／A-18艦載機襲擊伊拉克烏姆蓋斯爾海軍基地時擊傷4艘艦艇。2月20日，“羅斯福”號航母艦載機擊毀1艘炮艇。
奪取製空權後還必須盡力保持，在艦載機的全部作戰活動中，21％的架次是執行防空任務。防空主要采用電子戰手段，真正的空戰僅有1月18日一次，從“薩拉托加”號航母起飛的2架F／A-18艦載機在轟炸一個機場時，發現2架伊拉克米格-21殲擊機，並用“響尾蛇”導彈將其擊落，這場遭遇戰是美航母艦載機與伊空軍唯一的一次空中格鬥。
三、阿富汗戰爭——航母力拔頭功
2001年9月11日，對美國人民和世界人民來說是一個最為難忘和悲哀的日子，美國本土遭受有史以來從未有過的巨大的恐怖襲擊，數千名無辜群眾遇難。這次恐怖襲擊事件給一向妄自尊大的山姆大叔無疑是一個沉重的打擊。美國人民從噩夢中驚醒，強烈的報複欲望從他們心中燃起，而航空母艦這一海上巨無霸便充當了美國政府懲辦真凶的急先鋒。
冷戰結束以來，美國已經成為事實上的世界霸主，世界上任何國家無不對其畏懼三分，但唯獨恐怖分子敢在山姆大叔麵前說“不”，還時不時地在世界各地給美國製造一些麻煩，讓這位山姆大叔在世人麵前出盡了洋相，威風掃地。恐怖分子對美國來說，隻能意味著尷尬和難堪，因此，他們早已成為山姆大叔的肉中刺、眼中釘。1998年8月20日。美國第五艦隊為報複美駐肯尼亞和坦桑尼亞使館被炸，實施了代號為“無所不至”的軍事行動。該艦隊部署在紅海和阿拉伯海的7艘艦船，發射了76枚“戰斧”巡航導彈，轟炸了蘇丹和阿富汗境內的兩處被認為與恐怖分子有關係的目標：一處是蘇丹的希法製藥廠，另一處是在阿富汗的由沙特人拉登領導的“恐怖分子”訓練基地。這次美國本土遭到襲擊，美國認定是拉登領導的“恐怖分子”所為。
根據美國情報機關的調查，阿富汗既是恐怖分子的活動基地，也是其頭目——拉登的藏身之地。為了狠狠地回擊恐怖分子，出一出心中長期鬱悶的“一股惡氣”，對付小小的阿富汗，美國可謂“殺雞用上了牛刀”，動用了“企業”號、“卡爾·文森”號、“羅斯福”號、“小鷹”號以及英國的“卓越”號和法國的“戴高樂”號6艘航空母艦，僅次於海灣戰爭航空母艦的出動規模，擺出了“不達目的，決不罷休”的一種架勢。