此時，北王韋昌輝正在江西前線作戰。他聽說楊秀清已觸怒天王，就偽造天王密詔，帶兵回京。“天京事變”終於爆發。9月，北王包圍東王府，將楊秀清滿門抄斬。被摛的東王府部隊有兩萬之眾，韋昌輝將他們囚禁起來，全部殺掉。
翼王回京後，見北王欲加害於他，在城上用繩子係著，爬到城外。韋昌輝遂將他滿門誅殺。天王洪秀全指責韋昌輝道：“東王雖對我不敬，可是對天朝立有大功，你怎能將他殺死？就算東王有罪，東王府將士與翼王又有什麼過錯！你的行為實在令朕心寒！”
韋昌輝大怒，認為天王不知好歹。11月，韋昌輝撕下“忠君愛民”的假麵具，率兵圍攻天王府。洪秀全率領京城軍隊與之激戰，終於將北王軍隊打敗。韋昌輝驚慌不已，逃出天京。可是，天王的軍隊很快追上韋昌輝，將他擒獲。洪秀全遂將韋氏一黨處死。天京事變削弱了太平天國的實力。從此，天朝開始走下坡路了。
■撚軍反清
19世紀初，安徽北部及河南、山東、江蘇等省部分地區的農民秘密組織“撚”黨，以反抗封建壓迫，尋求生活出路。“撚”是淮北方言，是從撚繩而來的，意即一股一夥，團結起來就是力量。
1851年，河南南陽、南召、唐縣（今唐河）等地撚黨聚眾起義。次年，淮北地區的亳縣等地大旱，民不聊生，農民紛紛入撚。11月，張樂行、龔得樹等於皖北雉河集（今渦陽西北）一帶起義，撚黨聚眾萬餘人，攻克河南永城等地。1853年，太平軍北伐進入黃河、淮河流域，撚黨紛起響應，形成十餘支相對獨立的隊伍，並逐步由分散、零星的鬥爭趨向聯合。
1855年，張樂行召集各地撚子在雉河集會盟，大家公推張樂行為盟主，稱他為“大漢明命王”，建立黃、紅、藍、白、黑旗軍製，發布“救我殘黎，鋤奸誅暴，以減公憤”的文告，宣布撚軍行軍作戰19條軍紀，為進行大規模反清鬥爭創造了條件。
1857年春，張樂行接受太平天國的印信，從此改用太平天國的旗幟。同時，洪秀全封張樂行為沃王。撚軍以雉河集為根據地，四處出擊牽製清軍，他們運用打圈圈的戰術，使敵人的馬隊找不到、摸不著，疲於奔命，清軍急得焦頭爛額。
第二次鴉片戰爭之後，清軍加緊迫剿撚軍，派出科爾沁親王僧格林沁全權督辦攻撚戰事，他上任後全力進攻撚軍的根據地。在清軍的瘋狂反撲下，張樂行殉難，皖北根據地喪失。突圍而出的張宗禹等部，繼續以流動作戰的方式，堅持鬥爭。
1864年夏，撚軍與太平軍餘部在鄂、豫邊境會師，改編組成新撚軍，推賴文光為首領，隊伍發展到十餘萬人。1865年，撚軍在山東菏澤西北的高樓寨，痛擊僧格林沁部，當場擊斃僧格林沁，殲滅蒙古馬隊7000餘人。清廷震驚，同治皇帝因驚憤三日未上早朝。
清軍加大兵力追剿撚軍，任命曾國藩為欽差大臣，但撚軍以靈活機動的戰術，粉碎了曾國藩“以靜製動”和“聚兵防河”的攻撚方略。清廷不得不命李鴻章為剿撚統帥，接替曾國藩。李鴻章采取的剿撚方針是：扼地圍剿，重點防守黃河運河。
為了躲避清軍的追剿，撚軍在河南許州分為東、西兩部。其中東撚軍馳騁在山東、河南、湖北等地，西撚軍在張宗禹的帶領下，轉戰於陝西各地。
1867年，東撚軍在山東壽光遭到了淮軍的包圍，受到了重創。東撚軍殘部在賴文光的帶領下，雖然奮力突圍，衝破了兩道防線，但是李鴻章老奸巨猾，道道防線環環相扣，賴文光終究沒有能夠衝出李鴻章的包圍圈，在揚州附近被俘。
西撚軍聽說東撚軍被圍，轉兵東進救援，經山西、河南，進入直隸，於饒陽之戰失利後，繼續轉戰於山東、河北地區，但在淮軍的圍追堵截下，日趨被動，1868年8月，終在山東荏平徒駭河畔覆沒。
長達16年的撚軍起義雖然以失敗告終，但是他們沉重打擊了清王朝的統治，清王朝經曆了太平天國和撚軍起義的衝擊後，已經搖搖欲墜。
■火燒圓明園
在天京事變發生的同年秋天，清政府在珠江海岸發現了一艘商船，這艘叫“亞羅號”的商船被發現有販賣私鹽的罪證。清水師軍官梁定國下令將船上的12名船員，全部押到了巡邏船上。
本來這是一件很正常的事情，但是在《南京條約》簽訂之後，英國人越來越不滿足於已有的權利。於是他們硬說“亞羅號”是英國商船，向兩廣總督葉名琛發出了通牒：“24小時內必須釋放12名船員，否則英國海軍就要攻打廣州。”
膽小怕事的葉名琛把人送了回去，可是英軍還是不罷休，仍以此為借口，於1856年10月下旬向廣州發動了進攻，第二次鴉片戰爭從此開始了。
英國向中國開戰不久，法國人也借神甫馬賴事件參加了戰爭，和英軍一起組成英法聯盟侵略中國。馬賴是法國的一名傳教士，他偷偷跑到廣西傳教，還在西林縣招收了一夥流氓無賴做教徒。表麵傳教，實際上強搶豪奪，奸淫婦女，無惡不作。為此，西林知縣張鳴鳳把馬賴這夥人抓起來，並把馬賴和兩個作惡多端的教徒處以死刑。