誰知朱元璋聽後卻龍顏大怒，當即下令將劉三吾趕出皇城，將副主考官白信蹈停職罷官，又下令翰林院侍講張信主持會試複查。經過20多天的鎖院查卷後，張信向朱元璋如實稟告複查結果：“臣已認真查核，發現南北考生成績相差確實懸殊，就連最後一名的劉子信，也比北方的優秀者高出許多。而且以文章定優劣，以才華定名分，是國家的一貫製度。現在北方人的試卷，僅能列為第53名，但名額有限，不能重新更動。”
朱元璋聽後則認為是張信故意把成績差的試卷拿給他看，勃然大怒，隨即安排刑部調查劉三吾等人的案情。刑部先將劉三吾、張信、白信蹈等統統入獄，嚴刑逼供，但毫無結果，於是又抓了三方的家人幾百，在嚴刑逼供下終於查出了一個涉及600多人的大型“徇私舞弊”集團，上報給了皇帝。
朱元璋明明知道是冤案，但為了平息北方士人的憤怒，於是禦筆朱批道：劉三吾、白信蹈是藍黨，張信是胡黨，有謀逆之心。將白信蹈、張信以及同科的試官二十多人，全部淩遲處死。劉三吾因年事已高，流刑充軍，所選貢士全部罷黜，其中名列榜首的考生陳某也以行賄的嫌疑問斬，至於受牽連者不下數百人。這年的四月底，將這二十多位考官綁赴刑場執法。
於五月初，朱元璋又親自閱卷評點出61名貢生，第一為河北韓克忠，第二為山東任伯安。61名貢生中竟無一名南方舉子。黃榜張出，北方舉子歡呼雀躍，“南北榜”公案至此了結。
這就是有名的“南北榜之爭”案。為了避免此類事情的再次發生，明仁宗洪熙元年(1425)，大學士楊士奇提出南北分卷的設想。兩年後，這一設想成為現實，南北卷製度正式實施，以南北文化水平高低不同，規定南北取士分配比例為，南人十之六，北人十之四。
■廠衛的興起
“廠衛”是錦衣衛和東廠、西廠的合稱，它是明代特有的特務統治機構，它們最初是為加強專政集權而設立的，後來反而成了亂政的根源。縱觀整個明朝，死於錦衣衛和東廠、西廠酷刑之下的正直人士不計其數，它間接導致了明朝的覆亡。
明朝建立後，朱元璋怕大臣對他不忠，為了加強監視，洪武十五年（1382），朱元璋“改儀鸞司為錦衣衛”，錦衣衛的首領稱為指揮使（或指揮同知、指揮僉事），一般由皇帝的親信武將擔任，很少由太監擔任。其職能是：“掌直駕侍衛、巡查緝捕”，成為他加強集權統治的重要手段。
但由於明朝前兩代皇帝朱元璋、朱棣出身的特殊性，他們對皇權的維護有其他朝代所沒有的強烈欲望，這就使得錦衣衛“巡查緝捕”的職能後來被無限度地擴大了，以至於到後來，錦衣衛又擁有了自己的監獄，可以自行逮捕、刑訊、處決犯人，不必經過司法機構和正常司法程序。
錦衣衛因穿橘紅色服裝，騎馬，又被稱為“緹騎”。緹騎的數量，最少時為1000，最多時多達60000之眾。錦衣衛官校一般從民間選拔孔武有力，無不良記錄的良民入充，之後憑能力和資曆逐級升遷。同時，錦衣衛的官職也允許世襲。
朱元璋設置錦衣衛的目的就是要監視群臣，杜絕營私舞弊、結黨亂政。據說，有一天，大臣錢宰下朝回家作了一首詩：“四鼓冬冬起著衣，午門朝見尚嫌遲。何時得遂田園樂，睡到人間飯熟時。”誰知，第二天在文華殿宴會結束時，朱元璋就對他說：“你昨天作了首好詩。但我什麼時候嫌過你呢？你不如把‘午門朝見尚嫌遲’改為‘午門朝見尚憂遲’。”錢宰聽後大驚失色。類似的事例還有很多，嚇得大臣們都提心吊膽，人人自危。
然而，朝野上下，並沒有太多大奸大惡之人，但錦衣衛的官校們為了表功，往往捕風捉影、濫殺無辜，製造冤獄，逐漸形成一種靠構陷他人作為自己晉升跳板的風氣。縱觀整個明朝的錦衣衛，盡管也出過袁彬、牟斌這樣比較正直的指揮使，但總的來說，其職能主要還是為明朝的極端專製製度充當幫凶。
錦衣衛的肆意濫行激起民情沸騰，以致怨聲載道。洪武二十年（1387），胡惟庸之案快要接近尾聲，朱元璋認為自己的皇權已經十分牢固，不再需要一種特殊的機構來鞏固自己的勢力，便下令焚毀錦衣衛的刑具，所押囚犯轉交刑部審理，同時下令以後一切案件歸三法司審理，錦衣衛被廢除。
但到了明成祖朱棣繼位時，他不但恢複了錦衣衛，又創立了東緝事廠（簡稱東廠，因位於東安門北側而得名）。朱棣是靠發動“靖難之役”奪取皇位的，他登位之初，國內政局還不穩定，為了鞏固政權，他迫切需要一個強有力的專製機構，但他覺得設在宮外的錦衣衛使用起來並不是很方便，於是決定建立一個新的機構，這就是東廠，由宦官統率。東廠的職能是“訪謀逆妖言大奸惡等，與錦衣衛均權勢。”
後來，由於東廠的首領東廠掌印太監身處大內，與皇帝的關係密切，更容易得到皇帝的信任，這就使得東廠的權勢漸漸淩駕於錦衣衛之上。他們可以不經司法機關批準，隨意監督緝拿臣民，甚至連普通百姓的日常生活，柴米油鹽的價格，也在東廠的偵察範圍之內。
成化十三年（1477），明憲宗朱見深成立了一個新的內廷機構——西廠，西廠廠址設在靈濟宮前，以太監汪直統領。明武宗即位後，大太監劉瑾掌權，他又自建了一個內行廠，由本人直接統領，比東、西廠尤為酷烈。正德五年（1510），隨著劉瑾的倒台，西廠和內行廠作為一個臨時機構，也在曆史上消失了。而錦衣衛和東廠，則直至明朝覆滅才被廢除。